春秋戰國先屬越，繼屬楚。秦置婁縣，屬會稽郡。梁大同二年（1536）設昆山縣，元代元貞元年（1295）升昆山州，明復為縣，清雍正二年（1724）分設昆山、新陽兩縣。1912年合并為昆山縣。1989年7月27日，國務院批準撤銷昆山縣，設立昆山市。為江蘇省轄縣級市，蘇州市代管。

1996年，昆山市面積921.3平方千米，人口約58.3萬人。轄20個鎮：玉山鎮、城北鎮、石牌鎮、巴城鎮、陸楊鎮、周市鎮、新鎮、正儀鎮、兵希鎮、蓬朗鎮、陸家鎮、花橋鎮、南港鎮、張浦鎮、千燈鎮、石浦鎮、大市鎮、錦溪鎮、淀山湖鎮、周莊鎮。市府駐玉山鎮。

2000年第五次人口普查，全市總人口750074人，其中（15個鎮）：玉山鎮290785人、正儀鎮32686人、巴城鎮23197人、石牌鎮21007人、陸楊鎮14763人、周市鎮37026人、逢朗鎮25748人、陸家鎮48719人、石浦鎮19265人、淀山湖鎮26763人、張浦鎮70125人、周莊鎮24510人、千燈鎮28714人、錦溪鎮44644人、花橋鎮42122人。2001年末，全市戶籍人口為60萬人。

2003年，鄉鎮由原來的15個撤并為10個：撤銷原玉山鎮、正儀鎮、陸楊鎮建制，將原玉山鎮行政區域和原正儀鎮婁江河以南區域（馬莊、群星、景村、南星瀆、燕橋浜、姜巷、大眾7個村）、原陸楊鎮楊林河以南、皇倉涇河以西區域（唐龍、新江、新生3個村）合并，設立新的玉山鎮，鎮政府駐地設在玉山鎮亭林路1號；撤銷原花橋鎮、蓬朗鎮建制，將原兩鎮區域合并，設立新的花橋鎮，鎮政府駐地設在花橋集鎮；撤銷原周市鎮建制，將原周市鎮行政區域和原陸楊鎮東北部區域（許家、超英、小涇、陸橋、橫溇、新瑭6個村以及陸楊社區）合并，設立新的周市鎮，鎮政府駐地設在周市集鎮；撤銷原巴城鎮、石牌鎮建制，將原兩鎮行政區域和原正儀鎮婁江河以北區域（綽墩山、正儀、榮亭、陽澄湖、通澄、黃泥山、正儀漁業7個村及銀杏、薔薇、芙蓉、農場、并蒂蓮5個社區）合并，設立新的巴城鎮，鎮政府駐地設在巴城集鎮；撤銷原千燈鎮、石浦鎮建制，將原兩鎮行政區域合并，設立新的千燈鎮，鎮政府駐地設在千燈集鎮。淀山湖、錦溪、周莊三鎮現有建制不變。調整后，昆山市轄10個鎮：玉山鎮、周莊鎮、周市鎮、錦溪鎮、巴城鎮、花橋鎮、陸家鎮、張浦鎮、千燈鎮、淀山湖鎮。

2004年末，昆山市總人口63.72萬人。轄10個鎮。玉山鎮面積118.00平方千米，人口135334人。巴城鎮面積155.21平方千米，人口86086人。周市鎮面積81.56平方千米，人口79217人。陸家鎮面積35.80平方千米，人口83908人。花橋鎮面積50.00平方千米，人口68104人。淀山湖鎮面積54.00平方千米，人口36346人。張浦鎮面積116.27平方千米，人口100367人。周莊鎮面積36.05平方千米，人口32002人。千燈鎮面積83.94平方千米，人口94392人。錦溪鎮面積90.69平方千米，人口58246人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）

2009年，省政府批準同意將張浦鎮的施家涇、盛家埭2個行政村劃歸千燈鎮管轄。2009年末，昆山市總面積865平方千米、總人口23.36萬戶、69.99萬人。其中：玉山鎮面積118平方千米、人口183157人，巴城鎮面積157平方千米、人口102256人，周市鎮面積81.56平方千米、人口148294人，陸家鎮面積35.58平方千米、人口90999人，花橋鎮面積50平方千米、人口106723人，淀山湖鎮面積65.84平方千米、人口50969人，張浦鎮面積108.49平方千米、人口139166人，周莊鎮面積36.05平方千米、人口30367人，千燈鎮面積77.62平方千米、人口116128人，錦溪鎮面積90.69平方千米、人口63321人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）