吉首系苗語，意為“地大繁榮而地位重要”。明代在此設千戶所，俗稱“所里”，當時以一百一十戶為一“里”，鎮(zhèn)溪設里，因所設于此，故名所里。而苗族稱地名時，往往對一些位置比較險要的地方帶上“吉”聲為詞頭，于是叫所里為“吉首(所)”。

南朝梁置夜郎縣。隋為靜人縣。唐為盧溪縣地。宋設鎮(zhèn)溪砦。明改鎮(zhèn)溪軍民千戶所。清置乾州廳，1913年置乾縣，1914年更名乾城縣，1953年更名吉首縣，1982年設吉首市。1982年8月3日，國務院批準撤銷吉首縣，設立縣級吉首市。

1996年，吉首市面積1059平方千米，人口約25.2萬人。轄4個街道、3個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)：石家沖街道、紅旗門街道、峒河街道、乾州街道、馬頸坳鎮(zhèn)、河溪鎮(zhèn)、矮寨鎮(zhèn)、己略鄉(xiāng)、萬溶江鄉(xiāng)、太平鄉(xiāng)、丹青鄉(xiāng)、雙塘鄉(xiāng)、白巖鄉(xiāng)、吉首鄉(xiāng)、社塘坡鄉(xiāng)、排吼鄉(xiāng)、排綢鄉(xiāng)、寨陽鄉(xiāng)。市政府駐石家沖街。2000年，吉首市轄4個街道、4個鎮(zhèn)、10個鄉(xiāng)。

2000年第五次人口普查，吉首市總?cè)丝?94297人，其中：石家沖街道63567人，峒河街道40060人，紅旗門街道33484人，乾州街道20129人，矮寨鎮(zhèn)13702人，馬頸坳鎮(zhèn)17419人，河溪鎮(zhèn)11064人，雙塘鎮(zhèn)11543人，吉首鄉(xiāng)11419人，萬溶江鄉(xiāng)12598人，寨陽鄉(xiāng)10185人，已略鄉(xiāng)7489人，太坪鄉(xiāng)6141人，白巖鄉(xiāng)9435人，丹青鄉(xiāng)5809人，排綢鄉(xiāng)6421人，排吼鄉(xiāng)5639人，社塘城鄉(xiāng)8193人。

2004年，吉首市轄4個街道、5個鎮(zhèn)、9個鄉(xiāng)：石家沖街道、峒河街道、紅旗門街道、乾州街道、矮寨鎮(zhèn)、馬頸坳鎮(zhèn)、河溪鎮(zhèn)、雙塘鎮(zhèn)、丹青鎮(zhèn)、吉首鄉(xiāng)、萬溶江鄉(xiāng)、寨陽鄉(xiāng)、已略鄉(xiāng)、太坪鄉(xiāng)、白巖鄉(xiāng)、排綢鄉(xiāng)、排吼鄉(xiāng)、社塘坡鄉(xiāng)。

2005年，吉首市調(diào)整鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃，撤銷吉首鄉(xiāng)、萬溶江鄉(xiāng)；調(diào)整石家沖、紅旗門、峒河3個街道辦事處的部分行政區(qū)域：撤銷吉首鄉(xiāng)、萬溶江鄉(xiāng)，將吉首鄉(xiāng)3個建制村劃入石家沖街道，2個建制村劃入紅旗門街道，其余16個建制村劃入峒河街道，將萬溶江鄉(xiāng)行政區(qū)域劃歸乾州街道管轄。2005年末，吉首市轄4個街道、5個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)：石家沖街道、峒河街道、紅旗門街道、乾州街道、矮寨鎮(zhèn)、馬頸坳鎮(zhèn)、河溪鎮(zhèn)、雙塘鎮(zhèn)、丹青鎮(zhèn)、寨陽鄉(xiāng)、已略鄉(xiāng)、太坪鄉(xiāng)、白巖鄉(xiāng)、排綢鄉(xiāng)、排吼鄉(xiāng)、社塘坡鄉(xiāng)。

2010年，將鳳凰縣竿子坪鄉(xiāng)的灣溪、木林坪、牯牛坪、捧捧坳4個行政村劃歸吉首市乾州街道管轄。行政區(qū)劃調(diào)整后，吉首市總面積1077.97平方千米，總?cè)丝?9.53萬人；乾州街道轄10個社區(qū)、10個行政村，總面積72.81平方千米，總?cè)丝?.1萬人，辦事處機關駐地不變。同年12月，湘西州政府下發(fā)文件正式批準設立吉鳳街道。吉首市原乾州街道辦事處的雙河村、興隆社區(qū)二組以及鳳凰縣原竿子坪鄉(xiāng)灣溪村、木林坪村、牯牛坪村、捧捧坳村，共5個村、1個組，成建制轉(zhuǎn)為社區(qū)，劃入吉鳳街道。新組建的吉鳳街道由州委、州政府委托湘西吉鳳經(jīng)濟開發(fā)區(qū)管理。

全市現(xiàn)轄4個街道、5個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)：峒河街道、乾州街道、鎮(zhèn)溪街道、吉鳳街道、矮寨鎮(zhèn)、馬頸坳鎮(zhèn)、河溪鎮(zhèn)、雙塘鎮(zhèn)、丹青鎮(zhèn)、寨陽鄉(xiāng)、已略鄉(xiāng)、社塘坡鄉(xiāng)、太坪鄉(xiāng)、白巖鄉(xiāng)、排綢鄉(xiāng)、排吼鄉(xiāng)。