宋崇寧四年于融水縣三口寨置懷遠軍，后改為平州置懷遠縣。后幾經興廢，自明洪武十三年（1380年）十一月二十六日復懷遠縣。民國三年（1914年）易名為三江縣。1949年11月18日解放，12月18日成立縣人民政府。1952年12月3日成立三江侗族自治區（縣級），1955年9月改為三江侗族自治縣。

1996年，三江侗族自治縣面積2441平方千米，人口32.5萬人。轄3個鎮、13個鄉（其中3個民族鄉）：古宜鎮、丹洲鎮、斗江鎮、林溪鄉、周坪鄉、高基瑤族鄉、和平鄉、老堡鄉、程村鄉、梅林鄉、富祿苗族鄉、洋溪鄉、良口鄉、同樂苗族鄉、獨峒鄉、八江鄉。縣政府駐古宜鎮。

2000年第五次人口普查，三江侗族自治縣總人口304149人，其中：古宜鎮21565人，丹洲鎮15764人，斗江鎮18890人，周坪鄉19066人，程村鄉7096人，和平鄉6738人，老堡鄉15243人，高基瑤族鄉6727人，良口鄉24008人，洋溪鄉15932人，富祿苗族鄉21475人，梅林鄉9820人，八江鄉27640人，林溪鄉22019人，獨峒鄉36986人，同樂苗族鄉35180人。

2002年9月29日，國務院批準（國函[2002]88號）：原柳州地區的鹿寨縣、融安縣、融水苗族自治縣、三江侗族自治縣劃歸柳州市管轄。

？年，全縣總面積2454平方千米，總人口33.62萬人，其中侗族人口占54.8％。轄3個鎮、13個鄉（其中3個民族鄉）。

2005年6月13日，廣西壯族自治區政府（桂政函[2005]165號）同意撤銷周平鄉，整建制并入古宜鎮，古宜鎮政府駐地不變。調整后，全縣轄3個鎮、12個鄉（其中3個民族鄉）：古宜鎮、斗江鎮、丹洲鎮、獨峒鄉、八江鄉、林溪鄉、同樂苗族鄉、梅林鄉、富祿苗族鄉、洋溪鄉、良口鄉、老堡鄉、高基瑤族鄉、和平鄉、程村鄉。