錦縣（州）之名始于遼代，起源小凌河。據《奉天通志》載：“小凌河古名唐就水，又日參柳水，遼稱小靈河，金、元易靈為凌，明迄今仍之，源出熱河省凌源縣，逕錦縣城西北三里左受二郎泉河，又東南過北寧鐵路，繞城西南而東，以其回旋如錦名日錦川，縣名亦取于此”。據《明一統志》：“錦川丁在錦州西，亦日錦水，州以此得名”。（關于名稱由來還有“養蠶織錦”、“襲唐錦州”等說）

錦州市歷丈悠久。春秋時期錦州是山戎活動地區。戰國屬燕遼西郡。秦始皇統一申國后，推行郡縣制，仍屬遼西郡。西漢時因之。東漢屬遼東屬國。三國、魏、西晉均屬昌黎郡。南北朝時期，北魏屬營州昌黎郡。東魏屬營丘郡。隋時西部地區屬柳城郡（今朝陽），東部地區屬燕郡（今義縣）。唐屬營州（今朝陽）。遼代始建錦州，東部屬東京道（今北鎮），西部屬中京道（今寧城縣的大明城）。金改道為路，東部屬東京路，西部屬北京路。元代東部屬廣寧路，西部屬大寧路。

明屬遼東都指揮使司，境內設廣寧前屯衛、寧遠衛；廣寧申屯衛、廣寧左屯衛、廣寧右屯衛、義州衛；廣寧后屯衛、廣寧衛、廣寧申衛、廣寧左衛、廣寧右衛。清屬錦州府。民國隸奉天省遼沈道。1929年隸遼寧省。1931年“九·一八”事變后，日本帝國主義侵占期間屬錦州省。1945年“九·三”勝利后，置遼西專署和錦州市政府。1946年至1948年10月為國民黨占領，屬遼寧省。1948年10月全區解放。1949年屬遼西省。1954年屬遼寧省。

1982年8月13日，國務院批準；1982年9月9日，遼寧省人民政府轉發：調整錦州市部分行政區劃：一、復設錦州市葫蘆島區，以錦西縣葫蘆島鎮和稻池公社的稻池大隊、玉皇閣大隊、齊家屯大隊、岔溝大隊、毛家屯大隊、茨山大隊、南荒地大隊、躍進大隊8個大隊，及先鋒漁業大隊、望海寺漁業大隊2個漁業大隊為葫蘆島區行政區域。二、設立錦州市南票區，以錦西縣的南票鎮和沙鍋屯公社為南票區行政區域。三、錦州市郊區更名為太和區。

1985年1月17日，國務院批準：撤銷錦西縣，設立錦西市。1986年12月，國務院批準：撤銷興城縣，設立興城市（縣級），市政府駐興城鎮（1987年1月正式成立）。1989年6月12日，國務院（國函[1989]42號）批準：錦西市升格為地級市。將錦州市管轄的葫蘆島區、南票區、綏中縣劃歸錦西市領導，原錦州市代管的興城市由省直轄，由錦西市代管。1989年6月29日，國務院批準：撤銷北鎮縣，設立北鎮滿族自治縣。

1992年3月23日，錦州市人民政府批準：將原錦州港經濟區與錦縣天橋鎮合并，正式組建錦州經濟技術開發區，在行政管理方面享有縣級權限（注：在錦州經濟技術開發區成立之后，天橋鎮名義上由錦州市直轄）。1992年5月13日，錦州市人民政府批準：撤銷錦州經濟技術開發區天橋鎮，設立天橋街道辦事處和王家街道辦事處（注：在遼寧省人民政府2002年1月31日批準本變動之前，天橋街道辦事處和王家街道辦事處不是正式行政區，在正式行政區劃上仍為錦州市直轄天橋鎮）。1992年10月，遼寧省人民政府批準：設立錦州高新技術產業開發區（又名凌南新區），轄區面積45.3平方千米，將太和區凌南街道由凌南新區代管。1992年，設立盤錦市興隆臺區錦采街道，以錦縣閻家鎮部分行政區域為錦采街道行政區域（注：面積4平方千米，人口1.02萬人）。1993年4月15日，錦州市人民政府批準：筆架山正式劃歸錦州經濟技術開發區管理。

1993年11月16日，民政部（民行批[1993]231號）批準：撤銷錦縣，設立凌海市（縣級）。1995年3月21日，民政部（民行批[1995]21號）批準：撤銷北鎮滿族自治縣，設立北寧市（縣級）。？年，錦州市人民政府由古塔區遷駐太和區市府路68號。

2000年第五次人口普查，錦州市常住總人口3076735人。其中：古塔區251648人、凌河區371644人、太和區238699人、黑山縣617664人、義縣422553人、凌海市647310人、北寧市527217人。

