秦漢以前，屬羌人牧地。東漢景帝建發十九年（214年）歸附漢朝。西晉時為吐谷渾轄地，北周建德五年（576年）地屬北周廓州總管府轄。隋朝前期屬吐谷渾轄，后期屬西海郡赤水縣（治今興海縣境）地。唐高宗始為吐蕃管轄。天寶十二年（753年）屬唐洮陽郡。五代十國時期為吐蕃、吐谷渾、黨項、羌等勢力各霸一方，無以統屬。北宋時屬中原王朝。南宋時屬金國。元為吐蕃等處宣慰司轄地，屬河州必里萬戶符。

明為朵甘行都指揮使司轄地，萬歷后屬河州必里千戶符。清屬循化廳，為和碩特前首旗（俗稱河南親王）牧地。民國初由“青海辦事長官”及“蒙蕃宣慰使”管轄，民國廿四年（1935年），和碩特南左中旗劃同德縣，其余“河南三旗”由河南親王統領，隸省直轄。1954年10月成立河南蒙族自治區（縣級），由省直轄。1955年6月改稱河南蒙族自治縣。1959年由黃南自治州代管。1964年更名為河南蒙古族自治縣。1978年12月縣駐地有干灘更名為優干寧。

1999年末，河南蒙古族自治縣面積6273平方千米，人口28683人（根據青海省志）。轄6鄉：智后茂鄉、賽爾龍鄉、寧木特鄉、托葉瑪鄉、多松鄉、柯生鄉。縣政府駐優干寧（智后茂鄉轄地）。

2000年第五次人口普查，河南蒙古族自治縣總人口32260人，其中：智后茂鄉7580人、寧木特鄉8132人、托葉瑪鄉3827人、賽爾龍鄉3177人、柯生鄉2705人、多松鄉2180人、優干寧地區（未批鎮）4649人。

2001年3月19日，青海省人民政府青政函[2001]21號文批復：撤銷智后茂鄉，設立并命名為優干寧鎮（鎮政府駐地不變）。調整后，河南蒙古族自治縣轄1個鎮、5個鄉：優干寧鎮、寧木特鄉、托葉瑪鄉、賽爾龍鄉、柯生鄉、多松鄉。

2001年末，河南蒙古族自治縣總人口3.1萬人，其中少數民族2.85萬人，占全縣總人口的92.06％。全縣轄1個鎮、5個鄉，38個村（牧）委會。　優干寧鎮：駐優干寧，轄智后茂、參美、秀甲、荷日恒、多特、直龍、納其、阿木乎、吉仁木9個牧委會。　賽爾龍鄉：駐牙塘，轄賽爾龍、尖克日、尕欠、尕克、蘭龍5個牧委會。　寧木特鄉：駐曲格寺，轄寧木特、作毛、周龍、衛拉、德旦、浪琴、蘇青、夏拉、賽爾永、梧桐、尕群11個牧委會。　托葉瑪鄉：駐托葉瑪，轄托葉瑪、曲海、夏吾特、曲龍、文群、寧賽6個村委會。　多松鄉：駐上多松，轄多松、夏日達哇、拉讓3個牧委會。　呵生鄉：駐香扎寺，轄柯生、毛曲、尖克、次漢蘇4個牧委會。

2006年8月，撤銷托葉瑪鄉，并入優干寧鎮。調整后，全縣轄1個鎮、4個鄉：優干寧鎮、寧木特鄉、多松鄉、賽爾龍鄉、柯生鄉。