2004年底，石城縣轄5鎮5鄉。
　　琴江鎮　轄：琴江委居委會、蓮城居委會、東城居委會、城南居委會、城北居委會、興隆村、西外村、梅福村、仙源村、溫坊村、建上村、前江村、江背村、大畬村、花園村、古樟村、濯坑村、漢坑村、杉柏村、沙塅村、睦富村、壩口村、湖下村、琴口村、沔坊村、何坑村、宜福村、小別村、長樂村、長天村、桐坪村、坵坊村。
　　小松鎮　轄：上街路居委會、小松村、羅源村、逕里村、聳崗村、石田村、瑤上村、蜀口村、江口村、丹溪村、許坊村、桐江村、羅溪村、新華村、勝和村。
　　屏山鎮　轄：屏山居委會、屏山村、長江村、勝利村、山下村、萬盛村、新坊村、羅陂村、新付村、長溪村、河東村、亨田村、頁背村。
　　橫江鎮　轄：橫江街居委會、橫江村、平陽村、丹陽村、洋和村、友聯村、秋溪村、羅云村、煙坊村、姑溪村、齊賢村、珠璣村、張坑村、洋地村、石溪村、瑞坑村、泮弼村、徑口村、贛江源村、桃花村、小姑村、羅家村、開坑村、和平村。
　　高田鎮　轄：高田居委會、高田村、田心村、琴生村、湖坑村、祠江村、鄭里村、遙嶺村、勝江村、新坪村、巖嶺村、上柏村、大秀村、朱家村、堂下村、奎竹村、禮地村。
　　木蘭鄉　轄：木蘭村、小琴村、田江村、楊坊村、陳聯村、新河村、東坑村。
　　豐山鄉　轄：豐山村、陳江村、大琴村、上坑村、下坑村、河田村、下湘村、沿沙村、福村。
　　大由鄉　轄：大由村、河斜村、下伊村、羅田村、蘭田村、水南村、濯龍村、王沙村、高背村。
　　龍崗鄉　轄：龍崗村、新南村、下徑村、綠水村、新龍村、水廟村。
　　珠坑鄉　轄：珠坑村、塘臺村、三和村、坳背村、竹溪村、高璣村、良溪村。