從公元前221年，秦始皇統(tǒng)一中國(guó)，實(shí)行郡縣制，建立吳縣算起，則有二千多年歷史。秦初，吳縣地域廣大，包括現(xiàn)在的常熟、吳江、嘉興等地在內(nèi)。秦之后，吳縣的地域、轄屬屢有變化。至東漢末年，吳地屬孫權(quán)割據(jù)地。晉武帝滅孫皓，分天下為十九州，吳屬揚(yáng)州。晉太康四年（283）縣境北部析置海虞縣（今常熟市）。宋、齊、梁、陳四代吳縣均為吳郡。梁代侯景之亂時(shí)，吳郡一度還曾被稱為吳州，后吳州、吳郡、吳縣治所同駐一城。
隋開(kāi)皇九年（589）改吳州為蘇州。十一年（591）吳縣縣治遷徙至橫山（今新郭鎮(zhèn)）。唐武周萬(wàn)歲通天元年（696）析吳縣東部地置長(zhǎng)洲縣，兩縣分境合城而治。北宋太平興國(guó)三年（978），吳、長(zhǎng)洲兩縣均屬浙江西路。清雍正二年（1724），劃長(zhǎng)洲縣東南部建立元和縣，與吳縣、長(zhǎng)洲縣合城而治。后又劃吳縣東山、西山建太湖、靖湖兩廳。至1912年，復(fù)并三縣兩廳為吳縣。1928年，劃吳縣城區(qū)設(shè)蘇州市，1930年撤銷市建置，轄區(qū)復(fù)歸吳縣。
1949年4月27日，吳縣解放，市、縣分設(shè)，析城區(qū)和郊區(qū)置蘇州市，周圍鄉(xiāng)村為吳縣，東山、西山及太湖湖區(qū)劃建太湖行政辦事處。1953年5月，蘇南人民行政公署太湖辦事處改建震澤縣。1959年撤銷震澤縣，復(fù)并入?yún)强h，隸屬蘇州專員公署（1960年1月7日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)撤銷震澤縣，并入?yún)强h）。解放后的吳縣，沒(méi)有另建縣城，全縣的黨政機(jī)關(guān)駐于蘇州市區(qū)。為了適應(yīng)改革開(kāi)放的需要，1984年開(kāi)始，吳縣在離蘇州市中心約3千米的城南開(kāi)辟總面積為20平方千米的新城區(qū)。1989年8月，吳縣機(jī)關(guān)遷入新城區(qū)。
1995年6月8日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷吳縣，設(shè)立吳縣市，以原吳縣行政區(qū)域?yàn)閰强h市區(qū)域，市人民政府駐長(zhǎng)橋鎮(zhèn)。全市面積3069.4平方千米，人口約97萬(wàn)人。轄29個(gè)鎮(zhèn)：長(zhǎng)橋鎮(zhèn)、木瀆鎮(zhèn)、陸慕鎮(zhèn)、甪直鎮(zhèn)、東山鎮(zhèn)、望亭鎮(zhèn)、光福鎮(zhèn)、西山鎮(zhèn)、車坊鎮(zhèn)、郭巷鎮(zhèn)、湘城鎮(zhèn)、陽(yáng)澄湖鎮(zhèn)、太平鎮(zhèn)、渭塘鎮(zhèn)、蠡口鎮(zhèn)、北橋鎮(zhèn)、黃埭鎮(zhèn)、黃橋鎮(zhèn)、東橋鎮(zhèn)、通安鎮(zhèn)、藏書鎮(zhèn)、胥口鎮(zhèn)、渡村鎮(zhèn)、浦莊鎮(zhèn)、橫涇鎮(zhèn)、越溪鎮(zhèn)、鎮(zhèn)湖鎮(zhèn)、東渚鎮(zhèn)、太湖鎮(zhèn)。
2000年第五次人口普查，吳縣市總?cè)丝?128429人，其中：長(zhǎng)橋鎮(zhèn)24920人、車坊鎮(zhèn)46709人、郭巷鎮(zhèn)32331人、角直鎮(zhèn)63068人、越溪鎮(zhèn)19370人、望亭鎮(zhèn)39692人、通安鎮(zhèn)41723人、東橋鎮(zhèn)26379人、黃埭鎮(zhèn)45693人、黃橋鎮(zhèn)27393人、東渚鎮(zhèn)33541人、鎮(zhèn)湖鎮(zhèn)20202人、陸慕鎮(zhèn)48758人、蠡口鎮(zhèn)44001人、西山鎮(zhèn)42196人、渭塘鎮(zhèn)34042人、北橋鎮(zhèn)37557人、太平鎮(zhèn)28918人