寧洱，取“安寧的普洱”之意。曾改為普洱縣，因普洱山而得名。 商、周時(shí)，屬產(chǎn)里地。秦朝屬西南夷地。西漢為哀牢地；東漢、三國蜀漢屬益州永昌郡；兩晉南北朝屬寧州永昌郡。隋屬濮部。唐南詔國為步日賧（今寧洱縣城），屬銀生節(jié)度。宋大理國為威楚府步日部。元置普日思摩甸長官司，屬元江路。明洪武十六年（1383），普日思麼甸長官司省入車?yán)镘娒窀姆Q普耳，萬歷年間改稱普洱。
清初屬元江府，康熙三年（1663）設(shè)元江府分防通判駐普洱，雍正七年（1729）7月，設(shè)普洱府；雍正八年（1730）7月，普洱府屬迤東道（治曲靖府）。雍正十三年（1735）10月，以攸樂通判改置寧洱縣，轄圓通、信成、善長、嘉會(huì)、義正五里和、普藤、勐旺、整董、勐烏、烏得五勐地及竜得、等角，為普洱府駐地。乾隆三十一年（1766）10月，普洱府屬迤南道（治普洱府）。
民國2年（1913）4月，裁府留縣，寧洱縣更名為普洱縣，迤南道更名為滇南道，普洱縣為滇南道駐地；民國3年（1914）6月，滇南道改為普洱道，道署由寧洱縣遷駐思茅縣；因與道同名，普洱縣復(fù)名為寧洱縣。民國15年（1926），普洱道署遷回寧洱縣。民國18年（1929）11月，廢普洱道，設(shè)立云南省第二殖邊督辦公署，公署駐寧洱縣；民國21年（1932）4月，寧洱縣屬第12政務(wù)視察區(qū)；民國23年（1934）4月，寧洱縣屬第15政務(wù)視察區(qū)；民國24年（1935）8月，寧洱縣屬第6政務(wù)視察區(qū)；民國27年（1938）9月，寧洱縣屬第8政務(wù)視察區(qū)；民國28年（1939）第二殖辦督辦公署裁撤；民國30年（1941）6月15日，寧洱縣屬云南省第一區(qū)行政督察專員公署，為專署駐地；民國31年（1942）7月，寧洱縣屬第四區(qū)行政督察專員公署，為專署駐地；民國35年（1946）10月，寧洱縣屬第七區(qū)行政督察專員公署。
1949年3月11日，寧洱解放；5月10日，寧洱縣臨時(shí)人民政府成立。8月1日，改稱寧洱縣人民政府，為寧洱專區(qū)駐地。9月，全縣成立10個(gè)區(qū)、104個(gè)村、6個(gè)街人民政府。1950年11月，寧洱縣人民政府駐地由寧洱遷往磨黑。1951年4月2日，政務(wù)院批準(zhǔn)：將寧洱專區(qū)更名為普洱專區(qū)，將寧洱縣更名為普洱縣，縣人民政府駐寧洱鎮(zhèn)，普洱專區(qū)駐普洱縣。1953年3月28日，政務(wù)院批準(zhǔn)：普洱專區(qū)更名為思茅專區(qū)，駐地由普洱縣遷至思茅縣（1955年5月遷駐思茅）。
1955年6月，普洱縣人民政府駐地從磨黑遷回寧洱。1958年3月，普洱縣通關(guān)區(qū)（面積361平方千米）劃歸墨江縣。1960年9月13日，國務(wù)院全體會(huì)議第103次會(huì)議通過：撤銷思茅縣，將原思茅縣的行政區(qū)域并歸普洱縣（1958年11月撤并）。1970年，思茅專區(qū)改為思茅地區(qū)，普洱縣屬思茅地區(qū)。1981年5月9日國務(wù)院批復(fù)：設(shè)立思茅縣。以合并于普洱縣的原思茅縣的思茅鎮(zhèn)和云仙、震東、南屏、竹林、翠云、大寨6個(gè)公社，為思茅縣的行政區(qū)域，縣級(jí)機(jī)關(guān)駐思茅鎮(zhèn)（1982年1月分設(shè)）。
