江南區古為邕州城郊，解放前為邕寧縣管轄的農村，1950年為南寧市第二區。1953年春南寧市將郊區的三個區并為第一區時，其大部分劃入新的第三區（即后來的興寧區）。1955年歸邕江上段、邕江下段兩個街道辦事處管轄。1957年合并為水上辦事處。

1958年在水上辦事處的基礎上，成立南寧市上游公社，1959年改稱水上公社。1968年成立水上公社革委會，1971年5月改為江南街道公社革委會。1979年3月改江南區（城區建制），1980年5月召開江南區第一屆人民代表大會，產生江南區人民政府。

1996年，江南區位于南寧市區南部，面積24平方千米，人口約12萬人。轄2街道：福建園街道、江南街道。區政府駐福建路16號。2000年第五次人口普查，江南區總人口192545人，其中：福建園街道84339人、江南街道108206人。2001年，江南區面積30.15平方千米，人口13.61萬人，轄2個街道，13個居委會。

2001年12月5日，南寧市行政區劃調整，撤銷郊區，將原郊區那洪鎮、沙井鎮、亭子鄉劃歸江南區管轄，并同時撤銷亭子鄉。調整后，江南區管轄2個鎮、2個街道，20個社區、28個行政村，轄區面積195平方千米，人口19.12萬人，其中非農業人口14.06萬人。

2002年末，江南區面積195平方千米。總人口24萬，其中非農業人口13.6萬，農業人口10.4萬。轄2個鎮、2個街道，20個社區、28個行政村。

2003年末，江南區面積195平方千米。總人口24.4萬人，其中，非農業人口13.8萬人，農業人口10.6萬人。轄2個街道、2個鎮（那洪鎮委托南寧經濟技術開發區管理），共20個社區、28個行政村。

2004年，江南區位于南寧市邕江南岸，面積195平方千米。轄2個街道辦事處、2個鎮（那洪鎮委托南寧經濟技術開發區管理）共24個社區、23個行政村。年末總人口209040人（農業人口54158人、非農業人口154882人）。

2004年9月15日，國務院批準（國函[2004]79號）調整南寧市部分行政區劃：將原邕寧縣的吳圩、蘇圩、延安3個鎮和原永新區江西鎮的同新、同華、錦江、安平、同良、同寧、同江、那廊、智信、揚美10個村劃歸江南區管轄，江南區人民政府駐壯錦大道。區劃調整后，江南區轄：江南街道、福建園街道、那洪鎮、沙井鎮、江西鎮、吳圩鎮、蘇圩鎮、延安鎮。

2005年6月25日，《南寧市人民政府關于調整部分鄉鎮行政區劃的通知》（南府發[2005]70號），同意撤銷那洪鎮、沙井鎮，設立那洪街道、沙井街道。

2004年7月，江南區人民政府對街道及其社區的區劃進行重新調整，調整后各街道及其社區的區劃管轄范圍基本合適。但是，因街道及其社區的區劃管轄范圍是以街道道路和轄區單位圍墻為界線，而部分單位處于插花地帶，為此出現了個別單位及其分機構、庭院的社區管轄范圍不明確現象。2005年，為了使社區管轄單位、庭院和居民小區不重不漏，在原來基礎上，江南區政府對街道辦事處的社區管轄范圍作了進一步明確，以下六個社區的管轄范圍和辦公地點也作了相應調整：（1）明確后金沙灣社區的管轄范圍為：亭江路防洪堤以東至白沙村的白沙大道兩邊、榮和新城轄邊及水塘江散居。（2）明確沙井大道中段社區管轄范圍為：四橋頭至鐵二局生活采購站的沙井大道兩旁（當地村民除外）。（3）明確后沙井大道南段社區管轄范圍為：沙井南站和南站貨場至鐵二局生活采購站的沙井大道兩旁（當地村民除外）。（4）明確后新錦大道社區管轄范圍為：友誼路以西，南站路以北，旱塘嶺西南，壯錦大道兩旁。（5）明確后江南路西社區管轄范圍為：江南路以北、西園路以東，北到邕江中線（不包括西園飯店工作區）。（6）明確后淡村路西社區（包括送變電）管轄范圍為：東起西園路（包括西園飯店）、五一路北二里（包括皮鞋廠宿舍），南至淡村路、五一東路，西接永和大橋，北到邕江邊（不包括淡村和南糖生活區）。有2個社區辦公地點有變：二橋南社區辦公地點由原來的三元小區內搬到五一中路26號麗江花園內；南糖社區辦公地點由原來的南糖淡村路生活區搬到亭洪路46號南糖生活區內。沙井大道南段社區的辦公地點確定為南站路28號南寧工務段沙井領工區內。

2009年末，江南區總面積1154平方千米。總人口44.07萬人，其中農業人口24.19萬人；壯族人口21.83萬人。轄4個街道、4個鎮，28個社區、68個行政村，780個自然村（屯）。

全區現轄5個街道、4個鎮：福建園街道、江南街道、沙井街道、那洪街道、金凱街道、吳圩鎮、蘇圩鎮、延安鎮、江西鎮。其中，那洪街道、金凱街道、吳圩鎮由南寧經濟技術開發區托（代）管。