1997年，經省人民政府批準，將姜堰市的寺巷、鮑徐、塘灣、白馬、野徐5個鄉鎮和泰州市的口岸、刁鋪、永安洲、田河、許莊5個鄉鎮劃歸海陵區管轄。同年8月20日，國務院批準設立泰州市高港區（國函[1997]77號）。高港區管轄從海陵區劃出的口岸、刁鋪、許莊、田河、永安洲、白馬、野徐7個鄉鎮，區政府駐口岸鎮。

2003年高港區行政區劃 　口岸鎮（居委會：口東、口南、口西、育才、龍窩、振興；村委會：引江、新明、東南、龍口、城南、城東、王營、大石、徐橋、郎莊、雅儒、吳樓、戴集、集成、徐莊、張馬、田河、口岸、蔡灘、朱營）　刁鋪鎮（居委會：通泰、關橋、環溪、三星；村委會：刁鋪、觀五、官河、萬莊、大豐、界牌、屠橋、二橋、官溝、周梓、老莊、唐家、三旗營、馬廠、曹官營、許莊）　永安洲鎮（居委會：興洲；村委會：福沙、新街、永興、興隆、建安、永勝、上橋、中心）　白馬鎮（居委會：金馬、白馬；村委會：陳家、陸家、岱白、黃河、前進、朱穆）　野徐鎮（居委會：城中；村委會：解家、褚雅、陳家莊、殷蔣、永豐、新聯、仲聯）　（根據《江蘇省2003年底村及村以上代碼》整理）

2004年底，高港區轄5個鎮。口岸鎮面積70.660平方千米，人口65904人。刁鋪鎮面積55.101平方千米，人口57705人。永安洲鎮面積51.220平方千米，人口25937人。白馬鎮面積25.000平方千米，人口22983人。野徐鎮面積19.970平方千米，人口21366人。（數據來源《江蘇省統計年鑒》）

2006年，泰州調整市區部分行政區劃，其中高港區：撤銷口岸鎮，以其原轄區域設立口岸街道辦事處，轄6個居委會、25個村委會。撤銷刁鋪鎮，原轄區域調整后，設立刁鋪街道辦事處，轄3個居委會、8個村委會；設立許莊街道辦事處，轄1個居委會、8個村委會。原柴墟街道辦事處和環溪街道辦事處相應撤銷。

2009年，將泰興市胡莊鎮劃歸泰州市高港區管轄；將泰興市宣堡鎮的趙王、喬楊、明河、錢趙、管營、孔橋、蔡莊等7個村委會劃歸泰州市高港區許莊街道管理；將泰興市第二捕撈公司管理的區域劃歸泰州市高港區永安洲鎮管轄；將姜堰市大泗鎮劃歸高港區管轄。行政區劃調整后，高港區行政區域面積335.14平方千米，人口31.14萬人，轄3個街道、5個鎮：口岸街道、刁鋪街道、許莊街道、永安洲鎮、白馬鎮、野徐鎮、胡莊鎮、大泗鎮。區政府駐口岸街道。

2009年末，高港區總面積335平方千米、總人口26.14萬人。其中：永安洲鎮面積52.91平方千米、人口28749人，白馬鎮面積24.02平方千米、人口21999人，胡莊鎮面積49.38平方千米、人口47067人，大泗鎮面積30平方千米、人口30043人，野徐鎮面積22.67平方千米、人口22055人。（數據來源《江蘇省統計年鑒》）

2010年6月16日，經省、市政府批復同意，濱江工業園辦事處改設為沿江街道辦事處。由泰州市經濟開發區管理。區劃范圍不變，面積10.66平方千米，人口1.45萬人，管理高港社區和高港、濱江、楊灣、常福、故土5個村。至此，全區轄4個街道、5個鎮：口岸街道、刁鋪街道、許莊街道、沿江街道、永安洲鎮、白馬鎮、野徐鎮、胡莊鎮、大泗鎮。

2011年末，將胡莊鎮楊營村劃歸大泗鎮管轄。調整后，胡莊鎮行政區域面積45.19平方千米，人口4.59萬人，轄2個居委會、13個行政村。