南朝梁天監六年（569）置蓬州，1913年更名蓬安縣。因縣有蓬山，狀若海上蓬萊，置縣以安，故名蓬安。

1996年，蓬安縣面積1332平方千米，人口66.6萬人。轄15鎮23鄉：周口鎮、錦屏鎮、金溪鎮、徐家鎮、巨龍鎮、河舒鎮、興旺鎮、羅家鎮、利溪鎮、正源鎮、龍云鎮、龍蠶鎮、楊家鎮、福德鎮、銀漢鎮、三壩鄉、馬回鄉、白玉鄉、高廟鄉、群樂鄉、睦壩鄉、萬和鄉、平頭鄉、鮮店鄉、茶亭鄉、諸家鄉、騎龍鄉、金甲鄉、新園鄉、碧溪鄉、石孔鄉、開元鄉、新河鄉、南燕鄉、天成鄉、海田鄉、濟渡鄉、鳳石鄉。縣政府駐周口鎮。

2000年，蓬安縣轄15個鎮、31個鄉。2000年第五次人口普查，蓬安縣常住總人口639314人，其中：周口鎮78119人，錦屏鎮25914人，巨龍鎮17017人，正源鎮14671人，龍云鎮9623人，金溪鎮15696人，徐家鎮21814人，河舒鎮21542人，利溪鎮22054人，龍蠶鎮16405人，楊家鎮14738人，羅家鎮11236人，福德鎮16198人，銀漢鎮13999人，興旺鎮15781人，馬回鄉8917人，高廟鄉11846人，群樂鄉10957人，長梁鄉8493人，兩路鄉7351人，睦壩鄉19602人，萬和鄉10843人，石梁鄉12304人，平頭鄉11285人，鮮店鄉10990人，向東鄉6914人，茶亭鄉12021人，諸家鄉13707人，黃坪鄉6455人，騎龍鄉9276人，金甲鄉9733人，金馬鄉5162人，新園鄉10430人，三壩鄉12072人，白玉鄉11466人，碧溪鄉12392人，柳灘鄉12788人，石孔鄉9510人，開元鄉5901人，中華鄉7077人，新河鄉11033人，南燕鄉13335人，天成鄉12945人，海田鄉10220人，濟渡鄉10048人，風石鄉9434人。

2005年，蓬安縣轄1個街道、15個鎮、31個鄉：相如街道、周口鎮、錦屏鎮、巨龍鎮、正源鎮、龍云鎮、金溪鎮、徐家鎮、河舒鎮、利溪鎮、龍蠶鎮、楊家鎮、羅家鎮、福德鎮、銀漢鎮、興旺鎮、馬回鄉、高廟鄉、群樂鄉、長梁鄉、兩路鄉、睦壩鄉、萬和鄉、石梁鄉、平頭鄉、鮮店鄉、向東鄉、茶亭鄉、諸家鄉、黃坪鄉、騎龍鄉、金甲鄉、金馬鄉、新園鄉、三壩鄉、白玉鄉、碧溪鄉、柳灘鄉、石孔鄉、開元鄉、中華鄉、新河鄉、南燕鄉、天成鄉、海田鄉、濟渡鄉、鳳石鄉。

2006年6月14日，四川省人民政府（川府民政[2006]27號）批準：同意蓬安縣調整鄉鎮行政區劃。調整后，蓬安縣轄39個鄉鎮。具體批復如下：　一、錦屏、巨龍、金溪、徐家、河舒、羅家、興旺7個區委、督導組，由南充市自行撤銷。　二、撤銷馬回、白玉、中華、向東、萬和、黃坪、金馬7個鄉和相如街道辦事處。　三、擴大6個鄉鎮的行政區域。　將原白玉鄉和相如街道辦事處所屬行政區域并入周口鎮。周口鎮政府駐周口。　將原向東、萬和2個鄉所屬行政區域并入金溪鎮。金溪鎮政府駐金溪場。　將原中華鄉所屬行政區域并入羅家鎮。羅家鎮政府駐羅家場。　將原黃坪鄉所屬行政區域并入徐家鎮。徐家鎮政府駐徐家場。　將原馬回鄉所屬行政區域并入長梁鄉。長梁鄉政府駐沙包場。　將原金馬鄉所屬行政區域并入金甲鄉。金甲鄉政府駐金甲場。　四、周口鎮更名為相如鎮。

2007年，全縣轄15個鎮、24個鄉：相如鎮、錦屏鎮、巨龍鎮、正源鎮、龍云鎮、金溪鎮、徐家鎮、河舒鎮、利溪鎮、龍蠶鎮、楊家鎮、羅家鎮、福德鎮、銀漢鎮、興旺鎮、高廟鄉、群樂鄉、長梁鄉、兩路鄉、睦壩鄉、石梁鄉、平頭鄉、鮮店鄉、茶亭鄉、諸家鄉、騎龍鄉、金甲鄉、新園鄉、三壩鄉、碧溪鄉、柳灘鄉、石孔鄉、開元鄉、新河鄉、南燕鄉、天成鄉、海田鄉、濟渡鄉、鳳石鄉。縣政府駐相如鎮。

2010年第六次人口普查，蓬安縣常住總人口567373人，其中：錦屏鎮22467人，巨龍鎮14264人，正源鎮12721人，龍云鎮8269人，金溪鎮27316人，徐家鎮24944人，河舒鎮19202人，利溪鎮17130人，龍蠶鎮14218人，楊家鎮13897人，羅家鎮17153人，福德鎮14734人，銀漢鎮12773人，興旺鎮13333人，相如鎮100344人，高廟鄉9953人，群樂鄉9510人，長梁鄉16666人，兩路鄉6610人，睦壩鄉16244人，石梁鄉10597人，平頭鄉9128人，鮮店鄉8731人，茶亭鄉9001人，諸家鄉12004人，騎龍鄉6802人，金甲鄉12351人，新園鄉9230人，三壩鄉10333人，碧溪鄉10575人，柳灘鄉11021人，石孔鄉8879人，開元鄉3652人，新河鄉9939人，南燕鄉11290人，天成鄉11068人，海田鄉4938人，濟渡鄉8067人，鳳石鄉8019人。

2013年，省政府（川府民政[2013]3號）批復同意蓬安縣三壩鄉人民政府駐地從三壩村遷至姚家壩村。