會澤名之來由，蓋因，境內壁谷小江與金沙江會，東洪江與牛欄江會，至與魯甸分界處牛欄江與金沙江又會，以數水所會定名，故名會澤。會澤開發墾殖甚早，《華陽國志·蜀志》說，秦、漢修“五尺道”和南夷道，都以焚道為起點，向南延伸，從會無縣渡瀘得堂狼（即會澤縣）。
西漢建元六年（公元前135年）置堂瑯縣，屬犍為郡，東漢屬犍為國都尉，三國蜀漢為堂瑯縣，分犍為立朱提郡【一說，漢武帝建元六年（前135）為三絳縣，東漢永初元年（107）為堂瑯縣】。隋朝屬恭州地。唐武德四年（621）改為唐興縣，唐咸通年間為南詔國東川郡。宋大理段氏設東川大都督，后為烏蠻閟畔部，元初置閟畔萬戶府，至元十五年（1278）改閟畔軍民總管府，二十八年（1291）立東川路，明洪武十四年（1381）開置東川土府，隸云南布政使司，十六年（1383）改隸四川，為東川軍民府。
清順治十六年（1659）稱東川府內附，康熙三十七年（1699）改設流官。康熙三十八年（1699）為東川府。雍正五年（1727）置會澤縣，以征糧不便，東川府又折出四川，改隸云南布政使司，會澤縣駐巧家，翌年遷到鐘屏。民國二年（1913），裁東川府，改名東川縣，屬云南滇中道。1929年改名會澤縣（一說為1919年，又一說為1927年），1947年屬曲靖專署。
1949年獲得解放，以后隸屬昭通專區。1954由會澤縣境劃出湯山、因民、新村、布卡等四區成立東川礦區，由省直轄。1958年10月成立東川市，撤會澤縣劃為會澤、迤車、者海、待補四個聯社隸屬東川市（一說為東川市會澤區）。1965年恢復會澤縣，改隸曲靖專區。1970年屬曲靖地區，1997屬地級曲靖市。
1997年，會澤縣面積5886.3平方千米，人口約83.8萬人。轄7個鎮、17個鄉：鐘屏鎮、娜姑鎮、迤車鎮、羅布古鎮、者海鎮、礦山鎮、待補鎮、金鐘鄉、大海鄉、老廠鄉、五星鄉、大橋鄉、梨園鄉、馬路鄉、紙廠鄉、火紅鄉、樂業鄉、新街回族鄉、大井鄉、雨碌鄉、魯納鄉、上村鄉、駕車鄉、田壩鄉。縣政府駐鐘屏鎮。
2000年第五次人口普查，會澤縣常住總人口844485人，其中：鐘屏鎮21916人，娜姑鎮62759人，迤車鎮55408人，羅布古鎮30013人，礦山鎮22437人，者海鎮91432人，待補鎮44056人，紙廠鄉15227人，梨園鄉15220人，馬路鄉22711人，火紅鄉27058人，樂業鄉32696人，大井鄉36769人，新街鄉30991人，金鐘鄉102734人，雨碌鄉33199人，大海鄉25473人，魯納鄉20465人，老廠鄉17725人，上村鄉29267人，五星鄉25411人，駕車鄉25210人，大橋鄉25263人，田壩鄉31045人。
2001年12月18日，云南省政府（云政復[2001]220號）批準同意撤銷會澤縣鐘屏鎮、金鐘鄉，設立金鐘鎮。至此，全縣轄7個鎮、15個鄉、1個民族鄉：金鐘鎮、娜姑鎮、羅布鎮、者海鎮、待補鎮、礦山鎮、迤車鎮、大橋鄉、五星鄉、雨碌鄉、上村鄉、大海鄉、樂業鄉、架車鄉、魯納鄉、火紅鄉、田壩鄉、紙廠鄉、大井鄉、梨園鄉、馬路鄉、老廠鄉、新街回族鄉。
2002年9月8日，省政府批準同意大井鄉撤鄉設鎮。2003年末，全縣轄金鐘、大井、娜姑、迤車、羅布古、者海、礦山、待補8個鎮和紙廠、梨園、馬路、火紅、樂業、新街、雨碌、大海、魯納、老廠、上村、五星、駕車、大橋、田壩15個鄉，下設361個行政村、15個社區。總人口數為90.41萬人，其中農業人口83.49萬人，非農業人口6.93萬人。每平方千米人口密度154人。共有21個民族，少數民族人口4.55萬人，占總人口的5.03%。2005年末，全縣總人口93.59萬人，其中：農業人口86.34萬人，占總人口的92.25%。
2006年3月16日，省政府批準同意：撤銷梨園鄉，其行政區域并入迤車鎮，迤車鎮政府駐地不變；撤銷樂業鄉和羅布古鎮，設立樂業鎮，新設立的樂業鎮管轄原樂業鄉和羅布古鎮管轄的行政區域范圍，鎮政府駐原羅布古鎮政府駐地。
2006年，全縣總面積6077平方千米。總人口89.35萬人。轄8個鎮、13個鄉（其中1個民族鄉）：金鐘鎮、娜姑鎮、迤車鎮、礦山鎮、者海鎮、待補鎮、大井鎮、樂業鎮、紙廠鄉、馬路鄉、火紅鄉、新街回族鄉、雨碌鄉、大海鄉、魯納鄉、老廠鄉、上村鄉、五星鄉、駕車鄉、大橋鄉、田壩鄉。共有15個居委會、361個行政村。縣政府駐金鐘鎮。
2010年第六次人口普查，會澤縣常住總人口908292人，其中：金鐘鎮154328人，娜姑鎮61124人，迤車鎮81784人，樂業鎮70209人，礦山鎮23559人，者海鎮92108人，大井鎮38243人，待補鎮40779人，大海鄉24106人，老廠鄉19925人，五星鄉29498人，大橋鄉30816人，紙廠鄉16729人，馬路鄉26128人，火紅鄉32223人，新街鄉26948人，雨碌鄉34478人，魯納鄉18065人，上村鄉33721人，駕車鄉22373人，田壩鄉31148人。
2013年10月20日，省政府（云政復[2013]77號）批準同意撤銷金鐘鎮。會澤縣撤銷金鐘鎮，設立金鐘街道、古城街道、寶云街道；保留娜姑鎮、迤車鎮、樂業鎮、者海鎮、待補鎮、礦山鎮、大井鎮和大海鄉、老廠鄉、五星鄉、大橋鄉、紙廠鄉、馬路鄉、火紅鄉、雨碌鄉、魯納鄉、上村鄉、駕車鄉、田壩鄉、新街回族鄉。調整后，會澤縣轄3個街道、7個鎮、13個鄉。2014年，待補鎮、迤車鎮被列為全國重點鎮。