商周屬衛(wèi)國，春秋戰(zhàn)國屬魏國。秦始皇東游于此命名東昏。王莽改東明縣，其意相對。之后四經(jīng)廢設(shè)，五易歸屬，以弘治三年復(fù)置東明縣。1949年東明縣屬平原省菏澤專署。1952年12月歸河南省鄭州專署。后屬于開封專署。1963年4月劃歸山東省菏澤行政公署�，F(xiàn)屬地級菏澤市。

1994年12月29日，撤銷三春集鄉(xiāng)、馬頭鄉(xiāng)，設(shè)立三春集鎮(zhèn)、馬頭鎮(zhèn)。

1996年，東明縣面積1369平方千米，人口67萬人。轄5個鎮(zhèn)、17個鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)、陸圈鎮(zhèn)、東明集鎮(zhèn)、馬頭鎮(zhèn)、三春集鎮(zhèn)、高村鄉(xiāng)、海頭鄉(xiāng)、菜園集鄉(xiāng)、武勝橋鄉(xiāng)、張寨鄉(xiāng)、沙窩鄉(xiāng)、漁沃鄉(xiāng)、胡莊鄉(xiāng)、長興集鄉(xiāng)、王店鄉(xiāng)、劉樓鄉(xiāng)、焦樓鄉(xiāng)、臨河店鄉(xiāng)、小井鄉(xiāng)、五營鄉(xiāng)、大屯鄉(xiāng)、焦園鄉(xiāng)�？h政府駐城關(guān)鎮(zhèn)。

1996年12月29日，撤銷劉樓鄉(xiāng)，設(shè)立劉樓鎮(zhèn)（魯政函民字[1996]67號）。2000年6月21日，撤銷大屯鄉(xiāng)，設(shè)立大屯鎮(zhèn)，其行政區(qū)域和人民政府駐地不變（魯政函民字[2000]50號）。

2000年第五次人口普查，東明縣常住總?cè)丝?91206人，其中：城關(guān)鎮(zhèn)83759人，東明集鎮(zhèn)34515人，陸圈鎮(zhèn)38282人，馬頭鎮(zhèn)36205人，三春集鎮(zhèn)34222人，劉樓鎮(zhèn)24131人，大屯鎮(zhèn)39070人，漁沃鄉(xiāng)40375人，臨河店鄉(xiāng)17256人，沙窩鄉(xiāng)36016人，長興集鄉(xiāng)30046人，王店鄉(xiāng)22669人，焦園鄉(xiāng)43249人，小井鄉(xiāng)25267人，胡莊鄉(xiāng)29231人，武勝橋鄉(xiāng)21799人，菜園集鄉(xiāng)28844人，張寨鄉(xiāng)25786人，高村鄉(xiāng)16062人，海頭鄉(xiāng)20891人，五營鄉(xiāng)18016人，焦樓鄉(xiāng)19012人，中原油田六七廠6503人。

2002年末，東明縣轄7個鎮(zhèn)、6個鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)、東明集鎮(zhèn)、劉樓鎮(zhèn)、陸圈鎮(zhèn)、馬頭鎮(zhèn)、三春集鎮(zhèn)、大屯鎮(zhèn)、武勝橋鄉(xiāng)、菜園集鄉(xiāng)、小井鄉(xiāng)、沙窩鄉(xiāng)、長興集鄉(xiāng)、焦園鄉(xiāng)�？h政府駐城關(guān)鎮(zhèn)。

2010年5月25日，山東省政府《關(guān)于同意調(diào)整東明縣部分行政區(qū)劃的批復(fù)》（魯政函民字[2010]86號）：撤銷城關(guān)鎮(zhèn)，設(shè)立城關(guān)街道、漁沃街道；撤銷武勝橋鄉(xiāng)，設(shè)立武勝橋鎮(zhèn)。至此，全縣轄2個街道、7個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)：城關(guān)街道、魚沃街道、東明集鎮(zhèn)、劉樓鎮(zhèn)、陸圈鎮(zhèn)、馬頭鎮(zhèn)、三春集鎮(zhèn)、大屯鎮(zhèn)、武勝橋鎮(zhèn)、菜園集鄉(xiāng)、小井鄉(xiāng)、沙窩鄉(xiāng)、長興集鄉(xiāng)、焦園鄉(xiāng)。縣政府駐城關(guān)街道。

2010年第六次人口普查，東明縣常住總?cè)丝?11080人，其中：城關(guān)街道92605人，魚沃街道35718人，東明集鎮(zhèn)53132人，劉樓鎮(zhèn)42438人，陸圈鎮(zhèn)75006人，馬頭鎮(zhèn)37665人，三春集鎮(zhèn)36692人，大屯鎮(zhèn)40513人，武勝橋鎮(zhèn)43812人，菜園集鄉(xiāng)41799人，小井鄉(xiāng)45131人，沙窩鄉(xiāng)63538人，長興集鄉(xiāng)59852人，焦園鄉(xiāng)43179人。

2012年，撤銷菜園集鄉(xiāng)、沙窩鄉(xiāng)，設(shè)立菜園集鎮(zhèn)、沙窩鎮(zhèn)。2013年，撤銷小井鄉(xiāng)，設(shè)立小井鎮(zhèn)（魯政函民字[2013]42號）。至此，全縣轄2個街道、10個鎮(zhèn)、2個鄉(xiāng)：城關(guān)街道、漁沃街道、東明集鎮(zhèn)、劉樓鎮(zhèn)、陸圈鎮(zhèn)、馬頭鎮(zhèn)、三春集鎮(zhèn)、大屯鎮(zhèn)、武勝橋鎮(zhèn)、菜園集鎮(zhèn)、沙窩鎮(zhèn)、小井鎮(zhèn)、長興集鄉(xiāng)、焦園鄉(xiāng)。