、湘城鎮(zhèn)29267人、陽(yáng)澄湖鎮(zhèn)21007人、木瀆鎮(zhèn)71438人、藏書鎮(zhèn)28673人、光福鎮(zhèn)38999人、胥口鎮(zhèn)22110人、太湖鎮(zhèn)9577人、橫涇鎮(zhèn)36764人、浦莊鎮(zhèn)21752人、渡村鎮(zhèn)25252人、東山鎮(zhèn)52492人、月浜虛擬街道25656人、蘇苑虛擬街道24997人、龍西虛擬街道24600人、吳縣市經(jīng)濟(jì)開(kāi)發(fā)區(qū)25185人、蘇州太湖國(guó)家旅游度假區(qū)11266人、江蘇省太湖采石公司2901人。
2000年12月31日，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷縣級(jí)吳縣市，設(shè)立蘇州市吳中區(qū)、相城區(qū)。吳中區(qū)轄原縣級(jí)吳縣市的長(zhǎng)橋、胥口、木瀆、橫涇、浦莊、渡村、東山、西山、藏書、光福、鎮(zhèn)湖、東渚、甪直、車坊、郭巷15個(gè)鎮(zhèn)，面積767平方千米，人口56.32萬(wàn)人，區(qū)政府駐長(zhǎng)橋鎮(zhèn)。相城區(qū)轄原吳縣市的陸慕、蠡口、黃橋、渭塘、太平、湘城、陽(yáng)澄湖、北橋、黃埭、東橋、望亭、通安12個(gè)鎮(zhèn)，面積490平方千米，人口40.2萬(wàn)人，區(qū)政府駐陸慕鎮(zhèn)。2001年2月28日，吳中區(qū)、相城區(qū)正式掛牌成立。
2001年，吳中區(qū)轄15個(gè)鎮(zhèn)：長(zhǎng)橋鎮(zhèn)、胥口鎮(zhèn)、木瀆鎮(zhèn)、橫涇鎮(zhèn)、浦莊鎮(zhèn)、渡村鎮(zhèn)、東山鎮(zhèn)、西山鎮(zhèn)、藏書鎮(zhèn)、光福鎮(zhèn)、鎮(zhèn)湖鎮(zhèn)、東渚鎮(zhèn)、甪直鎮(zhèn)、車坊鎮(zhèn)、郭巷鎮(zhèn)。
2002年7月，原蘇苑、月浜2個(gè)街道合并為蘇苑街道；將吳中區(qū)東渚鎮(zhèn)劃歸虎丘區(qū)【一說(shuō)，2002年9月，蘇州市進(jìn)行區(qū)劃調(diào)整，將吳中區(qū)的東渚鎮(zhèn)、鎮(zhèn)湖街道劃歸虎丘區(qū)管轄。本站注：鎮(zhèn)湖街道可能是原鎮(zhèn)湖鎮(zhèn)撤銷并入東渚鎮(zhèn)后設(shè)立的非正式行政區(qū)劃】。2003年，吳中區(qū)轄13個(gè)鎮(zhèn)：長(zhǎng)橋鎮(zhèn)、甪直鎮(zhèn)、車坊鎮(zhèn)、郭巷鎮(zhèn)、光福鎮(zhèn)、藏書鎮(zhèn)、木瀆鎮(zhèn)、胥口鎮(zhèn)、橫涇鎮(zhèn)、浦莊鎮(zhèn)、渡村鎮(zhèn)、東山鎮(zhèn)、西山鎮(zhèn)。
2004年，江蘇省政府批準(zhǔn)：撤銷長(zhǎng)橋鎮(zhèn)，分別設(shè)立越溪街道、長(zhǎng)橋街道；撤銷郭巷鎮(zhèn)，設(shè)立郭巷街道；撤銷車坊鎮(zhèn)，將車坊居委會(huì)及江灣等17個(gè)行政村并入甪直鎮(zhèn)，馬巷等3個(gè)行政村并入郭巷街道；撤銷胥口鎮(zhèn)，將胥口居委會(huì)及皋峰等12個(gè)行政村與藏書鎮(zhèn)合并設(shè)立新的胥口鎮(zhèn)；以原胥口鎮(zhèn)的蔣墩等4個(gè)居委會(huì)和梅舍等4個(gè)行政村區(qū)域設(shè)立香山街道；撤銷浦莊鎮(zhèn)、渡村鎮(zhèn)，合并設(shè)立臨湖鎮(zhèn)；撤銷橫涇鎮(zhèn)，以原橫涇鎮(zhèn)的上塘等3個(gè)居委會(huì)和新路等14個(gè)行政村區(qū)域設(shè)立橫涇街道，木里等4個(gè)行政村并入越溪街道。同年，江蘇省政府批準(zhǔn)同意將吳中區(qū)甪直鎮(zhèn)車坊居委會(huì)和朝前等9個(gè)村劃歸蘇州市婁葑鎮(zhèn)管轄。
