以深澳來屬，有南澳山，在海中，縣名由此。古稱島南、瀛南。隋朝始名南澳。明萬歷年間設南澳副總兵，建城于深澳，分屬福建省、廣東省。清雍正十年置南澳廳，駐海防同知。1912年設南澳縣。1914年全境劃歸廣東省，1958年并入饒平縣，稱南澳公社，1959年恢復縣建制。

2000年第五次人口普查，南澳縣常住總人口70352人，其中：后宅鎮41713人，云澳鎮16959人，深澳鎮8582人，隆東鎮3098人。

2002年，南澳縣轄后宅、深澳、云澳、隆東4個鎮，41個村委會、5個居委會。？年，隆東鎮并入后宅鎮。

2003年，南澳縣轄后宅、深澳、云澳3個鎮，共有5個居委會、41個村委會。全縣總人口21623戶72752人，其中：后宅鎮12933戶42312人，云澳鎮5152戶17642人，深澳鎮1870戶6603人，隆東鎮910戶3582人，青澳管委會758戶2613人。

2008年末，南澳縣面積110.82平方千米（廣東省政區圖冊），戶籍總人口72659人，其中非農業人口27128人。2009年末，南澳縣轄3個鎮，5個居委會、33個行政村。縣政府駐后宅鎮隆澳大街。

2010年第六次人口普查，南澳縣常住總人口60304人，其中：后宅鎮36972人，云澳鎮14955人，深澳鎮8377人。

2012年末，南澳縣面積113.81平方千米（廣東年鑒），常住人口6.09萬人，戶籍人口7.4萬人。轄3個鎮，2個區。