西漢高祖六年（公元前201年）置雩都縣，以境內有雩山而得名。1957年，因字生僻，改為于都縣。
　　建縣初幅員遼闊，含現在的寧都、石城、瑞金、安遠、會昌、尋烏等六縣。三國吳嘉禾五年在白鹿營分設陽都縣，南朝梁大同十年在南鄉分設安遠縣，五代時分設石城縣，南唐保大十一年將瑞金監升為瑞金縣，北宋太平興國七年在九州分設會昌縣。古時于都曾為贛南的政治、經濟、文化、交通中心和軍事要地，郡治設在于都近250年之久。蘇區時期，先后分設于都、勝利、登賢、瑞西、興勝、于西等縣，中共贛南省委和省蘇維埃政府駐于都縣城。

　　1984年5月15日，設立新陂鄉、段屋鄉（贛府字[1984]112號）。1987年4月5日，銀坑鄉、祁祿山鄉改設銀坑鎮、祁祿山鎮（贛府廳字[1987]165號批復）。1988年12月10日，撤銷西郊鄉，其行政區域劃歸貢江鎮管轄（贛民函[1988]138號批復）。
　　1994年8月18日，撤銷羅坳鄉、禾豐鄉，設立羅坳鎮、禾豐鎮（贛民字[1994]130號批復）。1995年9月29日，撤銷嶺背鄉，設立嶺背鎮（贛民字[1995]185號批復）。1997年1月14日，撤銷梓山鄉，設立梓山鎮（贛民字[1997]12號批復）。
　　1997年，全縣面積2893平方千米，人口78.6萬。轄9個鎮、18個鄉：貢江鎮、鐵山壟鎮、盤古山鎮、禾豐鎮、祁祿山鎮、羅坳鎮、嶺背鎮、銀坑鎮、梓山鎮、橋頭鄉、葛坳鄉、馬安鄉、曲洋鄉、汾坑鄉、仙下鄉、高龍鄉、車溪鄉、段屋鄉、寬田鄉、沙心鄉、黃麟鄉、羅江鄉、利村鄉、新陂鄉、于陽鄉、小溪鄉、靖石鄉。
　　2000年，根據第五次人口普查數據，全縣總人口746608人；其中：貢江鎮94080人、鐵山垅鎮16991人、盤古山鎮22926人、祁祿山鎮11290人、銀坑鎮40416人、羅坳鎮42966人、禾豐鎮50856人、嶺背鎮49856人、梓山鎮55060人、羅江鄉28987人、小溪鄉22183人、利村鄉27661人、新陂鄉19021人、靖石鄉23570人、黃麟鄉19328人、于陽鄉8963人、沙心鄉7154人、寬田鄉24834人、高龍鄉5497人、汾坑鄉12228人、曲洋鄉13888人、葛坳鄉29973人、橋頭鄉12403人、馬安鄉16550人、仙下鄉44096人、車溪鄉26207人、段屋鄉19624人。
　　2001年9月6日，撤銷曲洋鄉，劃歸葛坳鄉；撤銷汾坑鄉，劃歸銀坑鎮；撤銷于陽鄉，劃歸黃麟鄉；撤銷高龍鄉，劃歸寬田鄉（贛民字[2001]439號批復）。
　　2002年底，于都縣轄9個鎮、14個鄉，24個居委會、402個行政村。2003年底，全縣總人口90.2萬人。2006年，全縣年末戶籍人口958335人，其中非農人口173263人。