澤普是“澤普勒善”的簡稱，因澤勒苦善河得名。澤普勒善，塔吉克語，意為“黃金之河”，河有沙金，故名。澤普又名波斯喀木，是維吾爾語“波斯提坎”的變音，意為“富饒的土地”。

澤普舊為葉爾羌與和田間古道所經，清乾隆二十三年（1758年）后安設葉爾羌到和田的八個軍臺之一，稱坡斯坎木臺。澤普設縣前為葉城縣波斯坎莊，1921年置澤普縣。屬喀什噶爾道，喀什行政區，1943年改隸莎車督察專區。新中國成立后屬莎車專區。1956年莎車專區并入喀什專區，澤普屬喀什專區。1978年后隸喀什地區。

1999年末，澤普縣總人口167398人（含塔西南石油勘探開發公司15719人），其中少數民族人口133313人，農村人口98093人。轄1區公所、2鎮、10鄉：澤普鎮、奎依巴格鎮、波斯喀木鄉、依瑪鄉、古勒巴格鄉、賽力鄉、依克蘇鄉、圖呼其鄉、奎依巴格鄉、阿克塔木鄉、阿依庫勒鄉、布依魯克塔吉克族鄉。

2000年第五次人口普查，澤普縣常住總人口181721人，其中：澤普鎮19536人、奎依巴格鎮8844人、波斯喀木鄉20147人、依瑪鄉17008人、古勒巴格鄉15885人、賽力鄉13199人、依克蘇鄉20386人、圖呼其鄉8339人、奎依巴格鄉13091人、阿克塔木鄉7239人、阿依庫勒鄉12761人、布依魯克塔吉克族鄉3321人、澤普石油基地21965人。

2003年，澤普縣總面積999.66平方千米，總人口175723人。轄2個鎮、10個鄉：澤普鎮、奎依巴格鎮、奎依巴格鄉、波斯喀木鄉、依瑪鄉、古勒巴格鄉、賽力鄉、依克蘇鄉、圖呼其鄉、阿克塔木鄉、阿依庫勒鄉、布依魯克塔吉克族鄉。縣政府駐澤普鎮。

2010年第六次人口普查，澤普縣常住總人口206936人，其中：澤普鎮31665人，奎依巴格鎮10553人，塔里木油田公司18173人，波斯喀木鄉20026人，依瑪鄉19628人，古勒巴格鄉18571人，賽力鄉16721人，依肯蘇鄉19340人，圖呼其鄉10359人，奎依巴格鄉12713人，阿克塔木鄉6652人，阿依庫勒鄉11728人，布依魯克塔吉克族鄉3564人，農場場部3776人，澤普縣良種場1873人，園藝場1314人，國營林場280人。