據同治十一年《會昌縣志》，會昌自漢至唐屬雩都縣地，古稱九州鎮。北宋太平興國七年（982年）析雩都縣六鄉之九州鎮置會昌縣，適逢鎮人鑿井得磚十二塊，磚上刻有“會昌”（唐武宗年號）篆字，故以“會昌”為縣名。”元大德元年（1297年），會昌由縣升為州，管轄會昌、瑞金兩縣。明洪武初年，將州返縣，隸屬贛州府至清。民國初年屬贛南道。
　　1929年，建立中共筠門嶺地下區委；1931年10月成立會昌縣蘇維埃政府和中共會昌縣委員會；1932年7月，會昌、尋烏、安遠三縣聯合成立中心縣委；1933年2月在會昌縣內設會昌、筠門嶺、西江三縣；1934年9月三縣合并為會昌縣。1949年會昌解放后至1955年屬寧都行政公署；1956年至今屬贛州專區（地區）、贛州市。

　　1984年5月15日，設立小密鄉、莊埠鄉（贛府字[1984]112號）。1988年9月12日，撤銷筠門嶺鄉、西江鄉，設立筠門嶺鎮、西江鎮（贛民函[1988]101號批復）。1995年9月29日，撤銷周田鄉、麻州鄉、莊口鄉，設立周田鎮、麻州鎮、莊口鎮（贛民字[1995]185號批復）。1997年1月14日，撤銷文武壩鄉，設立文武壩鎮（贛民字[1997]12號批復）。
　　1997年，全縣面積2722.2平方千米，人口38.7萬。轄7個鎮、15個鄉：文武壩鎮、筠門嶺鎮、湘江鎮、莊口鎮、西江鎮、麻州鎮、周田鎮、長嶺鄉、清溪鄉、右水鄉、高排鄉、曉龍鄉、珠蘭鄉、洞頭鄉、中村鄉、站塘鄉、永隆鄉、富城鄉、小密鄉、鳳凰崠鄉、莊埠鄉、白鵝鄉。縣政府駐湘江鎮。
　　2000年第五次人口普查，全縣總人口388115人；其中：湘江鎮35490人、筠門嶺鎮27740人、西江鎮41442人、周田鎮46601人、麻州鎮24158人、莊口鎮20438人、文武壩鎮26882人、長嶺鄉7758人、清溪鄉4294人、右水鄉14250人、高排鄉11941人、曉龍鄉12566人、珠蘭鄉14726人、洞頭鄉8541人、中村鄉7108人、站塘鄉14194人、永隆鄉7429人、富城鄉13597人、小密鄉15770人、鳳凰崠鄉10147人、莊埠鄉7768人、自鵝鄉15275人。
　　2001年10月22日，撤銷湘江鎮，劃歸文武壩鎮（贛民字[2001]486號批復）。2003年10月21日，撤銷鳳凰崠鄉，分別劃歸西江鎮、文武壩鎮、莊口鎮管轄；撤銷長嶺鄉，成建制劃歸筠門嶺鎮管轄（贛民字[2003]272號批復）。
　　2002年底，會昌縣轄6個鎮、15個鄉，8個居委會、278個行政村。縣政府駐文武壩鎮。2003年底，全縣總人口43.39萬人。