1940年由莒縣析置，因在莒縣之南，故名。
1994年9月7日，撤銷山鄉、朱蘆鄉、洙邊鄉、相邸鄉、王家溝鄉，設立山鎮、朱蘆鎮、洙邊鎮、相邸鎮、王家溝鎮。1994年11月14日，撤銷坊前鄉，設立坊前鎮。1996年初，莒南縣面積1752平方千米，人口約92萬人。轄12個鎮、13個鄉：十字路鎮、大店鎮、文疃鎮、北園鎮、汀水鎮、壯崗鎮、朱蘆鎮、坊前鎮、坪上鎮、板泉鎮、洙邊鎮、相邸鎮、厲家寨鄉、石蓮子鄉、劉家莊鄉、團林鄉、官坊鄉、嶺泉鄉、陡山鄉、相溝鄉、柳溝鄉、澇坡鄉、道口鄉、筵賓鄉、演馬鄉。縣政府駐十字路鎮。
1996年8月12日，撤銷筵賓鄉、團林鄉、嶺泉鄉，設立筵賓鎮、團林鎮、嶺泉鎮（魯政函民字[1996]40號）。1996年12月25日，撤銷石蓮子鄉，設立石蓮子鎮（魯政函民字[1996]56號）。1998年4月13日，撤銷澇坡鄉，設立澇坡鎮（魯政函民字[1998]13號）。至此，莒南縣轄17個鎮、8個鄉。
2000年第五次人口普查，莒南縣常住總人口964591人，其中：十字路鎮120044人，團林鎮40803人，大店鎮47735人，坊前鎮47508人，坪上鎮39918人，相邸鎮34753人，板泉鎮42265人，洙邊鎮44689人，文疃鎮39296人，壯崗鎮31503人，汀水鎮25930人，石蓮子鎮43036人，嶺泉鎮44474人，筵賓鎮46144人，北園鎮30226人，澇坡鎮33152人，朱蘆鎮36129人，道口鄉35206人，陡山鄉28872人，柳溝鄉22596人，厲家寨鄉20421人，演馬鄉20108人，相溝鄉28810人，官坊鄉31116人，劉家莊鄉29857人。
2000年末年，莒南縣由17個鎮、8個鄉調整為16個鎮、2個鄉：十字路鎮（北園鎮、官坊鄉部分）、大店鎮（陡山鄉部分）、坪上鎮（歷家寨鄉）、板泉鎮（劉家莊鄉）、朱蘆鎮、坊前鎮（柳溝鄉部分）、相邸鎮、洙邊鎮（演馬鄉部分）、石蓮子鎮、團林鎮、澇坡鎮（陡山鄉部分、柳溝鄉部分）、道口鄉、相溝鄉（官坊鄉部分）、文疃鎮、嶺泉鎮、筵賓鎮、壯崗鎮（演馬鄉部分）、汀水鎮。（括號內的為被撤并的鄉鎮）
2002年末，莒南縣轄16個鎮、2個鄉：十字路鎮、團林鎮、大店鎮、坊前鎮、坪上鎮、相邸鎮、板泉鎮、洙邊鎮、文疃鎮、壯崗鎮、汀水鎮、石蓮子鎮、嶺泉鎮、筵賓鎮、澇坡鎮、朱蘆鎮、道口鄉、相溝鄉。
2009年9月21日，經省政府批準，莒南縣調整部分行政區劃：撤銷十字路鎮，設立十字路街道，辦事處機關駐原十字路鎮政府駐地。調整后，全縣轄1個街道、15個鎮、2個鄉：十字路街道、團林鎮、大店鎮、坊前鎮、坪上鎮、相邸鎮、板泉鎮、洙邊鎮、文疃鎮、壯崗鎮、汀水鎮、石蓮子鎮、嶺泉鎮、筵賓鎮、澇坡鎮、朱蘆鎮、道口鄉、相溝鄉。共有937個行政村。
2010年第六次人口普查，莒南縣常住總人口886376人，其中：十字路街185211人，團林鎮37258人，大店鎮66830人，坊前鎮37982人，坪上鎮55658人，相邸鎮30602人，板泉鎮68308人，洙邊鎮45088人，文疃鎮35991人，壯崗鎮37575人，汀水鎮22388人，石蓮子鎮38273人，嶺泉鎮36277人，筵賓鎮42098人，澇坡鎮48504人，朱蘆鎮30679人，道口鄉31381人，相溝鄉36273人。
2011年11月，撤銷汀水鎮，并入石蓮子鎮；撤銷相邸鎮，并入坊前鎮。2012年，撤銷道口鄉，設立道口鎮。2013年，撤銷相溝鄉，設立相溝鎮（魯政函民字[2013]56號）。調整后，莒南縣轄1個街道、15個鎮：十字路街道、團林鎮、大店鎮、坊前鎮、坪上鎮、板泉鎮、洙邊鎮、文疃鎮、壯崗鎮、石蓮子鎮、嶺泉鎮、筵賓鎮、澇坡鎮、朱蘆鎮、道口鎮、相溝鎮。縣政府駐十字路街道。