隋置茶城縣，唐改為恭城縣。1990年2月3日，國務院批準撤銷恭城縣，設立恭城瑤族自治縣。

1996年，全縣面積2149平方千米，人口約27萬人。轄3個鎮、6個鄉：恭城鎮、蓮花鎮、栗木鎮、平安鄉、三江瑤族鄉、嘉會鄉、西嶺鄉、觀音鄉、龍虎鄉。縣政府駐恭城鎮。

2000年第五次人口普查，恭城瑤族自治縣總人口271216人。其中：恭城鎮45329人，栗木鎮45881人，蓮花鎮51352人，平安鄉35589人，三江鄉13450人，嘉會鄉24902人，西嶺鄉36268人，觀音鄉8610人，龍虎鄉9835人。

2003年恭城瑤族自治縣行政區劃（根據當年廣西行政區劃代碼整理）
　　100　恭城鎮　轄恭城鎮居委會；洲塘、門樓、孟家、滿塘、化育、白馬、西河、江貝、同樂、樂灣、天堂、莊埠、渡雷、古城14個行政村。
　　101　栗木鎮　轄栗木街居委會；苔塘、上枧、馬路橋、大營、石頭、上宅、栗木、大合、大枧、高嶺、五福、建安、六嶺、良溪、常家、上灌、泉會17個行政村。
　　102　蓮花鎮　轄蓮花鎮居委會；蓮花、竹山、枧頭、筆山、朗山、湖山、門等、東寨、巖口、崇嶺、老君、坪嶺、獨石、風巖、勢江、東科、楊梅、龍圍、坪沖、黃泥崗、蒲源、桑源、蘭洞23個行政村。
　　200　平安鄉　轄和平、大嶺、下山源、陶莊、大江、北洞源、北溪、巨塘、新街、橋頭、路口、三新橋、陶馬坪、黃埠、土陂15個行政村。
　　201　三江鄉　轄大地、三聯、黃坪、三寨、栗田、十八嶺、對面嶺、三江、安沖、洗腳嶺10個行政村。
　　202　嘉會鄉　轄嘉會街居委會；白燕、共和、太平、嘉會、吉山、豸游、蘇陂、西南、秧家、泗安、松林、大山、白羊13個行政村。
　　203　西嶺鄉　轄西嶺街居委會；新合、下宋、八巖、挖溝、虎尾、費村、西嶺、三合、新安、楊溪、羅卜、龍崗、德良、島坪、營盤、東面、椅子17個行政村。
　　204　觀音鄉　轄觀音、洋石、獅塘、水濱4個行政村。
　　205　龍虎鄉　轄龍虎、獅子、源頭、龍嶺4個行政村。