三國吳黃武元年（222）置平夷縣。西晉太康元年（280）更名新夷縣。南北朝置新會郡。隋開皇十年（590）撤郡置州，新會由郡改為縣。1992年10月8日撤縣設市。

1996年，新會市面積1641.6平方千米，人口84.7萬人。轄18個鎮：會城鎮、大澤鎮、七堡鎮、司前鎮、牛灣鎮、羅坑鎮、小岡鎮、雙水鎮、崖西鎮、崖南鎮、沙堆鎮、古井鎮、三江鎮、睦洲鎮、大鰲鎮、荷塘鎮、棠下鎮、杜阮鎮。市政府駐會城鎮。

2000年第五次人口普查，新會市總人口932425人，其中：會城鎮276853人，大澤鎮42316人，七堡鎮12333人，司前鎮71846人，牛灣鎮9017人，羅坑鎮25435人，小岡鎮23275人，雙水鎮69838人，崖西鎮29634人，崖南鎮11971人，沙堆鎮33260人，古井鎮40872人，三江鎮45612人，睦洲鎮41251人，大鰲鎮34127人，荷塘鎮49530人，棠下鎮62770人，杜阮鎮52485人。

2002年6月22日，國務院批準（國函[2002]56號）：（1）撤銷縣級新會市，設立江門市新會區。新會區轄原縣級新會市的會城鎮、大澤鎮、司前鎮、沙堆鎮、古井鎮、三江鎮、崖門鎮、雙水鎮、羅坑鎮、大鰲鎮、睦洲鎮。區人民政府駐會城鎮。（2）原縣級新會市的棠下鎮、荷塘鎮、杜阮鎮劃歸江門市蓬江區管轄。

2003年，新會區轄會城、大澤、司前、沙堆、古井、三江　崖門、雙水、羅坑、大敖、睦洲11個鎮。

2005年，撤銷會城鎮，設立會城街道辦事處，作為區政府的派出機關。會城街道辦事處管轄原會城鎮的行政區域范圍，共有13個居委會和29個村委會，總面積140.66平方千米，戶籍人口265170人。會城街道辦事處駐原會城鎮政府駐地（廣東省民政廳2005年2月22日粵民區[2005]13號批復）（江門市人民政府2005年3月3日江府函[2005]16號批復）（新會區人民政府2005年4月25日新府函[2005]11號批復）。

2009年末，新會區面積1387平方千米，轄會城1個街道和大澤、司前、沙堆、古井、三江、崖門、雙水、羅坑、大敖、睦洲10個鎮，共有32個居委會、189個行政村。區政府駐會城街道同慶路1號。