西漢屬蜀郡西部，都尉地，唐屬吐蕃，清屬打箭爐廳。民國3年（1914）置九龍設治局，民國15年（1926）置九龍縣。因縣及周圍有三巖龍、八窩龍、洪壩龍、灣壩龍、速窩龍、雪洼龍、三埡龍、菩薩龍、麥地龍等九個名龍的地方（村）合置而得名。原屬西康省，1955年撤銷西康省劃歸四川省至今。

2000年，九龍縣面積6770.2平方千米，人口4.7萬人，以藏族為多，還有漢、彝等民族。轄1個鎮、17個鄉（其中7個民族鄉）：呷爾鎮、湯古鄉、上團鄉、八窩龍鄉、斜卡鄉、三巖龍鄉、乃渠鄉、魁多鄉、子耳彝族鄉、俄爾彝族鄉、小金彝族鄉、朵洛彝族鄉、灣壩彝族鄉、烏拉溪鄉、踏卡彝族鄉、煙袋鄉、洪壩鄉、三埡彝族鄉。縣政府駐呷爾鎮。

2000年第五次人口普查，九龍縣常住總人口50816人，其中：呷爾鎮9188人，湯古鄉1564人，斜卡鄉913人，三巖龍鄉2629人，上團鄉739人，八窩龍鄉1341人，乃渠鄉2547人，烏拉溪鄉2871人，煙袋鄉4852人，魁多鄉5015人，子耳彝族鄉3123人，三埡彝族鄉2399人，俄爾彝族鄉2110人，小金彝族鄉1861人，朵洛彝族鄉1149人，踏卡彝族鄉3146人，灣壩彝族鄉4622人，洪壩鄉747人。

2004年，九龍縣轄呷爾1個鎮和乃渠、湯古、三巖龍、八窩龍、上團、斜卡、煙袋、魁多、烏拉溪、洪壩、子耳彝族、三埡彝族、俄爾彝族、朵洛彝族、踏卡彝族、小金彝族、灣壩彝族17個鄉（其中7個民族鄉）。

2010年第六次人口普查，九龍縣常住總人口62133人，其中：呷爾鎮14986人，湯古鄉1909人，斜卡鄉1717人，三巖龍鄉2349人，上團鄉714人，八窩龍鄉1128人，乃渠鄉2991人，烏拉溪鄉3894人，煙袋鄉4738人，魁多鄉5360人，子耳彝族鄉3528人，三埡彝族鄉2443人，俄爾彝族鄉2136人，小金彝族鄉2324人，朵洛彝族鄉1231人，踏卡彝族鄉3772人，灣壩彝族鄉5888人，洪壩鄉1025人。

2013年，省政府（川府民政[2013]17號）批復同意撤銷煙袋鄉，設立煙袋鎮，轄原煙袋鄉所屬行政區域。調整后，全縣轄2個鎮、16個鄉（其中7個民族鄉）：呷爾鎮、煙袋鎮、湯古鄉、斜卡鄉、三巖龍鄉、上團鄉、八窩龍鄉、乃渠鄉、烏拉溪鄉、魁多鄉、子耳彝族鄉、三埡彝族鄉、俄爾彝族鄉、小金彝族鄉、朵洛彝族鄉、踏卡彝族鄉、灣壩彝族鄉、洪壩鄉。