清康熙二十六年(1687年)以威清、鎮西二衛置清鎮縣，取二衛首字為名，屬安順府。1992年撤縣設市。

1999年末，全市行政區域總面積1492.4平方千米。總人口48.03萬人，其中非農業人口10.57萬人；少數民族人口10.37萬人，占總人口的21.59%。轄4個鎮、6個鄉（其中3個民族鄉）、299個村委會、43個居委會。市政府駐紅楓湖鎮。

2000年第五次人口普查，清鎮市總人口471305人，其中：紅楓湖鎮152920人，站街鎮77945人，衛城鎮51595人，新店鎮44611人，王莊布依族苗族鄉17322人，麥格苗族布依族鄉19239人，暗流鄉17558人，王莊布依族苗族鄉17975人，流長苗族鄉40547人，犁倭鄉31593人。

2001年末，清鎮市總人口50.53萬人，其中少數民族人口11.92萬人，占23.59%。非農業人口10.85萬人。轄6個鄉（其中3個民族鄉），4個鎮、299個村委會、43個居委會。

2002年9月5日，貴州省政府批準同意調整紅楓湖鎮行政區劃，設立青龍街道。將紅楓湖鎮所轄的中心、青龍、東北等20個村及新華路、建國路、新民路等19個居委會轄區劃由青龍街道管轄，紅楓湖鎮所轄行政區域相應進行調整。

2002年末，清鎮市總人口為50.96萬人。其中，非農業人口10.98萬人，少數民族人口10.84萬人。轄4個鎮、6個鄉（其中3個民族鄉），299個村委會、43個居委會。

2003年末，清鎮市總人口51.65萬人，其中非農業人口11.08萬人，占21.46%。轄1個街道、4個鎮、6個鄉（其中3個民族鄉），299個村委會、32個社區。

2004年，清鎮市政府駐地改為青龍街道辦事處。2006年3月27日，《省人民政府關于同意清鎮市調整站街鎮紅楓湖鎮部分行政區劃的批復》（黔府函[2006]36號）同意清鎮市調整站街鎮和紅楓鎮部分行政區劃，將原屬站街鎮的駱家橋村劃歸紅楓湖鎮管轄。

2007年11月12日，經省政府批準，新店鎮政府駐地自新店村遷移到徐家溝村。2007年末，清鎮市總面積1492平方千米，總人口49.62萬人，非農業人口10.62萬人。轄1個街道、4個鎮、6個鄉（其中3個民族鄉），30個居委會（社區）、299個行政村。

2010年第六次人口普查，清鎮市常住總人口467790人，其中：青龍街道133053人，紅楓湖鎮43763人，站街鎮71328人，衛城鎮46825人，新店鎮39196人，百花湖鄉16448人，麥格苗族布依族鄉16422人，暗流鄉15494人，王莊布依族苗族鄉17512人，流長苗族鄉37384人，犁倭鄉30365人。2010年末，清鎮市常住人口46.80萬人。

2011年9月，正式將清鎮市的百花湖鄉移交金陽新區管理。2011年末，清鎮市面積1492平方千米，常住人口46.96萬人；戶籍人口516481人，其中農業人口409751人、農業人口106730人。轄1個街道、4個鎮、6個鄉（3個民族鄉）：青龍街道、紅楓湖鎮、站街鎮、衛城鎮、新店鎮、百花湖鄉、麥格苗族布依族鄉、暗流鄉、王莊布依族苗族鄉、流長苗族鄉、犁倭鄉。共有38個居委會、299個行政村，1820個村民小組。市政府駐青龍街道紅旗路3號。

2011年6月，將青龍街道集中連片的10個城區居委會劃出設立紅新、新嶺2個社區服務中心。2012年4月28日，百花、巢鳳、紅塔3個社區服務中心正式掛牌成立。2012年11月15日，國務院批準同意將清鎮市的百花湖鄉劃歸貴陽市觀山湖區管轄。調整后，清鎮市總面積1383平方千米，人口約49萬人。

2013年12月16日，省政府（黔府函[2013]267號）批復同意：撤銷犁倭鄉，設置犁倭鎮，鎮政府駐犁倭村；撤銷暗流鄉，設置暗流鎮，將衛城鎮關口村劃入暗流鎮管轄，鎮政府駐關口村。

全市現轄6個鎮、3個民族鄉：紅楓湖鎮、站街鎮、衛城鎮、新店鎮、暗流鎮、犁倭鎮、麥格苗族布依族鄉、王莊布依族苗族鄉、流長苗族鄉，以及新嶺、紅塔、巢鳳、百花、紅新5個社區服務中心。