因境內阿倫河而得名。阿倫與阿榮為同詞異譯，系達斡爾語，意為“干凈”、“清潔”，因此河水潔凈，故名。一說系蒙古語，意為“清潔”。明永樂十年（1420年）在阿倫河流域置阿倫衛。清為索倫部狩獵地，隸屬布特哈總管。民國時期，屬黑龍江省龍江道。1918年屬布西縣。1919年以阿倫河為界，東屬布西縣，西屬雅魯縣。東北淪陷后，1933年3月，于紅花梁子設置阿榮旗（析布西縣五區、雅魯縣三區和甘南縣境金界壕外育和屯一部分置），隸屬興安東分省管轄。之后，偽旗公署遷至那吉屯。1943年10月，改隸興安總省管轄。

1945年“九三”抗日戰爭勝利后，隸屬興安省納文慕仁盟。1949年5月，改隸呼納盟。1953年4月，隸屬內蒙古自治區東部行政公署。1954年5月，改隸呼倫貝爾盟。1969年7月，隨同呼倫貝爾盟一并劃歸黑龍江省管轄。1979年7月，劃歸內蒙古自治區管轄，隸屬呼倫貝爾盟。2001年，隸屬地級呼倫貝爾市。

1996年?，阿榮旗面積11069.3平方千米，人口34.0萬人，其中蒙古族0.6萬人，轄8鎮11鄉：那吉鎮、紅花梁子鎮、太平莊鎮、亞東鎮、孤山鎮、霍爾奇鎮、復興鎮、三岔河鎮、那克塔鄉、音河達斡爾鄂溫克民族鄉、查巴奇鄂溫克民族鄉、得力其爾鄂溫克民族鄉、新發朝鮮民族鄉、興安鄉、六合鄉、自來井鄉、三道溝鄉、向陽峪鄉、長安鄉。旗政府駐那吉鎮。

2000年第五次人口普查，阿榮旗總人口304210人，其中：那吉鎮49064人，孤山鎮10821人，太平莊鎮17577人，亞東鎮23331人，三岔河鎮18307人，霍爾奇鎮21840人，那克塔鎮10941人，紅花梁子鎮10693人，復興鎮18899人，興安鄉9850人，六合鄉9151人，自來井鄉6349人，長安鄉9897人，得力其爾鄂溫克民族鄉14098人，查巴奇鄂溫克民族鄉13196人，音河達斡爾民族鄉13646人，向陽峪鄉6723人，三道溝鄉12565人，新發朝鮮民族鄉10694人，那吉屯農場16568人。

2000年末，阿榮旗總人口311550人，其中：農業人口253729人，非農業人口57821人；漢族281607人，蒙古族6878人，回族206人，滿族16468人，朝鮮族2058人，達斡爾族2081人，鄂溫克族1947人，鄂倫春族100人，其它民族185人，外國人加入中國國籍20人。全旗轄9個鎮、4個鄉、6個民族鄉。

2005年，全旗撤并6個鎮。撤并后鄉鎮總數由15個精簡為9個（5個鎮、4個民族鄉）。設向陽峪鎮，由原紅花梁子鎮、三道溝鎮合并組建，鎮政府設在原三道溝鎮向陽峪村；設霍爾奇鎮，由原那克塔鎮、復興鎮、霍爾奇鎮合并組建，鎮政府設在原霍爾奇鎮政府所在地；設亞東鎮，由原太平莊鎮、三岔河鎮、亞東鎮合并組建，鎮政府設在原亞東鎮政府所在地；設六合鎮，由原孤山鎮、六合鎮合并組建，鎮政府設在原孤山鎮政府所在地。保留那吉鎮、得力其爾鄂溫克族鄉、查巴奇鄂溫克族鄉、音河達斡爾鄂溫克族鄉、新發朝鮮族鄉。

2006年，全旗總面積13641平方千米。總人口327517人，其中，農業人口232509人，非農業人口95008人；少數民族33200人。轄5個鎮、4個民族鄉：那吉鎮、六合鎮、亞東鎮、霍爾奇鎮、向陽峪鎮、得力其爾鄂溫克族鄉、查巴奇鄂溫克族鄉、音河達斡爾鄂溫克族鄉、新發朝鮮族鄉。

2009年，全旗總人口331762人，其中，漢族296569人，蒙古族8683人，回族208人，滿族18867人，朝鮮族1985人，達斡爾族2270人，鄂溫克族2619人，鄂倫春族198人，其他民族363人。轄9個鄉鎮，148個行政村，7個地方林場、2個國有農場。

2011年，恢復三岔河鎮、復興鎮。調整后，全旗轄7個鎮、4個民族鄉：那吉鎮、六合鎮、亞東鎮、霍爾奇鎮、向陽峪鎮、三岔河鎮、復興鎮、得力其爾鄂溫克族鄉、查巴奇鄂溫克族鄉、音河達斡爾鄂溫克族鄉、新發朝鮮族鄉。