鹽田地名來源與古代這一帶產鹽有關。據《寶安縣志》載：宋開寶四年（971年）設官富鹽場（在今香港九龍，包括鹽田、疊福分場）。清康熙年間修的《新安縣志》已有鹽田圩、鹽田村、鹽田逕的地名。

今鹽田區域，1924～1932年間為沙頭角、鹽田兩個鄉，屬寶安縣。1933年調整為東和鄉。1949年10月屬惠陽縣。1950年4月屬寶安縣第三區。1978年有沙頭角鎮和鹽田公社（含梅沙）。

1979年1月屬深圳市羅湖區。1980年6月成立沙頭角管理區；8月，鹽田區域除三洲田等部分山地外，均劃入深圳經濟特區范圍。1982年1月，鹽田區域為羅湖區管轄。1982年9月，沙頭角鎮作為縣級鎮從羅湖區劃出。

1983年6月設立沙頭角區辦事處，1984年5月改為沙頭角管理區，均為深圳市政府的派出機構。1990年1月，沙頭角管理區和羅湖管理區合并組建羅湖區政府。1997年10月21日，國務院批準增設深圳市鹽田區，轄從羅湖區劃入的沙頭角鎮和鹽田、梅沙2個街道，區政府駐鹽田街道黃必圍。1998年2月16日成立鹽田區政府，1998年3月30日正式掛牌。區政府駐沙頭角官上路。

2000年第五次人口普查，鹽田區常住總人口152323人，其中：鹽田街道39850人，梅沙街道8032人，沙頭角鎮104441人。

2002年6月18日，撤銷沙頭角鎮，設立沙頭角街道、海山街道。調整后，鹽田區轄鹽田、梅沙、沙頭角、海山4個街道。將21個居委會改為17個社區。2003年3月，區政府遷至深鹽路東側區行政中心。

2004年，鹽田區轄4個街道，17個居委會。梅沙街道轄大梅沙、小梅沙、濱海3個居委會。鹽田街道轄永安、鹽田、沿港、東海、明珠5個居委會。沙頭角街道轄沙頭角、田心、橋東、中英街、東和5個居委會。海山街道轄田東、海濤、鵬灣、梧桐4個居委會。

2008年末，鹽田區戶籍總人口39591人。2009年末，鹽田區轄4個街道，22個居委會。區政府駐海山街道。

2010年第六次人口普查，鹽田區常住總人口209360人，其中，梅沙街道18063人，鹽田街道80641人，沙頭角街道48798人，海山街道61858人。

2012年末，鹽田區面積72.63平方千米，戶籍人口5.05萬人，常住人口21.26萬人。轄4個街道。