明嘉靖四十二年（1563）置澄海縣，清康熙三年（1664）撤銷，康熙八年（1668）復置縣，咸豐十一年（1861）析澄海縣、鮀浦司之“沙汕頭”，稱汕頭埠。1921年由澄海縣析汕頭埠及崎碌成立汕頭市政廳。1936年屬廣東省第五行政督察專員公署。

1959年撤縣，縣地并入汕頭市郊；同年再復置澄海縣。1994年4月18日，民政部批復（民行批[1994]56號）撤銷澄海縣，設立澄海市。市政府駐澄城鎮。

2000年，澄海市轄3個街道、12個鎮：鳳翔街道、澄華街道、廣益街道、蓮下鎮、蓮上鎮、溪南鎮、東里鎮、隆都鎮、鹽鴻鎮、蓮華鎮、外砂鎮、新溪鎮、灣頭鎮、壩頭鎮、上華鎮。

2000年第五次人口普查，澄海市常住總人口860003人，其中：風翔街道83325人，廣益街道44148人，澄華街道71656人，上華鎮31188人，灣頭鎮34341人，蓮下鎮72431人，蓮上鎮54144人，溪南鎮64100人，東里鎮76721人，鹽鴻鎮43222人，蓮華鎮24807人，隆都鎮74431人，壩頭鎮46923人，外砂鎮78776人，新溪鎮59790人。

2002年1月？，省政府批準同意撤銷澄海市壩頭鎮和灣頭鎮建制，將其管轄的行政區域分別并入鳳翔街道和蓮下鎮。新成立的鳳翔街道面積41.46平方千米、人口13.03萬人，新成立的灣頭鎮面積56.09平方千米、人口10.675萬人。

2003年1月29日，國務院批準（國函[2003]11號）：撤銷縣級澄海市，設立汕頭市澄海區。以原縣級澄海市的行政區域（不含外砂鎮、新溪鎮）為澄海區的行政區域。區人民政府駐文冠路（原澄海市人民政府駐地）；將原澄海市的外砂、新溪2個鎮劃歸龍湖區管轄。

2003年，澄海區轄鳳翔、澄華、廣益3個街道和蓮下、蓮上、蓮華、東里、溪南、鹽鴻、上華、隆都8個鎮，共有43個居委會、137個村委會。總戶數174483戶、總人口706239人：鳳翔街道35030戶、136863人；澄華街道13061戶、53356人；廣益街道9137戶、39921人；東里鎮19677戶、75379人；蓮上鎮12926戶、53067人；蓮下鎮25009戶、104953人；蓮華鎮6434戶、26021人；上華鎮7742戶、33804人；隆都鎮18720戶、74391人；鹽鴻鎮10488戶、4350l人；溪南鎮16225戶、64805人；區直轄單位34戶、178人。

2008年末，澄海區面積367.4平方千米，戶籍總人口725613人。2009年末，澄海區轄3個街道、8個鎮，45個居委會、131個行政村。區政府駐澄華街道文冠路。

2010年第六次人口普查，澄海區常住總人口800399人，其中：鳳翔街道146928人，廣益街道61528人，澄華街道97392人，上華鎮35570人，隆都鎮72421人，蓮下鎮117893人，蓮上鎮55483人，溪南鎮64363人，東里鎮80521人，鹽鴻鎮43379人，蓮華鎮24921人。

2012年末，澄海區面積345.23平方千米。戶籍人口75.33萬人，常住人口80.72萬人。轄3個街道、8個鎮和1個經濟開發試驗區。

2014年，東里鎮、蓮下鎮被列為全國重點鎮。