恩陽，古稱“義陽”。

2013年1月18日，《國務(wù)院關(guān)于同意四川省調(diào)整巴中市部分行政區(qū)劃的批復(fù)》（國函[2013]16號）：同意設(shè)立巴中市恩陽區(qū)。將巴中市巴州區(qū)的恩陽、玉山、茶壩、觀音井、花叢、柳林、下八廟、漁溪、青木、三河場、三匯、上八廟12個鎮(zhèn)，石城、興隆場、關(guān)公、三星、舞鳳、雙勝、群樂、萬安、尹家、九鎮(zhèn)、玉井、義興12個鄉(xiāng)劃歸恩陽區(qū)管轄。以恩陽、玉山、茶壩、觀音井、花叢、柳林、下八廟、漁溪、青木、三河場、三匯、上八廟12個鎮(zhèn)，石城、興隆場、關(guān)公、三星、舞鳳、雙勝、群樂、萬安、尹家、九鎮(zhèn)、玉井、義興12個鄉(xiāng)的行政區(qū)域為恩陽區(qū)的行政區(qū)域。恩陽區(qū)人民政府駐恩陽鎮(zhèn)恩陽大道88號。

2000年第五次人口普查，各鄉(xiāng)鎮(zhèn)常住總?cè)丝冢憾麝栨?zhèn)46282人，漁溪鎮(zhèn)15862人，三河場鎮(zhèn)15194人，青木鎮(zhèn)20452人，玉山鎮(zhèn)15318人，茶壩鎮(zhèn)19483人，觀音井鎮(zhèn)11101人，花叢鎮(zhèn)20230人，柳林鎮(zhèn)18636人，下八廟鎮(zhèn)12719人，三匯鎮(zhèn)15219人，上八廟鎮(zhèn)17429人，三星鄉(xiāng)12060人，同樂鄉(xiāng)9251人，天官鄉(xiāng)9930人，關(guān)公鄉(xiāng)13178人，舞鳳鄉(xiāng)7767人，雙鳳鄉(xiāng)11099人，金山鄉(xiāng)8013人，雙勝鄉(xiāng)18682人，群樂鄉(xiāng)14774人，萬安鄉(xiāng)13964人，樂豐鄉(xiāng)11702人，來龍鄉(xiāng)13620人，鎮(zhèn)廟鄉(xiāng)15262人，尹家鄉(xiāng)12004人，磨子鄉(xiāng)8999人，和平場鄉(xiāng)10833人，九鎮(zhèn)鄉(xiāng)11920人，酒店鄉(xiāng)12765人，明揚(yáng)鄉(xiāng)13373人，興隆場鄉(xiāng)16742人，石城鄉(xiāng)18358人，司城鄉(xiāng)13876人，玉井鄉(xiāng)10176人，義興鄉(xiāng)13131人。

2005年3月25日，省政府批復(fù)同意撤銷原由巴中市巴州區(qū)批準(zhǔn)設(shè)置的玉山、茶壩、花叢、漁溪、恩陽等片區(qū)工委辦事處，將原同樂、金山、雙鳳3個鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入玉山鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐玉山場；將原天官鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入關(guān)公鄉(xiāng)，鄉(xiāng)政府駐關(guān)公場；將原樂豐鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入觀音井鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐觀音井；將原鎮(zhèn)廟鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入花叢鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐花叢場；將原來龍鄉(xiāng)所屬的的行政區(qū)域并入柳林鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐柳林鋪；將原磨子鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入下八廟鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐下八廟場；將原和平場、酒店2個鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入漁溪鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐漁溪寺；將原明揚(yáng)、司城2個鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入恩陽鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐恩陽場。

2010年第六次人口普查，各鄉(xiāng)鎮(zhèn)常住總?cè)丝冢河裆芥?zhèn)37283人，恩陽鎮(zhèn)66560人，漁溪鎮(zhèn)26942人，三河場鎮(zhèn)13184人，青木鎮(zhèn)14915人，花叢鎮(zhèn)26817人，柳林鎮(zhèn)28915人，下八廟鎮(zhèn)17886人，茶壩鎮(zhèn)12807人，觀音井鎮(zhèn)15629人，三匯鎮(zhèn)12085人，上八廟鎮(zhèn)14703人，三星鄉(xiāng)10065人，關(guān)公鄉(xiāng)16432人，舞鳳鄉(xiāng)6908人，興隆場鄉(xiāng)13576人，石城鄉(xiāng)13762人，九鎮(zhèn)鄉(xiāng)9050人，尹家鄉(xiāng)7518人，雙勝鄉(xiāng)17823人，群樂鄉(xiāng)12866人，萬安鄉(xiāng)11398人，玉井鄉(xiāng)8169人，義興鄉(xiāng)11014人。

2014年，省政府（川府民政[2014]23號）批復(fù)同意撤銷恩陽鎮(zhèn)，設(shè)立登科街道、明陽鎮(zhèn)。2005年1月16日，登科街道辦事處正式掛牌成立。調(diào)整后，全區(qū)轄1個街道、12個鎮(zhèn)、12個鄉(xiāng)：登科街道、明陽鎮(zhèn)、玉山鎮(zhèn)、茶壩鎮(zhèn)、觀音井鎮(zhèn)、花叢鎮(zhèn)、柳林鎮(zhèn)、下八廟鎮(zhèn)、漁溪鎮(zhèn)、青木鎮(zhèn)、三河場鎮(zhèn)、三匯鎮(zhèn)、上八廟鎮(zhèn)、石城鄉(xiāng)、興隆場鄉(xiāng)、關(guān)公鄉(xiāng)、三星鄉(xiāng)、舞鳳鄉(xiāng)、雙勝鄉(xiāng)、群樂鄉(xiāng)、萬安鄉(xiāng)、尹家鄉(xiāng)、九鎮(zhèn)鄉(xiāng)、玉井鄉(xiāng)、義興鄉(xiāng)。