縣名因境內(nèi)有巫溪，一名昌江，源出縣西北。據(jù)《水經(jīng)注》：“巫溪水，即鹽水。”商周至春秋前期屬庸國(guó)魚邑，戰(zhàn)國(guó)屬巫縣。漢置北井縣，宋設(shè)大寧監(jiān)，元升監(jiān)為州，明降州為大寧縣。民國(guó)三年（1914年6月）因與山西省大寧縣同名，改名巫溪縣。

1949年12月14日，巫溪縣解放；20日，成立縣人民政府。巫溪縣隸屬西南行政區(qū)川東行政公署萬(wàn)縣專區(qū)。1952年9月1日，恢復(fù)四川省建制，巫溪縣屬四川省萬(wàn)縣專區(qū)（1968年6月改稱萬(wàn)縣地區(qū)）。1993年，巫溪縣屬地級(jí)萬(wàn)縣市。1997年3月，巫溪縣屬重慶直轄市萬(wàn)州移民開發(fā)區(qū)。2000年7月，巫溪縣由重慶市直接管轄。

1996年，巫溪縣面積4029.8平方千米，人口約50萬(wàn)人。轄10鎮(zhèn)41鄉(xiāng)。縣政府駐城廂鎮(zhèn)。

2000年，巫溪縣轄城廂、鳳凰、寧廠、上磺、古路、文峰、徐家、白鹿、尖山、下堡10個(gè)鎮(zhèn)；花栗、菱角、大同、勝利、大河、后河、天星、萬(wàn)古、長(zhǎng)桂、黃陽(yáng)、峰靈、紅巖、蒲蓮、塘坊、梓樹、金盆、朝陽(yáng)洞、咸水、建樓、正溪、中壩、魚鱗、烏龍、高竹、漁沙、中鹿、皂角、田壩、馬坪、龍臺(tái)、中崗、通城、蘭英、花臺(tái)、雙陽(yáng)、叢樹、沈家、高樓、天元、中梁、土城、和平、興寨、易溪、長(zhǎng)渡、雙臺(tái)、前河47個(gè)鄉(xiāng)。

2000年第五次人口普查，巫溪縣常住總?cè)丝?83759人，其中：城廂鎮(zhèn)37659人、鳳凰鎮(zhèn)17538人、寧廠鎮(zhèn)5742人、上磺鎮(zhèn)21676人、古路鎮(zhèn)22032人、文峰鎮(zhèn)22202人、徐家鎮(zhèn)9704人、白鹿鎮(zhèn)11647人、尖山鎮(zhèn)17986人、下堡鎮(zhèn)17785人、雙臺(tái)鄉(xiāng)3558人、長(zhǎng)渡鄉(xiāng)3833人、前河鄉(xiāng)2678人、花栗鄉(xiāng)9466人、勝利鄉(xiāng)12340人、菱角鄉(xiāng)11938人、大同鄉(xiāng)9381人、大河鄉(xiāng)4580人、天星鄉(xiāng)2047人、后河鄉(xiāng)2547人、長(zhǎng)桂鄉(xiāng)3216人、萬(wàn)古鄉(xiāng)2432人、蒲蓮鄉(xiāng)14430人、峰靈鄉(xiāng)23096人、黃陽(yáng)鄉(xiāng)7473人、紅巖鄉(xiāng)8425人、塘坊鄉(xiāng)14064人、興寨鄉(xiāng)3949人、梓樹鄉(xiāng)3643人、金盆鄉(xiāng)9861人、朝陽(yáng)洞鄉(xiāng)13688人、咸水鄉(xiāng)5353人、建樓鄉(xiāng)1918人、正溪鄉(xiāng)2263人、中壩鄉(xiāng)8709人、易溪鄉(xiāng)7339人、魚鱗鄉(xiāng)8868人、烏龍鄉(xiāng)5003人、高竹鄉(xiāng)3488人、田壩鄉(xiāng)4822人、馬坪鄉(xiāng)2923人、中鹿鄉(xiāng)3840人、皂角鄉(xiāng)2932人、漁沙鄉(xiāng)5961人、中崗鄉(xiāng)4615人、龍臺(tái)鄉(xiāng)8021人、通城鄉(xiāng)8780人、花臺(tái)鄉(xiāng)5955人、叢樹鄉(xiāng)4977人、蘭英鄉(xiāng)3606人、雙陽(yáng)鄉(xiāng)2853人、沈家鄉(xiāng)5001人、中梁鄉(xiāng)5557人、天元鄉(xiāng)5135人、高樓鄉(xiāng)4352人、土城鄉(xiāng)6415人、和平鄉(xiāng)4457人。

