1950年4月，遵照皖北行政公署指令，車站區派出所行政區轄職權轉由新成立的合肥市車站區人民政府行使。1955年，車站區人民政府更名為車站區人民委員會。1960年6月5日改為東市區人民公社（區人委仍存留。中共車站委員會更名中共東市區人民公社委員會）。1968年5月18日，撤銷東市區人民公社，改成立東市區人民政府，機關駐地蚌埠路472號。1967年5月14日成立解放軍合肥市東市區軍事管制小組，接掌全區的領導權。1968年2月29日，軍事管制小組改設為革命委員會。1980年1月，恢復人民政府名稱和建置，其下轄街道、居委會于當年3月全部恢復原名。

1950年4月，車站區轄境東以淮南鐵路線合肥段為界，西起合肥老城區東城門，南至郊區雷大郢，北至合肥老火車站前劉大郢，全區東西跨度0.75千米，南北跨度2.5千米，面積1.875平方千米，轄15個行政小組，居民2410人。1953年，撤銷15個行政小組，改成立勝利路、車站、格物街、壩上街、尚武街、河北街、崇德街、三里街等8個居民委員會。1954年增設中心、合浦路、茆公橋等3個居民委員會。1956年，增設七里站居民委員會；將格物、壩上、崇德、尚武、河北等5個居民委員會分別更名為蚌一、蚌二、滁州路、巢湖路、雨花橋居民委員會。

1960年6月，東市區人民公社轄三里街、和平路、勝利路、東方紅、花沖、大興集、明光路和紅光等8個分社。1968年6月，21個農業、蔬菜大隊劃出由郊區管轄。同年9月3日，撤銷8個分社，改設為18個街道委員會（其中有6個為工廠區居民街道）。1965年7月，增設勝利路、三里街、花沖、和平路4個街道委員會，居民委員會由前23個增至42個；另增設了合肥肉聯廠、合肥造紙廠、合肥建材實驗廠等3個工廠家屬委員會；全區人口8.56萬，較1951年增長34.51倍。

1968年2月29日，改為七里站、和平路、大通路、車站、勝利路、明光路、紅光、三里街、銅陵路等9個街道革命委員會，街道以下各居委會全部實行連隊軍事建置。1973年恢復為居委會建置。此間，全區共設有48個居民委員會。1979年，全區共有55個居民委員會。1989年，增設10個居委會和71個家屬委員會。1996年，東市區面積19平方千米，人口約21.1萬人，轄9個街道：勝利路街道、車站街道、三里街街道、花沖街道、東七街道、大通路街道、和平路街道、明光路街道、紅光街道。區政府駐明光路金大塘57號。1999年5月，將所轄居委會調整為32個。2001年9月將所轄家屬委員會和居委會整合改建成82個社區居委會。

2000年第五次人口普查，東市區常住總人口249125人，其中：明光路街道23556人，車站街道19969人，勝利路街道13263人，三里街街道36042人，銅陵路街道41341人，七里站街道29289人，紅光街道34313人，和平路街道21675人，大通路街道29677人。

2002年，東市區更名為瑤海區。瑤海區轄原東市區和平路、勝利路、大通路、銅陵路、七里站、三里街、車站、明光路、紅光9個街道。從原郊區劃入城東1個鄉，七里塘、大興2個鎮，長淮、方廟2個街道。從原郊區劃入杏花村鎮板橋、望城店2個村，板橋河以東區域歸七里塘鎮管轄。從肥東縣劃入磨店鄉（位于肥東縣西部與合肥市原郊區接壤處，面積近50平方千米，人口2.6萬人；將肥東縣龍崗鎮所轄的三合、劉大郢、油坊、大彭、羅崗、馬崗、王崗、史城8個村和新站、大店2個居委會劃歸大興鎮管轄（注：實施交接的過程中，鑒于位于移交區域的龍崗開發區對肥東縣經濟的重要影響，根據肥東縣委、縣政府的請求，經市委、市政府協調，將羅崗、馬崗、王崗、史城4個村及新站居委會暫緩移交瑤海區管轄，4村1居仍暫由肥東縣管轄；2009年11月，龍崗開發區正式劃歸瑤海區管轄）。調整后，瑤海區轄城東、磨店2個鄉，七里塘、大興2個鎮，和平路、勝利路、大通路、銅陵路、七里站、三里街、車站、明光路、紅光、長淮、方廟11個街道。面積142.90平方千米，人口36.53萬人，其中非農業人口28.82萬人。區人民政府駐明光路57號（原東市區人民政府駐地）。

2002年底，瑤海區轄9個街道（不包括長淮、方廟2個街道）、2個鎮、2個鄉：勝利路街道、車站街道、三里街街道、花沖街道、東七街道、大通路街道、和平路街道、明光路街道、紅光街道、七里塘鎮、大興鎮、城東鄉、磨店鄉。2003年6月各鄉鎮部分村委會改建為社區居委會。2004年，撤銷城東鄉，設立城東街道。2004年底，瑤海區轄12個街道、2個鎮、1個鄉（包括由新站開發區管轄的長淮街道、方廟街道、七里塘鎮）。

2005年，城東街道劃出花沖社區、東七社區分別歸銅陵路街道、七里站街道管轄，劃入大通路街道合裕路社區、明光路街道大王廟社區；銅陵路街道來安路社區、天長路社區劃歸三里街街道管轄；車站街道三角線社區、紅星村社區劃歸新站試驗區管轄，新站試驗區長淮街道趙倉坊村民組劃歸車站街道管轄（暫由新站代管）；勝利路街道大窯灣社區四號門536號大院居民小組劃歸車站街道管轄，大通路街道銅陵三村居民小組劃歸和平路街道管轄。至2005年底，瑤海區經過勘界，其轄區境域，東與肥東縣接壤，西、南濱南淝河，北鄰長豐縣，總面積142.9平方千米，下轄13個街道、2個鄉鎮，人口38.3萬。其中非農業人口為28.83萬，占總人口75.27％。

2010年第六次人口普查，瑤海區常住總人口861022人，其中：明光路街道22264人，車站街道23986人，勝利路街道16472人，三里街街道55538人，銅陵路街道59315人，七里站街迨48667人，紅光街道49444人，和平路街道30079人，大通路街道30389人，城東街道48916人，長淮街道66593人，方廟街道57578人，七里塘街道124538人，大興鎮38199人，磨店鄉51367人，瑤海區工業園38509人，合肥龍崗綜合經濟開發區99168人。

2011年，經省政府同意，省民政廳批復同意將長豐縣三十頭鎮整建制劃歸合肥市瑤海區管轄。區劃調整后，瑤海區轄大興、三十頭2個鎮，磨店1個鄉和城東、勝利路、明光路、車站、三里街、銅陵路、七里站、大通路、和平路、紅光、方廟、長淮、七里塘13個街道，面積229.53平方千米，人口73.19萬人。