據(jù)《元史·地理志》：馬龍，系彝語“麻籠”的近音演變。“麻”意為“兵”，“籠”意為“城”，即（土司）駐兵的城。一說“因天馬山、藏龍山兩山，命名馬龍，取天馬云龍之義”。

馬龍古稱銅瀨邑，西漢元封二年（公元前109年）置銅瀨縣，屬益州郡。蜀漢、西晉、南朝宋、齊沿稱銅瀨縣，隸屬建寧郡。唐初更名同起縣，歸南寧州（郎州）。南詔時為爨部曲軛地。宋大理國時稱納垢部，隸石城郡。元初置納垢千戶所，至元十三年（1276年）始設馬龍州，領通泉縣屬曲靖路。明洪武23年（1390年）置馬龍守備千戶所，后復為馬龍州，清置馬龍州，均屬曲靖府。民國2年（1913）改為馬龍縣（一說為民國18年），屬曲靖督察區(qū)。1958年馬龍、沾益、曲靖三縣合并為曲靖縣，1961年7月復置馬龍縣。

1996年，馬龍縣面積1638.4平方千米，人口約17.5萬人。轄4個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)：通泉鎮(zhèn)、王家莊鎮(zhèn)、馬過河鎮(zhèn)、舊縣鎮(zhèn)、馬鳴鄉(xiāng)、張安屯鄉(xiāng)、月望鄉(xiāng)、納章鄉(xiāng)、大莊鄉(xiāng)�？h政府駐通泉鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，馬龍縣常住總人口185766人，其中：通泉鎮(zhèn)34408人，舊縣鎮(zhèn)28067人，馬過河鎮(zhèn)14628人，王家莊鎮(zhèn)31271人，馬鳴鄉(xiāng)13310人，張安屯鄉(xiāng)9322人，大莊鄉(xiāng)12966人，月望鄉(xiāng)27823人，納章鄉(xiāng)13971人。

2001年11月，納章鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)。至此，全縣轄5個鎮(zhèn)、4個鄉(xiāng)：通泉鎮(zhèn)、舊縣鎮(zhèn)、馬過河鎮(zhèn)、王家莊鎮(zhèn)、納章鎮(zhèn)、張安屯鄉(xiāng)、大莊鄉(xiāng)、月望鄉(xiāng)、馬鳴鄉(xiāng)。

2003年，全縣轄5個鎮(zhèn)、4個鄉(xiāng)：通泉鎮(zhèn)、舊縣鎮(zhèn)、馬過河鎮(zhèn)、王家莊鎮(zhèn)、納章鎮(zhèn)、張安屯鄉(xiāng)、大莊鄉(xiāng)、月望鄉(xiāng)、馬鳴鄉(xiāng)。共有64個行政村�？側丝跀�(shù)為191488人，其中非農業(yè)人口21004人，占11%。居住著彝、苗、回等23個少數(shù)民族，總人口14510人，占7.6%。

2006年3月16日，省政府批準同意：撤銷張安屯鄉(xiāng)，其行政區(qū)域并入王家莊鎮(zhèn)，將王家莊鎮(zhèn)桃園、瓦倉、雞頭村3個村委會劃歸通泉鎮(zhèn)管轄，行政區(qū)劃調整后的王家莊鎮(zhèn)管轄原王家莊鎮(zhèn)的格里、莊郎、扯度、高枧槽、王家莊、新屯、吳官田、上壩、小龍井9個村委會和原張安屯鄉(xiāng)管轄的行政區(qū)域范圍，鎮(zhèn)政府駐原王家莊政府駐地。

2006年，全縣總面積1751平方千米�？側丝�18.52萬人；其中彝、苗、回等少數(shù)民族1.5萬人，約占7.6%。轄5個鎮(zhèn)、3個鄉(xiāng)：通泉鎮(zhèn)、舊縣鎮(zhèn)、馬過河鎮(zhèn)、王家莊鎮(zhèn)、納章鎮(zhèn)、馬鳴鄉(xiāng)、大莊鄉(xiāng)、月望鄉(xiāng)。共有2個社區(qū)、64個行政村（其中3個民族村），435個自然村，506個村民小組。縣政府駐通泉鎮(zhèn)。

2010年第六次人口普查，馬龍縣常住總人口184989人，其中：通泉鎮(zhèn)55268人，舊縣鎮(zhèn)26219人，馬過河鎮(zhèn)12967人，王家莊鎮(zhèn)28662人，納章鎮(zhèn)12868人，馬鳴鄉(xiāng)12169人，大莊鄉(xiāng)12043人，月望鄉(xiāng)24793人。

2013年10月20日，省政府（云政復[2013]77號）批準同意撤銷通泉鎮(zhèn)、王家莊鎮(zhèn)、舊縣鎮(zhèn)。馬龍縣撤銷通泉鎮(zhèn)，設立通泉街道、雞頭村街道；撤銷王家莊鎮(zhèn)，設立王家莊街道、張安屯街道；撤銷舊縣鎮(zhèn)，設立舊縣街道；保留馬過河鎮(zhèn)、納章鎮(zhèn)和大莊鄉(xiāng)、月望鄉(xiāng)、馬鳴鄉(xiāng)。調整后，馬龍縣轄5個街道、2個鎮(zhèn)、3個鄉(xiāng)。