2002年末，巫溪縣轄10個(gè)鎮(zhèn)、47個(gè)鄉(xiāng)，24個(gè)居委會(huì)、346個(gè)村委會(huì)，戶籍總?cè)丝?1.42萬(wàn)人，其中非農(nóng)業(yè)人口4.69萬(wàn)人。

2003年7月24日，重慶市政府（渝府[2003]172號(hào)）批復(fù)同意長(zhǎng)桂鄉(xiāng)政府駐地由金桂村下坪社遷至黃花村碑梁子。

2005年9月9日，重慶市政府（渝府[2005]179號(hào)）批復(fù)同意巫溪縣將57個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)調(diào)整為30個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)。其中，撤銷27個(gè)鄉(xiāng)，擴(kuò)大6個(gè)鎮(zhèn)、12個(gè)鄉(xiāng)行政區(qū)域，保留4個(gè)鎮(zhèn)、8個(gè)鄉(xiāng)行政區(qū)域和政府駐地不變。具體為：撤銷花栗鄉(xiāng)、前河鄉(xiāng)、雙臺(tái)鄉(xiāng)、長(zhǎng)渡鄉(xiāng)，并入城廂鎮(zhèn)；撤銷大同鄉(xiāng)，并入菱角鄉(xiāng)；撤銷后河鄉(xiāng)，并入天星鄉(xiāng)；撤銷沈家鄉(xiāng)，并入大河鄉(xiāng)；撤銷萬(wàn)古鄉(xiāng)，并入長(zhǎng)桂鄉(xiāng)；撤銷紅巖鄉(xiāng)，并入上磺鎮(zhèn)；撤銷黃陽(yáng)鄉(xiāng)，并入古路鎮(zhèn)；撤銷正溪鄉(xiāng)、建樓鄉(xiāng)、金盆鄉(xiāng)，并入文峰鎮(zhèn)；撤銷咸水鄉(xiāng)，并入朝陽(yáng)洞鄉(xiāng)；撤銷興寨鄉(xiāng)、梓樹鄉(xiāng)，并入塘坊鄉(xiāng)；撤銷易溪鄉(xiāng)，并入徐家鎮(zhèn)；撤銷中壩鄉(xiāng)，并入白鹿鎮(zhèn)；撤銷高竹鄉(xiāng)，并入烏龍鄉(xiāng)；撤銷中鹿鄉(xiāng)、皂角鄉(xiāng)、馬坪鄉(xiāng)，并入田壩鄉(xiāng)；撤銷龍臺(tái)鄉(xiāng)、漁沙鄉(xiāng)，并入中崗鄉(xiāng)；撤銷叢樹鄉(xiāng)，并入通城鄉(xiāng)；撤銷高樓鄉(xiāng)，并入天元鄉(xiāng)；撤銷和平鄉(xiāng)，并入土城鄉(xiāng)。

2005年末，全縣轄10個(gè)鎮(zhèn)、20個(gè)鄉(xiāng)：城廂鎮(zhèn)、鳳凰鎮(zhèn)、寧廠鎮(zhèn)、上磺鎮(zhèn)、古路鎮(zhèn)、文峰鎮(zhèn)、徐家鎮(zhèn)、白鹿鎮(zhèn)、尖山鎮(zhèn)、下堡鎮(zhèn)、勝利鄉(xiāng)、菱角鄉(xiāng)、大河鄉(xiāng)、天星鄉(xiāng)、長(zhǎng)桂鄉(xiāng)、蒲蓮鄉(xiāng)、峰靈鄉(xiāng)、塘坊鄉(xiāng)、朝陽(yáng)洞鄉(xiāng)、魚鱗鄉(xiāng)、烏龍鄉(xiāng)、田壩鄉(xiāng)、中崗鄉(xiāng)、通城鄉(xiāng)、花臺(tái)鄉(xiāng)、蘭英鄉(xiāng)、雙陽(yáng)鄉(xiāng)、中梁鄉(xiāng)、天元鄉(xiāng)、土城鄉(xiāng)�？h政府駐城廂鎮(zhèn)。

