明置巴馬、篆甲、萬岡、上隆等巡檢司，清屬百色直隸廳，1934年析恩隆縣、百色縣、鳳山縣、東蘭縣4地合置萬岡縣。1952年撤。1955年在原萬岡縣地設(shè)巴馬瑤族自治縣。1987年12月23日，國務院批準（國函[1987]185號）同意：將巴馬瑤族自治縣的板蘭鄉(xiāng)全部，東山、鳳凰、羌圩三個鄉(xiāng)的十七個村劃歸大化瑤族自治縣。

1984年9月，將9個公社（鎮(zhèn)）改為12個鄉(xiāng)和1個鎮(zhèn)，其中增設(shè)那社、局桑、平洞、板蘭4個鄉(xiāng)；城關(guān)公社改為燕洞鄉(xiāng)，鄉(xiāng)政府遷至燕洞；大隊改為村民委員會，生產(chǎn)隊改為村民小組。1987年8月，全縣103個村民委員會改為村公所，另以自然村（屯）聯(lián)合成立村民委員會608個；從羌圩鄉(xiāng)分出成立乙圩鄉(xiāng)。

1988年3月30日，《廣西壯族自治區(qū)辦公廳關(guān)于大化瑤族自治縣行政區(qū)域范圍的補充通知》同意將巴馬瑤族自治縣的板蘭鄉(xiāng)全部，鳳凰鄉(xiāng)的那色、京屯、巴、追、巴巖等4村，東山鄉(xiāng)的弄冠村，羌圩鄉(xiāng)的羌圩、坡馬、艾圩、洪籌、那良、古龍、東杠、健康等8村，乙圩鄉(xiāng)的乙圩、常吉、常懷、果好等4村劃歸大化瑤族自治縣。1988年7月，劃撥羌圩、乙圩、板蘭3個鄉(xiāng)20個行政村給新成立的大化瑤族自治縣管轄，巴馬縣增設(shè)百林鄉(xiāng)。

1996年，巴馬瑤族自治縣面積1980平方千米，人口約22.4萬人。轄1個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)：巴馬鎮(zhèn)、燕洞鄉(xiāng)、甲篆鄉(xiāng)、那社鄉(xiāng)、所略鄉(xiāng)、局桑鄉(xiāng)、西山鄉(xiāng)、平洞鄉(xiāng)、東山鄉(xiāng)、鳳凰鄉(xiāng)、那桃鄉(xiāng)、百林鄉(xiāng)。縣政府駐巴馬鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，巴馬瑤族自治縣總?cè)丝?18724人。其中：巴馬鎮(zhèn)56034人，燕洞鄉(xiāng)21665人，甲篆鄉(xiāng)19778人，那社鄉(xiāng)13764人，所略鄉(xiāng)22333人，局桑鄉(xiāng)8715人，西山鄉(xiāng)10473人，平洞鄉(xiāng)7517人，東山鄉(xiāng)9470人，鳳凰鄉(xiāng)8681人，百林鄉(xiāng)14377人，那桃鄉(xiāng)25917人。

2003年，巴馬瑤族自治縣轄1個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)：巴馬鎮(zhèn)、燕洞鄉(xiāng)、甲篆鄉(xiāng)、那社鄉(xiāng)、所略鄉(xiāng)、局桑鄉(xiāng)、西山鄉(xiāng)、平洞鄉(xiāng)、東山鄉(xiāng)、鳳凰鄉(xiāng)、百林鄉(xiāng)、那桃鄉(xiāng)。

2005年6月13日，廣西壯族自治區(qū)政府（桂政函[2005]169號）同意調(diào)整巴馬瑤族自治縣部分鄉(xiāng)鎮(zhèn)的行政區(qū)劃：撤銷平垌鄉(xiāng)，整建制并入西山鄉(xiāng)，西山鄉(xiāng)政府駐地不變；撤銷局桑鄉(xiāng)，整建制并入所略鄉(xiāng)，所略鄉(xiāng)政府駐地不變。

全縣現(xiàn)轄1個鎮(zhèn)、9個鄉(xiāng)：巴馬鎮(zhèn)、燕洞鄉(xiāng)、甲篆鄉(xiāng)、那社鄉(xiāng)、所略鄉(xiāng)、西山鄉(xiāng)、東山鄉(xiāng)、鳳凰鄉(xiāng)、百林鄉(xiāng)、那桃鄉(xiāng)。縣政府駐巴馬鎮(zhèn)。