北周置商州，以境內商山得名。據《太平寰宇記》：“取古商于之地為名�！贝呵飳贂x，于今址設上洛邑。西漢元鼎四年（公元前113年）于今址設上洛縣，因位于洛河上游，故名，屬弘農郡。東漢封王遵為上洛侯于此，稱上洛侯國。三國魏復設上洛縣。西晉泰始二年（266年）于縣治兼設上洛郡。北魏太延五年（439年）又兼設荊州，太和十七年（493年）改荊州為洛州。北周宣政元年（578年）洛州改名商州。

隋開皇三年（583年）廢上洛郡，改屬商州，旋上洛郡和商州更替設立而變更歸屬。蒙古至元元年（1264年）廢上洛縣，轄地歸商州直轄。明洪武七年（1374年）降商州為商縣，屬華州；成化十三年（1477年）升縣為商州。1913年廢州改商縣。1914年屬關中道。1928年直屬省。1949年屬商雒分區。1950年屬商雒專區。1958年撤銷丹鳳縣，分武關以西地劃歸商縣，1961年復設丹鳳縣時原區域劃歸。

1969年屬商洛地區，為地區行署駐地。1988年6月撤縣設商州市（縣級）。2001年8月31日，國務院批準（國函[2001]94號）：撤銷商洛地區和縣級商州市，設立地級商洛市；商洛市設立商州區，以原縣級商州市的行政區域為商州區的行政區域，區政府駐南大街。

1990年，沙河子區位于市區東南9.4千米，區公所駐地沙河子鄉，東與夜村、北寬坪兩區相接，西界楊峪河區，南鄰黑山區，北依板橋區，總面積192平方千米，轄沙河子鄉、張村鄉、西墹鄉、梁鋪鄉、三賢鄉、看山寺鄉，81個行政村，417個村民小組，共12187戶51196人；夜村區位于市區東30千米，區公所駐地夜村街，東鄰丹鳳縣棣花鄉，西接沙河子區，南連山陽縣火神廟鄉，北界北寬坪區，總面積253平方千米，轄夜村鎮、孝義鄉、兩岔口鄉、兩水寺鄉、白楊店鄉、會峪鄉、張墹鄉，59個行政村，353個村民小組，共42760人；北寬坪區位于市區東北48千米，區公所駐地北寬坪鄉，東鄰丹鳳縣庾嶺區，西依板橋區，南界夜村區，北接洛南縣景村區，總面積186平方千米，轄北寬坪鄉、大河面鄉、碾子凹鄉、廣東坪鄉、韓子坪鄉，32個行政村，180個村民小組，共17844人；楊峪河區位于商州市中部，地處市區西南5.5千米，總面積354平方千米，轄金陵寺鎮、楊峪河鄉、土門庵鄉、仁治鄉、陳塬鄉、劉灣鄉、管家坪鄉、三十里鋪鄉，102個行政村，581個村民小組，共73323人；黑山區位于市區西南35千米，區公所駐地黑山街，東鄰沙河子區和山陽縣過風樓區，西接柞水縣紅巖寺區，南界山陽縣城關鎮，北依楊峪河區，總面積283平方千米，轄黑山鄉、上官坊鄉、閆村鄉、松樹嘴鄉、藥王坪鄉、硯池河鄉，50個行政村，386個村民小組，共34348人；楊斜區位于市區西24千米，區公所駐地楊斜鎮，東連楊峪河、黑山區，西界柞水縣、藍田縣，南鄰黑山區和柞水縣，北接黑龍口、楊峪河區，總面積401平方千米，轄楊斜鎮、麻池河鄉、牛槽鄉、林岔河鄉、東岳廟鄉，53個行政村，312個村民小組，共32971人；黑龍口區位于市區西北26千米，區公所駐地黑龍口鎮后街，北鄰大荊區，西界藍田縣，南接楊斜區，總面積418平方千米，轄黑龍口鎮、麻街鄉、肖塬鄉、火神廟鄉、三岔河鄉、引龍寺鄉、洪門河鄉、韓峪川鄉、鐵爐子鄉、牧護關鄉，1個居委會、85個行政村，2個居民小組、489個村民小組，共12990戶62154人；板橋區位于市區西北16千米，區公所駐地板橋街，東接洛南縣永豐區，西北鄰黑龍口和大荊區，南連沙河子區，總面積167平方千米，轄板橋鄉、龍王廟鄉、水道河鄉、蒲峪鄉、郭村鄉，52個行政村，313個村民小組，共6507戶29093人；大荊區位于市區西北45千米，區公所駐地大荊鎮，東依板橋區和洛南縣永豐區，西連黑龍口區和藍田縣灞塬，南鄰黑龍口區，北接洛南縣保安區，總面積372平方千米，轄大荊鎮、硯川鄉、腰市鄉、李廟鄉、馬角山鄉、東峪鄉、西荊鄉，1個居委會、87個行政村，510個村民小組，共13968戶41483人。（根據商州市志）

1996年，商州市面積2672平方千米，人口54.4萬人。設有9個區公所，轄6鎮54鄉：城關鎮、夜村鎮、金陵寺鎮、大荊鎮、黑龍口鎮、楊斜鎮、北寬坪鄉、碾子凹鄉、廣東坪鄉、韓子坪鄉、大河面鄉、黑山鄉、上官坊鄉、閻村鄉、藥王坪鄉、硯池河鄉、松樹嘴鄉、兩岔口鄉、孝義鄉、張墹鄉、兩水寺鄉、白楊店鄉、會峪鄉、鐵爐子鄉、牧護關鄉、火神廟鄉、引龍寺鄉、三岔河鄉、韓峪川鄉、肖塬鄉、紅門河鄉、麻街鄉、三十里鋪鄉、土門庵鄉、管家坪鄉、仁治鄉、陳塬鄉、劉灣鄉、楊峪河鄉、硯川鄉、腰市鄉、馬角鄉、李廟鄉、西荊鄉、東峪鄉、沙河子鄉、張村鄉、梁鋪鄉、三賢鄉、西墹鄉、看山寺鄉、板橋鄉、水道河鄉、龍王廟鄉、郭村鄉、蒲峪鄉、麻池河鄉、林岔河鄉、東岳廟鄉、牛槽鄉。市政府駐城關鎮。