2009年，撤銷峰靈鄉(xiāng)、朝陽(yáng)洞鄉(xiāng)、塘坊鄉(xiāng)、田壩鄉(xiāng)、通城鄉(xiāng)，設(shè)立峰靈鎮(zhèn)、朝陽(yáng)鎮(zhèn)、塘坊鎮(zhèn)、田壩鎮(zhèn)、通城鎮(zhèn)。調(diào)整后，全縣轄15個(gè)鎮(zhèn)、15個(gè)鄉(xiāng)：城廂鎮(zhèn)、鳳凰鎮(zhèn)、寧廠鎮(zhèn)、上磺鎮(zhèn)、古路鎮(zhèn)、文峰鎮(zhèn)、徐家鎮(zhèn)、白鹿鎮(zhèn)、尖山鎮(zhèn)、下堡鎮(zhèn)、峰靈鎮(zhèn)、朝陽(yáng)鎮(zhèn)、塘坊鎮(zhèn)、田壩鎮(zhèn)、通城鎮(zhèn)、勝利鄉(xiāng)、菱角鄉(xiāng)、大河鄉(xiāng)、天星鄉(xiāng)、長(zhǎng)桂鄉(xiāng)、蒲蓮鄉(xiāng)、魚鱗鄉(xiāng)、烏龍鄉(xiāng)、中崗鄉(xiāng)、花臺(tái)鄉(xiāng)、蘭英鄉(xiāng)、雙陽(yáng)鄉(xiāng)、中梁鄉(xiāng)、天元鄉(xiāng)、土城鄉(xiāng)。

2010年第六次人口普查，巫溪縣常住總?cè)丝?14073人，其中：城廂鎮(zhèn)89080人，鳳凰鎮(zhèn)14574人，寧廠鎮(zhèn)5068人，上磺鎮(zhèn)25648人，古路鎮(zhèn)22331人，文峰鎮(zhèn)31338人，徐家鎮(zhèn)13461人，白鹿鎮(zhèn)14870人，尖山鎮(zhèn)17334人，下堡鎮(zhèn)14458人，峰靈鎮(zhèn)15517人，塘坊鎮(zhèn)17065人，朝陽(yáng)鎮(zhèn)13524人，田壩鎮(zhèn)9568人，通城鎮(zhèn)11741人，勝利鄉(xiāng)7328人，菱角鄉(xiāng)13364人，大河鄉(xiāng)8341人，天星鄉(xiāng)3121人，長(zhǎng)桂鄉(xiāng)4770人，蒲蓮鄉(xiāng)9443人，魚鱗鄉(xiāng)5336人，烏龍鄉(xiāng)5993人，中崗鄉(xiāng)14567人，花臺(tái)鄉(xiāng)5028人，蘭英鄉(xiāng)2667人，雙陽(yáng)鄉(xiāng)2111人，中梁鄉(xiāng)3861人，天元鄉(xiāng)5663人，土城鄉(xiāng)6245人，紅池壩經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)658人。

2010年11月22日，重慶市政府（渝府[2010]115號(hào)）批復(fù)同意巫溪縣政府駐地由城廂鎮(zhèn)人民街88號(hào)遷至城廂鎮(zhèn)馬鎮(zhèn)壩廣場(chǎng)東路8號(hào)。2010年12月24日，重慶市政府（渝府[2010]121號(hào)）批復(fù)同意巫溪縣調(diào)整城廂鎮(zhèn)行政區(qū)域范圍，設(shè)立寧河街道、柏楊街道。至此，全縣轄2個(gè)街道、15個(gè)鎮(zhèn)、15個(gè)鄉(xiāng)。