2000年，省政府（遼政[2000]96號）批復同意撤銷凌海市杏山鄉，設立杏山鎮。2002年1月31日，省政府（遼政[2002]34號）批復同意調整錦州市部分行政區劃，3月正式實行，具體為：　一、太和區：撤銷凌海市杏山鎮，設立杏山街道辦事處，并劃入錦州市太和區；撤銷原錦州市直轄的天橋鎮（即錦州經濟技術開發區），設立天橋、王家2個街道辦事處（實際1992年5月13日變動），并劃入錦州市太和區；撤銷太和區大薛鄉、薛家街道辦事處，合并設立大薛街道辦事處；天橋、王家、杏山3個街道辦事處由錦州經濟技術開發區（不是正式行政區）代管。　二、黑山縣：撤銷鎮安滿族鄉、羊腸河鎮，合并設立鎮安滿族鄉；撤銷勝利鄉、太和鎮，合并設立太和鎮；撤銷二道鄉、繞陽河鎮，合并設立繞陽河鎮；撤銷六合鄉、英城子鄉，合并設立英城子鄉；撤銷四間房鄉、常興鎮，合并設立常興鎮；撤銷李屯鄉、芳山鎮，合并設立芳山鎮；撤銷羅屯鄉、薛屯鄉，合并設立薛屯鄉；撤銷白廠門滿族鎮、無梁殿滿族鎮，分別設立白廠門鎮、無梁殿鎮。　三、義縣：撤銷冷家溝鄉、瓦子峪鎮，合并設立瓦子峪鎮；撤銷車坊滿族鄉、大榆樹堡鎮，合并設立大榆樹堡鎮；撤銷石佛堡鄉、張家堡鄉，合并設立張家堡鄉；撤銷九道嶺滿族鎮、羅家屯鎮，合并設立九道嶺鎮；撤銷城關鄉、紅墻子滿族鄉，合并設立城關滿族鄉；撤銷稍戶營子滿族鎮，設立稍戶營子鎮。　四、凌海市：撤銷東花鄉、金城街道辦事處，合并設立金城街道辦事處；撤銷大中鄉、三臺子鎮，合并設立三臺子鎮；撤銷大有鄉、西八千鄉，合并設立西八千鄉；撤銷巧鳥鄉、松山鎮，合并設立松山鎮；撤銷大碾鄉、沈家臺鎮，合并設立沈家臺鎮；撤銷高峰鄉、白臺子鄉，合并設立白臺子鄉；撤銷右衛滿族鎮，設立右衛鎮。　五、北寧市：撤銷曹屯鄉、廖屯鎮，合并設立廖屯鎮；撤銷新立鄉、吳家鄉，合并設立吳家鄉；撤銷窟窿臺鎮、中安鎮、五糧鄉、高力板鄉，合并設立中安鎮；撤銷廣寧街道辦事處、汪家墳鄉，合并設立遼城鄉；將原廣寧街道辦事處所轄的其余的村委會、社區居委會分設三個街道辦事處：北鎮街道辦事處，觀音閣街道辦事處，廣寧街道辦事處。

2002年6月，錦州市總面積10111.45平方千米，總人口約308.71萬人，轄3個市轄區、2個縣，代管2個縣級市，共有34個街道、48個鎮、33個鄉（其中9個民族鄉），273個社區、1655個行政村，市政府駐解放路三段32號。

2003年7月，撤銷凌海市松山鎮，設立錦州市南站新區以及松山、巧鳥2個街道辦事處。南站新區享有市級經濟管理權限、縣區級政府的行政管理職能，轄區面積165平方千米，下轄24個行政村，4萬人口。2006年2月8日，民政部（民函[2006]32號）批準：同意將遼寧省北寧市更名為北鎮市。2006年3月7日，遼寧省政府《關于同意將北寧市更名為北鎮市的批復》（遼政[2006]44號）：經國務院批準，同意將北寧市更名為北鎮市，其所轄行政區域不變，繼續執行民族自治地方的有關政策。

2007年1月5日，撤銷錦州市凌南新區和南站新區，合并設立松山新區。松山新區仍然保留錦州高新技術產業開發區的牌子，實行一套人馬兩個機構，總面積215平方千米，人口近10萬。松山新區代管太和區凌南街道，凌海市松山街道和巧鳥街道。2007年3月，將凌海市娘娘宮鎮劃歸錦州經濟技術開發區代管。

2010年第六次人口普查，錦州市常住總人口3126463人，其中：古塔區287599人，凌河區409606人，太和區394594人，黑山縣615085人，義縣396602人，凌海市508079人，北鎮市514898人。