因縣南有鹽井河，故名。一說因縣有鹽井，鹽源豐盛為名。西漢元鼎六年（111）置定縣，唐初為昆明縣，唐中為香城郡，宋時為大理地方政權所據，名賀頭甸，元為柏興府，明為鹽井衛，清雍正六年（1728）改鹽井衛為鹽源縣，民國初屬四川十八行政督察區，1939年屬西康省第三行政督察區。1950年屬西昌地區，1964年改為鹽源彝族自治縣，1978年復名鹽源縣。
1996年，鹽源縣面積8376.4平方千米，人口約28.9萬人，其中漢族占47%，彝族占45%，蒙古族占5%。轄8個鎮、25個鄉：鹽井鎮、衛城鎮、梅雨鎮、平川鎮、黃草鎮、白烏鎮、瀘沽湖鎮、樹河鎮、雙河鄉、干海鄉、下海鄉、棉椏鄉、博大鄉、桃子鄉、前所鄉、梅子坪鄉、巴折鄉、阿薩鄉、右所鄉、大坡蒙古族鄉、長柏鄉、洼里鄉、沃底鄉、金河鄉、蓋租鄉、大河鄉、鹽塘鄉、田灣鄉、藤橋鄉、大草鄉、甘塘鄉、馬鹿鄉、德石鄉。縣政府駐鹽井鎮。
2000年第五次人口普查，鹽源縣常住總人口313765人，其中：鹽井鎮35328人，衛城鎮19596人，梅雨鎮21431人，白烏鎮16533人，樹河鎮9260人，黃草鎮13445人，平川鎮14124人，瀘沽湖鎮10633人，雙河鄉18786人，干海鄉15497人，下海鄉9182人，棉椏鄉13014人，甘塘鄉6929人，馬鹿鄉3224人，藤橋鄉3492人，田灣鄉3180人，德石鄉3667人，大河鄉8623人，鹽塘鄉8471人，大草鄉5265人，博大鄉6767人，金河鄉7831人，右所鄉6795人，巴折鄉5073人，阿薩鄉3878人，長柏鄉10513人，桃子鄉4911人，蓋租鄉6008人，前所鄉6208人，沃底鄉6204人，大坡蒙古族鄉3758人，洼里鄉3749人，梅子坪鄉2390人。
2004年，鹽源縣轄8個鎮（鹽井、平川、衛城、梅雨、黃草、白烏、瀘沽湖、樹河）、25個鄉（雙河、干海、下海、棉埡、博大、桃子、前所、巴折、阿薩、右所、長柏、洼里、沃底、金河、蓋租、大河、鹽塘、田灣、藤橋、大草、甘塘、馬鹿、德石、巫木、梅子坪）、1個民族鄉（大坡蒙古族）。
2010年第六次人口普查，鹽源縣常住總人口350176人，其中：鹽井鎮47380人，衛城鎮22213人，梅雨鎮23975人，白烏鎮16692人，樹河鎮8835人，黃草鎮10075人，平川鎮16270人，瀘沽湖鎮10731人，雙河鄉20824人，干海鄉17141人，下海鄉13378人，棉椏鄉16268人，甘塘鄉6266人，馬鹿鄉3000人，藤橋鄉3052人，田灣鄉3043人，德石鄉3632人，大河鄉11149人，鹽塘鄉7335人，巫木鄉5614人，大草鄉3530人，博大鄉7284人，金河鄉9471人，右所鄉6807人，巴折鄉5906人，阿薩鄉2418人，長柏鄉8721人，桃子鄉5041人，蓋租鄉4505人，前所鄉6132人，沃底鄉4863人，大坡蒙古族鄉3458人，洼里鄉12459人，梅子坪鄉2708人。