因縣治在漢江之南，故名。三國魏置安陽縣，西晉改名安康縣，唐至德二年（757）改漢陰縣。故治在今石泉縣南石泉嘴。南宋紹興二年（1132年）移至新店（即今址）。元至元年間省為巡檢司，入金州。明洪武三年（1370年）復置，屬金州。嘉靖三十八年（1559年）屬漢中府。萬歷十一年（1583年）屬興安州。

清乾隆四十七年（1782年）又廢入安康縣，五十五年置漢陰廳，屬興安府。1913年罷廳設漢陰縣，屬漢中道。1928年直屬省。1949年屬安康分區。1950年屬安康專區。1958年撤銷漢陰縣并入石泉縣，1961年以原劃入區域復設漢陰縣，屬安康專區。1969年屬安康地區。2000年屬安康市。

1991年，漢陰縣面積1347平方千米，轄5區1鎮，40個鄉鎮，9個居委會、262個行政村，37個居民小組、1737個村民小組，共8.81萬戶、27.41萬人，其中農業人口25.41萬人。

1995年，漢陰縣面積1347平方千米，人口28萬人。轄3鎮38鄉：城關鎮、蒲溪鎮、澗池鎮、平梁鄉、高粱鄉、紅星鄉、三河鄉、酒店鄉、藥王鄉、八廟鄉、天星鄉、太平鄉、月河鄉、鳳亭鄉、永寧鄉、小街鄉、雙乳鄉、安良鄉、龍太鄉、田禾鄉、清明寨鄉、金花鄉、水田鄉、雙河口鄉、黃龍鄉、龍埡鄉、三清鄉、鹿鳴鄉、石條街鄉、銅錢鄉、堰坪鄉、鳳江鄉、杜家埡鄉、塔嶺鄉、上七鄉、梓龍鄉、漢陽鄉、渭溪鄉、黎明鄉、雙坪鄉、天池鄉�？h政府駐城關鎮。

1996年，撤銷平梁區、蒲溪區、鐵佛區、漩渦區、漢陽區等5個區公所的建制；撤銷太平鄉、月河鄉、天星鄉并入城關鎮，撤銷金花鄉、清明寨鄉并入澗池鎮，同時將三清鄉的東風、中清2個村委會劃歸澗池鎮，撤銷小街鄉、龍太鄉并入蒲溪鎮，撤銷平梁鄉、紅星鄉、高梁鄉、三河鄉合并設立平梁鎮，撤銷雙乳鄉、安良鄉合并設立雙乳鎮，撤銷水田鄉、鹿鳴鄉、三清鄉合并設立鐵佛寺鎮（除三清鄉的兩個村委會外），撤銷龍埡鄉、黃龍鄉合并設立龍埡鎮，撤銷堰坪鄉、杜家埡鄉、梓龍鄉合并設立漩渦鎮，撤銷漢陽鄉、天池鄉、黎明鄉合并設立漢陽鎮，撤銷酒店鄉設立酒店鎮，撤銷雙河口鄉設立雙河口鎮，撤銷上七鄉設立上七鎮，撤銷八廟鄉并入藥王鄉，撤銷鳳亭鄉并入永寧鄉。調整后，漢陰縣轄12個鎮、9個鄉。

2000年第五次人口普查，漢陰縣常住總人口240359人，其中：城關鎮57700人，澗池鎮20698人，蒲溪鎮17721人，平梁鎮24153人，雙乳鎮11176人，鐵佛寺鎮8855人，龍埡鎮9643人，漩渦鎮17352人，漢陽鎮10351人，酒店鎮5371人，雙河口鎮4585人，上七鎮3756人，永寧鄉12327人，藥王鄉8856人，石條街鄉2427人，銅錢鄉1479人，田禾鄉4315人，鳳江鄉5788人，塔嶺鄉2801人，渭溪鄉6240人，雙坪鄉4765人。

2000年，藥王鄉更名為觀音河鄉。2001年區劃調整后，漢陰縣轄12個鎮、6個鄉：城關鎮、澗池鎮、蒲溪鎮、平梁鎮、雙乳鎮、鐵佛寺鎮、龍埡鎮、漩渦鎮、漢陽鎮、酒店鎮、雙河口鎮、上七鎮、永寧鄉、觀音河鄉、石條街鄉、銅錢鄉、田禾鄉、雙坪鄉。2004年末，全縣總人口287764人。（182個行政村）

2010年第六次人口普查，漢陰縣常住總人口246147人，其中：城關鎮66926人，澗池鎮21048人，蒲溪鎮18898人，平梁鎮23379人，雙乳鎮11950人，鐵佛寺鎮9097人，龍埡鎮8956人，漩渦鎮24609人，漢陽鎮16072人，酒店鎮4858人，雙河口鎮4039人，上七鎮3667人，永寧鄉13311人，觀音河鄉7292人，石條街鄉2186人，銅錢鄉1299人，田禾鄉4232人，雙坪鄉4328人。

2011年，撤銷永寧鄉并入澗池鎮，撤銷田禾鄉并入蒲溪鎮，撤銷銅錢鄉、石條街鄉并入鐵佛寺鎮，撤銷觀音河鄉設立觀音河鎮，撤銷雙坪鄉設立雙坪鎮。調整后，漢陰縣轄14個鎮：城關鎮、澗池鎮、蒲溪鎮、平梁鎮、雙乳鎮、鐵佛寺鎮、龍埡鎮、漩渦鎮、漢陽鎮、酒店鎮、雙河口鎮、上七鎮、觀音河鎮、雙坪鎮。

2012年末，漢陰縣面積1365.0平方千米，戶籍人口308872人，常住人口24.65萬人。2013年末，漢陰縣轄14個鎮，共有8個社區、179個行政村，縣政府駐城關鎮。

2015年，撤銷酒店鎮，并入平梁鎮；撤銷上七鎮，并入漩渦鎮；撤銷雙坪鎮，并入漢陽鎮；撤銷龍埡鎮，并入雙河口鎮。調整后，漢陰縣轄10個鎮。