清置于闐縣，以漢古國名命名。于闐為古代尉遲部落名。1959年簡化為于田縣。今于田縣，維吾爾語仍稱克里雅。又稱木尕拉。木尕拉，維吾爾語，意為田鼠。

明代稱克列牙，清代稱克里雅。和闐六城之一。《西域圖志》作克勒底雅：“在齊爾拉東二百里，西距額里齊城四百三十里，有城垣居，六城之一。東傍克勒底雅郭勒。”據(jù)《回疆志》載，克里雅城周約二里九分余，東西南北各有一門。西漢為扌于彌國地，隸西域都護府。兩漢后屬于闐。《唐書·西域傳》：“于闐東三百里有建德力河，河之東有汗彌居建德力城，亦曰拘彌城即寧彌故城。”寧彌、拘彌、汗彌即《漢書·西域傳》之扌于彌：“扌于彌國，王治扌于彌城。”建德力河即克里雅河。

清乾隆二十四年（1759年）置四品阿奇木伯克，隸和闐辦事大臣。光緒八年（1882年）置于闐縣，縣治初設在喀拉喀什。克里雅為驛站，稱凱揚驛。光緒十一年（1885年）縣治遷至克里雅，即今木尕拉鎮(zhèn)所在地，隸和闐直隸州。1920年隸和闐道。1950年屬和闐專區(qū)。1959年縣名簡寫為于田。1977年屬和田地區(qū)。

1996年，于田縣轄2個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)：木尕拉鎮(zhèn)、先拜巴扎鎮(zhèn)、加依鄉(xiāng)、科克亞鄉(xiāng)、阿熱勒鄉(xiāng)、阿日希鄉(xiāng)、蘭干鄉(xiāng)、斯也克鄉(xiāng)、托克日尕孜鄉(xiāng)、喀爾肯鄉(xiāng)、奧依托克拉鄉(xiāng)、阿羌鄉(xiāng)、英巴格鄉(xiāng)、希吾勒鄉(xiāng)、達里雅博依鄉(xiāng)。

2000年第五次人口普查，于田縣常住總?cè)丝?12061人，其中：木尕拉鎮(zhèn)37252人、先拜巴扎鎮(zhèn)16586人、加依鄉(xiāng)15370人、科克亞鄉(xiāng)17141人、阿熱勒鄉(xiāng)13930人、阿日希鄉(xiāng)6353人、蘭干鄉(xiāng)19009人、斯也克鄉(xiāng)18545人、托格日尕孜鄉(xiāng)11728人、喀爾克鄉(xiāng)13186人、奧依托格拉克鄉(xiāng)16377人、阿羌鄉(xiāng)7573人、英巴格鄉(xiāng)8206人、希吾勒鄉(xiāng)3802人、達里亞博依鄉(xiāng)1118人、拉依蘇良種場2299人、縣羊場1273人、于田監(jiān)獄2313人。

2003年，于田縣總面積39094.83平方千米，總?cè)丝?21483人。轄2鎮(zhèn)、13鄉(xiāng)：木尕拉鎮(zhèn)、先拜巴扎鎮(zhèn)、加依鄉(xiāng)、科克亞鄉(xiāng)、阿熱勒鄉(xiāng)、阿日希鄉(xiāng)、蘭干鄉(xiāng)、斯也克鄉(xiāng)、托格日尕孜鄉(xiāng)、喀拉克爾鄉(xiāng)、希吾勒鄉(xiāng)、奧依托格拉克鄉(xiāng)、阿羌鄉(xiāng)、英巴格鄉(xiāng)、達里雅布依鄉(xiāng)。縣政府駐木尕拉鎮(zhèn)。

2010年第六次人口普查，于田縣常住總?cè)丝?49899人，其中：木尕拉鎮(zhèn)30179人，先拜巴扎鎮(zhèn)19796人，加依鄉(xiāng)17612人，科克亞鄉(xiāng)18582人，阿熱勒鄉(xiāng)17941人，阿日希鄉(xiāng)7664人，蘭干鄉(xiāng)19524人，斯也克鄉(xiāng)21862人，托格日尕孜鄉(xiāng)14573人，喀拉克爾鄉(xiāng)14294人，奧依托格拉克鄉(xiāng)18271人，阿羌鄉(xiāng)8494人，英巴格鄉(xiāng)9070人，希吾勒鄉(xiāng)4312人，達里亞博依鄉(xiāng)1281人，拉依蘇良種場2489人，國營(昆侖)種羊場1580人，新城區(qū)街道13687人，老城區(qū)街道6159人，蘭干博孜亞農(nóng)場2529人。