2004年末，甪直鎮(zhèn)面積63.99平方千米，人口78985人。光福鎮(zhèn)面積69.12平方千米，人口56658人。藏書鎮(zhèn)面積43.97平方千米，人口31172人。木瀆鎮(zhèn)面積38.23平方千米，人口110000人。胥口鎮(zhèn)面積100.00平方千米，人口20423人。浦莊鎮(zhèn)面積28.75平方千米，人口29580人。渡村鎮(zhèn)面積29.79平方千米，人口32851人。東山鎮(zhèn)面積63.00平方千米，人口56044人。西山鎮(zhèn)面積83.42平方千米，人口42668人。（數(shù)據(jù)來(lái)源于《江蘇省統(tǒng)計(jì)年鑒》）
2005年末，甪直鎮(zhèn)面積63.99平方千米，人口78985人。車坊鎮(zhèn)面積34平方千米，人口19334人。藏書鎮(zhèn)面積43.97平方千米，人口31172人。木瀆鎮(zhèn)面積38.23平方千米，人口150000人。胥口鎮(zhèn)面積100平方千米，人口31453人。浦莊鎮(zhèn)面積28.75平方千米，人口29580人。渡村鎮(zhèn)面積29.79平方千米，人口32851人。東山鎮(zhèn)面積63平方千米，人口56044人。光福鎮(zhèn)面積69.12平方千米，人口58658人。西山鎮(zhèn)面積83.42平方千米，人口42668人。（數(shù)據(jù)來(lái)源于《江蘇省統(tǒng)計(jì)年鑒》）
2006年，撤銷浦莊鎮(zhèn)、渡村鎮(zhèn)，合并設(shè)立臨湖鎮(zhèn)（并設(shè)浦莊辦事處）；撤銷藏書鎮(zhèn)，其行政區(qū)域分別劃歸木瀆鎮(zhèn)（并設(shè)藏書辦事處）、胥口鎮(zhèn)；將吳中經(jīng)濟(jì)開(kāi)發(fā)區(qū)車坊辦事處并入甪直鎮(zhèn)，設(shè)甪直鎮(zhèn)車坊辦事處。2006年末，全市戶籍總?cè)丝?6.98萬(wàn)人。轄8個(gè)街道、7個(gè)鎮(zhèn)：蘇苑街道、長(zhǎng)橋街道、龍西街道、城南街道、越溪街道、橫涇街道、郭巷街道、香山街道、甪直鎮(zhèn)、光福鎮(zhèn)、臨湖鎮(zhèn)、木瀆鎮(zhèn)、西山鎮(zhèn)、東山鎮(zhèn)、胥口鎮(zhèn)。
2007年，將胥口鎮(zhèn)的善人橋居委會(huì)及藏東等4個(gè)行政村劃歸木瀆鎮(zhèn)管轄，并將臨湖鎮(zhèn)的馬舍村劃歸胥口鎮(zhèn)管轄；將光福鎮(zhèn)的舟山村劃歸香山街道管理。2007年6月28日，西山鎮(zhèn)正式更名為金庭鎮(zhèn)。2008年，將胥口鎮(zhèn)的香山村劃歸香山街道管理。
2009年末，吳中區(qū)總面積742平方千米、總?cè)丝?9.97萬(wàn)人。轄8個(gè)街道、7個(gè)鎮(zhèn)：長(zhǎng)橋街道、越溪街道、郭巷街道、橫涇街道、香山街道、蘇苑街道、龍西街道、城南街道、甪直鎮(zhèn)、木瀆鎮(zhèn)、胥口鎮(zhèn)、東山鎮(zhèn)、光福鎮(zhèn)、西山鎮(zhèn)、臨湖鎮(zhèn)。區(qū)政府駐長(zhǎng)橋街道。其中：甪直鎮(zhèn)面積97.99平方千米、人口139187人，木瀆鎮(zhèn)面積62.28平方千米、人口280697人，胥口鎮(zhèn)面積38.2平方千米、人口88891人，東山鎮(zhèn)面積96平方千米、人口56056人，光福鎮(zhèn)面積61.56平方千米、人口64220人，金庭鎮(zhèn)面積83.42平方千米、人口49443人，臨湖鎮(zhèn)面積54.3平方千米、人口62930人。（數(shù)據(jù)來(lái)源于《江蘇省統(tǒng)計(jì)年鑒》）
2013年，撤銷蘇苑街道、龍西街道，并入長(zhǎng)橋街道（蘇府復(fù)[2013]35號(hào)）。