秦置余干縣，漢高祖六年（前201）改余汗。莽新稱治干。東漢復名余汗。南宋改為余干縣。元元貞元年（1295）升為余干州。明洪武二年（1369）復為縣。據《通典》：“越之西界，所謂干越，越之余也。”據《舊唐書·地理志》：“古所謂汗越，隋朝去水。”王先謙曰：“汗干字通。”余干，似指古越人之一部，一說“越人謂鹽曰余。”

　　1984年，恢復瑞洪鎮(zhèn)、黃金埠鎮(zhèn)（贛府廳字[1984]249號）。1985年4月18日，設立信豐、峽山鄉(xiāng)（贛府廳字[1985]230號）。1995年9月29日，撤銷黃龍鄉(xiāng)，設立黃龍鎮(zhèn)（贛民字[1995]185號批復）。1996年3月19日，撤銷古埠鄉(xiāng)、石口鄉(xiāng)，設立古埠鎮(zhèn)、石口鎮(zhèn)（贛民字[1996]51號批復）。1997年12月19日，禾斛嶺墾殖場改制設立禾斛嶺鎮(zhèn)（贛民字[1997]248號批復）。
　　1999年，全縣面積2330.8平方千米，人口80萬。轄6個鎮(zhèn)、25個鄉(xiāng)：余干鎮(zhèn)、瑞洪鎮(zhèn)、黃金埠鎮(zhèn)、禾斛嶺鎮(zhèn)、古埠鎮(zhèn)、石口鎮(zhèn)、康山鄉(xiāng)、信豐鄉(xiāng)、古竹鄉(xiāng)、東塘鄉(xiāng)、大塘鄉(xiāng)、梅溪鄉(xiāng)、東源鄉(xiāng)、新生鄉(xiāng)、鷺鷥港鄉(xiāng)、三塘鄉(xiāng)、金山嘴鄉(xiāng)、華林崗鄉(xiāng)、洪家嘴鄉(xiāng)、白馬橋鄉(xiāng)、江埠鄉(xiāng)、禾山鄉(xiāng)、楓港鄉(xiāng)、五雷鄉(xiāng)、大溪鄉(xiāng)、楊埠鄉(xiāng)、峽山鄉(xiāng)、九龍鄉(xiāng)、社賡鄉(xiāng)、梅港鄉(xiāng)、鄧墩鄉(xiāng)。縣政府駐余干鎮(zhèn)。
　　2000年6月27日，古埠鎮(zhèn)長里行政村劃歸萬年縣齊埠鄉(xiāng)（贛民字[2000]141號批復）。根據第五次人口普查數據，全縣總人口？？人，其中：余干鎮(zhèn)49036人、瑞洪鎮(zhèn)20591人、黃金埠鎮(zhèn)30072人、石口鎮(zhèn)29438人、古埠鎮(zhèn)51411人、禾斛嶺鎮(zhèn)7514人、康山鄉(xiāng)9269人、信豐鄉(xiāng)7234人、古竹鄉(xiāng)15851人、東塘鄉(xiāng)18009人、東源鄉(xiāng)6524人、大塘鄉(xiāng)8048人、梅溪鄉(xiāng)25324人、新生鄉(xiāng)19695人、鷺鷥港鄉(xiāng)25846人、三塘鄉(xiāng)31048人、金山嘴鄉(xiāng)28966人、華林崗鄉(xiāng)41670人、洪家嘴鄉(xiāng)67166人、白馬橋鄉(xiāng)32870人、江埠鄉(xiāng)39354人、禾山鄉(xiāng)18137人、楓港鄉(xiāng)23639人、大溪鄉(xiāng)29596人、五雷鄉(xiāng)28052人、楊埠鄉(xiāng)29093人、峽山鄉(xiāng)5969人、九龍鄉(xiāng)24270人、梅港鄉(xiāng)43486人、社庚鄉(xiāng)27815人、鄧墩鄉(xiāng)9604人。
　　2001年12月3日，撤銷信豐鄉(xiāng)，劃歸石口鎮(zhèn)；撤銷峽山鄉(xiāng)、楊埠鄉(xiāng)，合并組建楊埠鎮(zhèn)；撤銷禾斛嶺鎮(zhèn)、九龍鄉(xiāng)，合并組建九龍鎮(zhèn)；將華林崗鄉(xiāng)的流芳等6個行政村劃歸余干鎮(zhèn)（贛民字[2001]570號批復）。
　　2002年底，余干縣轄7個鎮(zhèn)、21個鄉(xiāng)，20個居委會、392個行政村。2003年4月7日，撤銷華林崗鄉(xiāng)，成建制劃歸余干鎮(zhèn)管轄，并將余干鎮(zhèn)更名為玉亭鎮(zhèn)（贛民字[2003]51號批復）。2003年10月21日，撤銷鄧墩鄉(xiāng)，成建制劃歸社賡鄉(xiāng)管轄；撤銷梅溪鄉(xiāng)，成建制劃歸瑞洪鎮(zhèn)管轄；撤銷五雷鄉(xiāng)，成建制劃歸黃金埠鎮(zhèn)管轄（贛民字[2003]273號批復）。2003年底，全縣總人口84.9萬人。
　　2004年6月15日，《關于余干縣設立烏泥鎮(zhèn)的批復》（贛民字[2004]156號）：（1）將石口鎮(zhèn)的烏泥、港背、銅鼓包村、以及常山村、的趙家析出，設立烏泥鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐烏泥村。（2）調整后，烏泥鎮(zhèn)轄迎康居委會和烏泥一、烏泥二、烏泥三、港背、銅鼓包5個村；石口鎮(zhèn)轄永安居委會和石口、常山、漁池、五菱、劉埠、吳家、詹家7個村，鎮(zhèn)政府駐石子口。2004年底，全縣轄6鎮(zhèn)19鄉(xiāng)。
　　2005年，全縣轄6個鎮(zhèn)、19個鄉(xiāng)：玉亭鎮(zhèn)、瑞洪鎮(zhèn)、黃金埠鎮(zhèn)、石口鎮(zhèn)、古埠鎮(zhèn)、烏泥鎮(zhèn)、康山鄉(xiāng)、古竹鄉(xiāng)、東塘鄉(xiāng)、東源鄉(xiāng)、大塘鄉(xiāng)、新生鄉(xiāng)、鷺鷥港鄉(xiāng)、三塘鄉(xiāng)、金山嘴鄉(xiāng)、洪家嘴鄉(xiāng)、白馬橋鄉(xiāng)、江埠鄉(xiāng)、禾山鄉(xiāng)、楓港鄉(xiāng)、大溪鄉(xiāng)、楊埠鄉(xiāng)、九龍鄉(xiāng)、梅港鄉(xiāng)、社庚鄉(xiāng)。（根據江西民政廳網站“余干縣轄8鎮(zhèn)17鄉(xiāng)”）。
　　2006年1月20日，撤銷新生鄉(xiāng)、東源鄉(xiāng)，成建制劃歸瑞洪鎮(zhèn)管轄；撤銷余干縣古竹鄉(xiāng)，成建制劃歸石口鎮(zhèn)管轄；撤銷余干縣禾山鄉(xiāng)，成建制劃歸楓港鄉(xiāng)管轄；撤銷余干縣金山嘴鄉(xiāng)，成建制劃歸三塘鄉(xiāng)管轄（贛民字[2006]5號批復）。