南漢置敬州。北宋開寶四年（971年）改梅州，因地多梅花，并有梅溪，故名。元設梅州路，明屬潮州府，清設嘉應直隸州，民國時先后屬潮循道、第六行政督察區。1949年建國后設興梅專區，1952年起先后屬粵東行政區、汕頭專區。1965年設梅縣專區，1970年改稱梅縣地區，1988年改梅州市。

1924年設梅縣，1979年設梅州市。1983年與梅縣合并稱梅縣市。1988年復置梅州市。1988年1月7日，國務院批準撤銷梅縣地區、梅縣市，設立梅州市（地級）、梅州市梅江區、梅縣（駐扶大鎮）。梅州市轄梅江區、梅縣及原梅縣地區的興寧、五華、豐順、大浦、平遠、焦嶺7縣。

2000年第五次人口普查，梅州市常住總人口3802186人，其中：梅江區313821人、梅縣516761人、大埔縣352013人、豐順縣449769人、五華縣879286人、平遠縣215856人、蕉嶺縣203173人、興寧市871507人。

2002年末，梅州市轄1個市轄區、6個縣，代管1個縣級市，共有5個街道、161個鎮，2089個村委會、236個居委會。

2003年5月，全市共有4個街道（包括經市政府批準成立的梅縣新城街道，但未得到省政府批準）、154個鎮，共有179個居委會、2082個村委會，33779個村民小組。

2005年末，梅州市轄1個市轄區、6個縣，代管1個縣級市，共有6個街道、104個鎮。

2010年第六次人口普查，梅州市常住總人口4238461人，其中：梅江區380771人，梅縣554745人，大埔縣374666人，豐順縣478974人，五華縣1050528人，平遠縣230045人，蕉嶺縣205849人，興寧市962883人。

2012年9月24日，廣東省民政廳（粵民區[2012]35號）批復：經省政府同意，將梅縣西陽鎮劃歸梅州市梅江區管轄。2012年末，全市面積15864.5平方千米（其中城區面積47.82平方千米）。戶籍人口521.35萬人；常住人口429.41萬人，其中城鎮人口187.09萬人。

2013年10月18日，《國務院關于同意廣東省調整梅州市部分行政區劃的批復》（國函[2013]113號）：同意撤銷梅縣，設立梅州市梅縣區，以原梅縣的行政區域為梅縣區的行政區域，梅縣區人民政府駐程江鎮憲梓南路13號。

2014年，梅縣區松口鎮、畬江鎮、雁洋鎮，大埔縣湖寮鎮、高陂鎮，豐順縣豐良鎮、阝留隍鎮，五華縣華城鎮，平遠縣大柘鎮，興寧市羅浮鎮共10個鎮被列為全國重點鎮。