秦為臨塵縣，晉為晉城縣，唐置羈縻左州，宋置崇善縣，民國改州為左縣，1952年合二縣為崇左縣，1958年與扶綏縣合置左江縣，1959年復置崇左縣。

1984年，撤銷公社，全縣設8個鄉、2個鎮。1990年第四次人口普查，全縣總人316716人，人口密度為每平方千米109人。

1996年，崇左縣面積2901平方千米，人口約32萬人。轄7個鎮、4個鄉：新和鎮、太平鎮、江州鎮、瀨湍鎮、馱盧鎮、左州鎮、那隆鎮、和平鄉、羅白鄉、板利鄉、雷州鄉。縣政府駐太平鎮。

2000年第五次人口普查，崇左縣總人口306242人，其中：太平鎮48179人，新和鎮22193人，瀨湍鎮21819人，江州鎮37470人，左州鎮35484人，那隆鎮30058人，馱盧鎮18118人，和平鄉23729人，羅白鄉20353人，板利鄉12450人，雷州鄉36389人。

2002年7月22日，廣西壯族自治區政府同意：將崇左縣雷州鄉與馱盧鎮合并為馱盧鎮，原雷州鄉和馱盧鎮所轄的行政區域全部歸馱盧鎮管轄（桂政函[2002]127號）；將崇左縣和平鄉與太平鎮合并為太平鎮，原和平鄉和太平鎮所轄行政區域全部歸太平鎮管轄（桂政函[2002]130號）。調整后，全縣轄7個鎮、2個鄉：太平鎮、新和鎮、瀨湍鎮、江州鎮、左州鎮、那隆鎮、馱盧鎮、羅白鄉、板利鄉。

2002年12月23日，國務院批準（國函[2002]121號）：（1）撤銷南寧地區和崇左縣，設立地級崇左市。市人民政府駐新設立的江州區石林大道。（2）崇左市設立江州區，以原崇左縣的行政區域為江州區的行政區域。區人民政府駐新民路。

2012年，廣西壯族自治區政府（桂政函[2012]136號）批復同意撤銷太平鎮，分別設立太平、江南、石景林3個街道辦事處。調整后，全區轄3個街道、6個鎮、2個鄉：太平街道、江南街道、石景林街道、新和鎮、瀨湍鎮、江州鎮、左州鎮、那隆鎮、馱盧鎮、羅白鄉、板利鄉。區政府駐江南街道新民路16號。