1985年6月11日國務(wù)院【國函字88號(hào)】批復(fù)：撤銷普洱縣，設(shè)立普洱哈尼族彝族自治縣，以原普洱縣的行政區(qū)域?yàn)槠斩嶙逡妥遄灾慰h的行政區(qū)域；12月15日正式成立。2003年10月30日，國務(wù)院批準(zhǔn)（國函[2003]113號(hào)）：撤銷思茅地區(qū)，設(shè)立地級(jí)思茅市，普洱縣屬地級(jí)思茅市。2007年1月21日，國務(wù)院（國函[2007]8號(hào)）批準(zhǔn)：同意云南省思茅市更名為云南省普洱市，普洱哈尼族彝族自治縣更名為寧洱哈尼族彝族自治縣，思茅市翠云區(qū)更名為普洱市思茅區(qū)。2月16日，云政復(fù)（2007）29號(hào)：《關(guān)于思茅及相關(guān)縣區(qū)更名的通知》公布以上變更。4月8日，普洱哈尼族彝族自治縣正式更名為寧洱哈尼族彝族自治縣。
1996年，普洱哈尼彝族自治縣轄2個(gè)鎮(zhèn)、9個(gè)鄉(xiāng)：寧洱鎮(zhèn)、磨黑鎮(zhèn)、鳳陽鄉(xiāng)、勐先鄉(xiāng)、德化鄉(xiāng)、把邊鄉(xiāng)、德安鄉(xiāng)、梅子鄉(xiāng)、黎明鄉(xiāng)、普義鄉(xiāng)、同心鄉(xiāng)。縣政府駐寧洱鎮(zhèn)。
2000年第五次人口普查，普洱哈尼彝族自治縣常住總?cè)丝?88106人，其中：寧洱鎮(zhèn)43905人，磨黑鎮(zhèn)10195人，鳳陽鄉(xiāng)24035人，德化鄉(xiāng)13040人，同心鄉(xiāng)15801人，勐先鄉(xiāng)21356人，普義鄉(xiāng)12260人，黎明鄉(xiāng)11944人，把邊鄉(xiāng)12722人，德安鄉(xiāng)11106人，梅子鄉(xiāng)11742人。
2006年1月20日，云南省政府批準(zhǔn)同意：撤銷把邊鄉(xiāng)，其行政區(qū)域并入磨黑鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐地不變；撤銷鳳陽鄉(xiāng)，其行政區(qū)域并入寧洱鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐原鳳陽鄉(xiāng)政府駐地。區(qū)劃調(diào)整后，普洱哈尼彝族自治縣轄2個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)：寧洱鎮(zhèn)、磨黑鎮(zhèn)、勐先鄉(xiāng)、德化鄉(xiāng)、德安鄉(xiāng)、梅子鄉(xiāng)、黎明鄉(xiāng)、普義鄉(xiāng)、同心鄉(xiāng)。共有4個(gè)居委會(huì)、85個(gè)行政村。
2010年第六次人口普查，寧洱哈尼族彝族自治縣常住總?cè)丝?85719人，其中：寧洱鎮(zhèn)76574人，磨黑鎮(zhèn)20962人，德安鄉(xiāng)9840人，德化鄉(xiāng)10455人，同心鄉(xiāng)16092人，勐先鄉(xiāng)19666人，普義鄉(xiāng)11934人，黎明鄉(xiāng)10145人，梅子鄉(xiāng)10051人。
2012年12月28日，省政府（云政復(fù)[2012]87號(hào)）批復(fù)同意撤銷勐先鄉(xiāng)、德化鄉(xiāng)、同心鄉(xiāng)、梅子鄉(xiāng)，設(shè)立勐先鎮(zhèn)、德化鎮(zhèn)、同心鎮(zhèn)、梅子鎮(zhèn)。調(diào)整后，全縣轄6個(gè)鎮(zhèn)、3個(gè)鄉(xiāng)：寧洱鎮(zhèn)、磨黑鎮(zhèn)、德化鎮(zhèn)、同心鎮(zhèn)、勐先鎮(zhèn)、梅子鎮(zhèn)、德安鄉(xiāng)、普義鄉(xiāng)、黎明鄉(xiāng)。