清河用于地名是因河而生，始于明代。據《義縣志》載今清河為：“榼倫水，蒙古謂之翁格勒庫河（漢譯麝香河），俗謂之清河，即清水河簡稱”。“大清堡原名清河堡，在城東北五十里，……今名清河城。”明正統七年（1442年）建清河堡。弘歷十六年（1503年）改稱大清堡。后金天命七年（1622年），更名為清河城。

清崇德元年（1636年），公主在清河城建有府邸，時人稱王爺殿，后俗稱為王爺店。清康熙十五年（公元1676年），王爺店地區建邊門，始稱清河邊門，簡稱清河門，屬義州（今義縣）。1983年2月21日，遼寧省政府批準同意設立阜新市清河門區，以郊區的清河門鎮和艾友街道辦事處為其行政區域。

1996年，清河門區面積98.5平方千米，人口8萬人。轄4個街道、2個鄉：新北街道、六臺街道、艾友街道、清河街道、烏龍壩鄉、河西鄉。區政府駐清河大街。

1997年，撤銷河西鄉，設立河西鎮（遼政[1997]27號）；撤銷烏龍壩鄉，設立烏龍壩鎮（遼政[1997]158號）。

2000年第五次人口普查，清河門區常住總人口72323人，其中：清河街道18792人，六臺街道10788人，艾友街道10684人，新北街道3357人，河西鎮15881人，烏龍坎鎮12821人。

2002年6月，清河門區面積105平方千米，人口約7.77萬人。轄4個街道、2個鎮，12個社區、17個行政村。區政府駐清河大街1號。

2010年第六次人口普查，清河門區常住總人口60751人，其中：清河街道20327人，六臺街道6069人，艾友街道5233人，新北街道4641人，河西鎮14680人，烏龍壩鎮9801人。