昆都侖區因境域跨昆都侖河得名。“昆都侖”系蒙古語譯音，意為“橫”。1949年前后屬包頭縣、烏拉特前旗。1956年設昆都侖區。

1996年?，昆都侖區面積75.5平方千米，人口36.1萬，其中蒙古族占3.3%，轄11個街道：阿爾丁大街街道、張家營子街道、少先路街道、白云鄂博路街道、鞍山道街道、前進道街道、阿吉拉街道、友誼大街街道、團結大街街道、沼潭街道、林蔭路街道。

2000年第五次人口普查，昆都侖區總人口505951人，其中：少先路街道57826人，張家營子街道11604人，沼潭街道34098人，林蔭路街道25446人，友誼大街街道30217人，阿爾丁大街街道38450人，團結大街街道39132人，鞍山道街道32937人，前進道街道36567人，市府東路街道20831人，白云鄂博路街道28548人，黃河西路街道33195人，昆工路街道31507人，昆河鎮73964人，包鋼集團公司廠區11629人。

2000年，昆都侖區面積94.8平方千米。人口50萬人。轄13個街道、1個鎮，177個居委會、4個村委會。

2006年，全區面積95平方千米，人口57萬人。

2008年，將九原區的部分行政區域劃歸昆都侖區管轄。

2009年，全區面積301平方千米，人口64.3萬人。轄14個街道、3個鎮。