原為富川、昭平二縣屬地。1916年析置鐘山縣，1953年與富川縣合置富鐘縣，1962年更名鐘山縣。

1996年，鐘山縣面積1861平方千米，人口約42.8萬人。轄15個鎮、2個民族鄉：鐘山鎮、西灣鎮、望高鎮、城廂鎮、羊頭鎮、回龍鎮、同古鎮、石龍鎮、鳳翔鎮、珊瑚鎮、公安鎮、紅花鎮、燕塘鎮、清塘鎮、英家鎮、花山瑤族鄉、兩安瑤族鄉。縣政府駐鐘山鎮。

2000年第五次人口普查，鐘山縣總人口460021人。其中：鐘山鎮43271人，城廂鎮41992人，西灣鎮24255人，望高鎮32206人，羊頭鎮37181人，回龍鎮35655人，石龍鎮25940人，鳳翔鎮25473人，珊瑚鎮16196人，同古鎮23770人，公安鎮45421人，英家鎮14165人，清塘鎮28988人，燕塘鎮22382人，紅花鎮20530人，花山瑤族鄉7644人，兩安瑤族鄉14952人。

2002年6月18日，國務院（國函[2002]51號）批準同意將西灣鎮劃歸賀州市八步區管轄。2002年12月31日，廣西壯族自治區政府（桂政函[2002]250號）同意鐘山縣燕塘鎮政府駐地從燕塘街遷移至張屋村委會。

2003年，鐘山縣轄14個鎮、2個民族鄉：鐘山鎮、城廂鎮、望高鎮、羊頭鎮、回龍鎮、石龍鎮、鳳翔鎮、珊瑚鎮、同古鎮、公安鎮、英家鎮、清塘鎮、燕塘鎮、紅花鎮、花山瑤族鄉、兩安瑤族鄉。

2005年6月13日，廣西壯族自治區政府（桂政函[2005]170號）同意調整鐘山縣部分鄉鎮的行政區劃：撤銷城廂鎮，整建制并入鐘山鎮，鐘山鎮政府駐原城廂鎮河東路；撤銷英家鎮，整建制并入清塘鎮，清塘鎮政府駐地不變。

調整后，全縣轄12個鎮、2個民族鄉：鐘山鎮、望高鎮、羊頭鎮、回龍鎮、石龍鎮、鳳翔鎮、珊瑚鎮、同古鎮、公安鎮、清塘鎮、燕塘鎮、紅花鎮、花山瑤族鄉、兩安瑤族鄉。

2007年，將望高、羊頭2鎮劃歸平桂管理區管理。鐘山縣實際管轄10個鎮、2個民族鄉。