1953年經政務院批準，將山東、江蘇2省6縣4鎮302個村莊和4個水上漁民鄉劃為微山縣，并于同年10月建縣。因境內微山湖而得名。孔子先人殷微子葬于此地山陵鳳凰臺，因稱微山。明代中期，微山周圍成湖，名之微山湖。

1984年8月，為了加強微山湖的統一治理，合理開發利用湖區資源，將江蘇省沛縣的楊堂、孫莊、東明、西平、六營、曹莊、王莊、大挖工莊、趙樓、趙廟、張莊、侶樓、龐孟慶、中挖工莊共14個自然村劃入微山縣（同時設立西平鄉、趙廟鄉）。

1996年，微山縣面積1677.3平方千米，人口65.7萬人。轄5個鎮、13個鄉：夏鎮、歡城鎮、韓莊鎮、魯橋鎮、南陽鎮、侯樓鄉、馬坡鄉、兩城鄉、留莊鄉、張樓鄉、西平鄉、傅村鄉、趙廟鄉、昭陽鄉、彭口閘鄉、高樓鄉、塘湖鄉、微山島鄉。縣政府駐夏鎮。

1999年8月26日，撤銷傅村鄉，設立傅村鎮（魯政函民字[1999]23號）。1999年12月6日，撤銷留莊鄉，設立留莊鎮（魯政函民字[1999]34號）。至此，微山縣轄7個鎮、11個鄉。

2000年第五次人口普查，微山縣總人口645728人，其中：夏鎮鎮101742人，韓莊鎮36028人，歡城鎮87320人，南陽鎮26687人，魯橋鎮36501人，傅村鎮43953人，留莊鎮51153人，微山島鄉13738人，塘湖鄉25992人，彭口閘鄉23653人，昭陽鄉16150人，兩城鄉65352人，馬坡鄉53334人，高樓鄉16844人，張樓鄉14818人，侯樓鄉9156人，趙廟鄉13780人，西平鄉9527人。

2000年12月1日，山東省政府（魯政函民字[2000]74號）批準：撤銷塘湖鄉，將其行政區域并入韓莊鎮；撤銷彭口閘鄉、昭陽鄉，將其行政區域并入夏鎮；撤銷侯樓鄉，將其行政區域并入魯橋鎮。至此，微山縣轄7個鎮、7個鄉：韓莊鎮、夏鎮、傅村鎮、歡城鎮、留莊鎮、魯橋鎮、南陽鎮、微山島鄉、兩城鄉、馬坡鄉、張樓鄉、西平鄉、趙廟鄉、高樓鄉。

2004年1月2日，經山東省政府同意，微山縣撤銷夏鎮，以原夏鎮的行政區域設立夏鎮街道辦事處和昭陽街道辦事處。將原夏鎮的奎文、戚城、城后、磨擔街、謝橋、鹽當、文昌、箭街、順河、月河、青年、南門口、泰山、李樓、殷莊、李堂、付樓、馬樓、周嶺、朱莊、大劉樓、黃橋、曹莊、沙河崖、青山、部城東、古樓、南門外、部城西、沙谷堆、西劉、辛莊、大官口、童莊、黃莊、后村、前村、朱道溝、東翁樓、小官口、石壩、西寨、李谷堆、鹿灣、薛莊、楊閘、周莊、陸莊、亓樓、白莊、建新、西八里屯、呂莊、馬莊、后鮑樓、后八里屯、嚴莊、前鮑樓、王莊、前八里屯、三里莊、賈莊、洛房、薛河頭等64個行政村劃歸夏鎮街道辦事處管轄，辦事處機關駐原夏鎮政府駐地；將原夏鎮的三孔橋、十村、三孔橋東、老壩、寨子、南莊東、南莊西、西樓、微濱、新建、愛湖、大捐、薛河、十字河、網廠、西萬一、西萬二、西萬三、西萬四、西萬五、西萬六、蔣莊、劉昌莊、漸口東、漸口西、四新、種口二、種口三、種口四、三官廟、后學北、后學南、南壩、南埠莊、蔣集河南、蔣集河北、恩莊、運河、猛進等39個行政村劃歸昭陽街道辦事處管轄，辦事處機關駐三孔橋村。

微山縣轄2個街道、6個鎮、7個鄉：夏鎮街道、昭陽街道、韓莊鎮、歡城鎮、魯橋鎮、南陽鎮、傅村鎮、留莊鎮、微山島鄉、高樓鄉、趙廟鄉、兩城鄉、馬坡鄉、西平鄉、張樓鄉。共4個居委會、523個村委會，553個自然村。總面積1779.8平方千米，總人口695131人。（根據“濟寧地名網”，估計為2004年統計數據）

2007年底，全縣總面積1779.8平方千米。總人口70.64萬人，人口城鎮化率38％。有少數民族30個，3200人。轄2個街道、6個鎮、7個鄉：夏鎮街道、昭陽街道、韓莊鎮、歡城鎮、南陽鎮、魯橋鎮、傅村鎮、留莊鎮、微山島鄉、兩城鄉、馬坡鄉、高樓鄉、張樓鄉、趙廟鄉、西平鄉，共有542個行政村（居委會）。

2010年，撤銷兩城鄉、馬坡鄉，設立兩城鎮、馬坡鎮。調整后，全縣轄2個街道、8個鎮、5個鄉：夏鎮街道、昭陽街道、韓莊鎮、歡城鎮、南陽鎮、魯橋鎮、傅村鎮、留莊鎮、兩城鎮、馬坡鎮、微山島鄉、高樓鄉、張樓鄉、趙廟鄉、西平鄉。縣政府駐夏鎮街道。

2012年11月4日，《微山縣人民政府關于調整部分行政區劃的通知》（微政發[2012]13號）：根據省政府《關于同意調整微山縣部分行政區劃的批復》（魯政函民字[2012]27號）和市政府《關于同意微山縣調整部分行政區劃的通知》（濟政字[2012]107號）精神，撤銷傅村鎮，以其原行政區域設立傅村街道辦事處，機關駐原傅村鎮政府駐地；撤銷趙廟鄉，以其原行政區域設立趙廟鎮，鎮政府駐原趙廟鄉政府駐地。

2013年1月，《山東省人民政府關于同意調整微山縣部分行政區劃的批復》（魯政函民字[2013]3號）同意撤銷張樓鄉，以其原行政區域設立張樓鎮，鎮政府駐原張樓鄉政府駐地【1月15日 濟政字[2013]15號】。12月，《山東省人民政府關于同意調整微山縣部分行政區劃的批復》（魯政函民字[2013]47號）同意撤銷微山島鄉，以其原行政區域設立微山島鎮，鎮政府駐原微山島鄉政府駐地【12月20日 濟政字[2013]112號】。

調整后，全縣轄3個街道、10個鎮、2個鄉：夏鎮街道、昭陽街道、傅村街道、韓莊鎮、歡城鎮、南陽鎮、魯橋鎮、留莊鎮、兩城鎮、馬坡鎮、趙廟鎮、張樓鎮、微山島鎮、高樓鄉、西平鄉。