南宋咸淳九年（1273）于清河口設(shè)清河軍，清河縣附郭。咸淳十年于大清口（今袁集鄉(xiāng)桂塘）筑清河縣城。元至元十五年（1278）裁清河軍，存清河縣。泰定元年（1324年）因黃河決口，大清口縣城被毀，縣城遷到甘羅城。天歷元年（1328）又遷小清口西北（今碼頭鎮(zhèn)舊縣）。明崇禎元年（1628）縣治遷回甘羅城。清順治三年（1646年）再次遷縣治于小清口西北。清乾隆二十七年（1762），位于小清口的清河縣城壞，以山陽(yáng)縣的清江浦為清河縣治；同時(shí)，將清江浦周圍原屬山陽(yáng)縣的10余鄉(xiāng)（等地）劃歸清河縣。
1914年因與河北省清河縣混同，復(fù)稱淮陰縣。1945年曾建清江市，1948年復(fù)稱淮陰縣。1948年12月，淮陰城解放，城區(qū)清江與淮安組成兩淮市（農(nóng)村仍為淮陰縣）。1949年3月撤銷兩淮市，清江復(fù)為淮陰縣城。1951年春，縣城清江劃出設(shè)立清江市，淮陰縣政府遷至王營(yíng)鎮(zhèn)。1958年8月，市、縣合并為淮陰市，市政府設(shè)立在清江西大街。1964年11月市、縣分治。1972年，淮陰縣政府復(fù)遷至王營(yíng)鎮(zhèn)營(yíng)西路73號(hào)。
2000年12月21日，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)：淮陰市更名為淮安市；同時(shí)撤銷淮陰縣，設(shè)立淮安市淮陰區(qū)，以原淮陰縣的行政區(qū)域?yàn)榛搓巺^(qū)的行政區(qū)域，區(qū)政府駐王營(yíng)鎮(zhèn)。2001年2月正式實(shí)施。
1949年10月，官蕩區(qū)劃入漣水縣。1952年，成立蔣壩區(qū)。1954年8月，撤銷宋集區(qū)劃歸文科區(qū)，撤銷蔣壩區(qū)保留蔣壩鎮(zhèn)。1956年2月，撤銷張集、丁集、新渡、城南、順河、吳集、盱寶、高澗8個(gè)區(qū)，新增棉花、陳集、雙溝3個(gè)區(qū)；同年，順河、高澗、盱寶及蔣壩鎮(zhèn)劃歸洪澤縣。1957年11月，撤銷8個(gè)區(qū)級(jí)機(jī)構(gòu)，62個(gè)小鄉(xiāng)合并為22個(gè)大鄉(xiāng)。1958年9月，鄉(xiāng)改稱公社。
1958年8月，淮陰縣與清江市合并成立淮陰市，下設(shè)清江、文科、湯集、公墓、加英、漁溝、志舉、五里、丁集、三樹、袁集、蔣集、海明、同袍、王興、武墩、高堰、趙集、陳集、吳集、新渡、碼頭、缽池、王營(yíng)等公社。
1964年，市、縣分設(shè)。淮陰縣下設(shè)小營(yíng)、楊莊、城南、趙集、陳集、吳集、高堰、碼頭、和平、武墩、缽池、新渡、王興、棉花、張集、劉老莊、古寨、徐溜、五里、丁集、袁集、漁溝、三樹、蔣集、湯集、北吳集、韓圩、宋集28個(gè)公社和果林場(chǎng)。
1972年，省政府批準(zhǔn)將城南、缽池劃給清江市。1983年，將和平、武墩劃給清浦區(qū)。1983年9月，省政府批準(zhǔn)新增韓橋、凌橋、大興、韓莊4個(gè)鄉(xiāng)。1987年3月，經(jīng)省批準(zhǔn)，碼頭、漁溝兩鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。
至此，淮陰縣轄王營(yíng)、碼頭、漁溝3個(gè)鎮(zhèn)和高堰、趙集、韓橋、南吳集、南陳集、楊莊、袁集、丁集、五里、劉老莊、古寨、徐溜、韓莊、西宋集、湯集、北吳集、韓圩、蔣集、凌橋、三樹、老張集、大興莊、王興、新渡、棉花莊、小營(yíng)26個(gè)鄉(xiāng)及鄉(xiāng)級(jí)果林場(chǎng)。
1996年，淮陰縣面積1264.1平方千米，人口79.3萬(wàn)人。轄4個(gè)鎮(zhèn)、24個(gè)鄉(xiāng)：王營(yíng)鎮(zhèn)、碼頭鎮(zhèn)、漁溝鎮(zhèn)、趙集鎮(zhèn)、湯集鄉(xiāng)、徐溜鄉(xiāng)、三樹鄉(xiāng)、新渡鄉(xiāng)、王興鄉(xiāng)、南吳集鄉(xiāng)、南陳集鄉(xiāng)、五里鄉(xiāng)、蔣集鄉(xiāng)、韓莊鄉(xiāng)、韓圩鄉(xiāng)、西宋集鄉(xiāng)、劉老莊鄉(xiāng)、凌橋鄉(xiāng)、高堰鄉(xiāng)、韓橋鄉(xiāng)、古寨鄉(xiāng)、老張集鄉(xiāng)、棉花莊鄉(xiāng)、北吳集鄉(xiāng)、丁集鄉(xiāng)、大興莊鄉(xiāng)、袁集鄉(xiāng)、楊莊鄉(xiāng)；以及3個(gè)場(chǎng)（圃）。縣政府駐王營(yíng)鎮(zhèn)。
2000年2月，撤銷楊莊（并入凌橋、王營(yíng)）、大興莊（并入棉花莊）、湯集（并入西宋集鄉(xiāng)）、蔣集（并入三樹）、韓圩（并入漁溝）、高堰（并入趙集）、韓莊（并入徐溜）7個(gè)鄉(xiāng)和果林楊、開發(fā)區(qū)。區(qū)劃調(diào)整后，全縣轄13個(gè)鎮(zhèn)、8個(gè)鄉(xiāng)：王營(yíng)鎮(zhèn)、趙集鎮(zhèn)、吳城鎮(zhèn)、南陳集鎮(zhèn)、碼頭鎮(zhèn)、王興鎮(zhèn)、棉花莊鎮(zhèn)、丁集鎮(zhèn)、五里鎮(zhèn)、徐溜鎮(zhèn)、漁溝鎮(zhèn)、吳集鎮(zhèn)、西宋集鎮(zhèn)、韓橋鄉(xiāng)、新渡鄉(xiāng)、老張集鄉(xiāng)、凌橋鄉(xiāng)、袁集鄉(xiāng)、劉老莊鄉(xiāng)、古寨鄉(xiāng)、三樹鄉(xiāng)。
2000年第五次人口普查，淮陰縣總?cè)丝?38184人，其中：王營(yíng)鎮(zhèn)145518人，趙集鎮(zhèn)39263人，南陳集鎮(zhèn)59594人，碼頭鎮(zhèn)25217人，棉花莊鎮(zhèn)50246人，丁集鎮(zhèn)31657人，徐溜鎮(zhèn)35519人，漁溝鎮(zhèn)55120人，南吳集鎮(zhèn)31678人，王興鎮(zhèn)32494人，五里鎮(zhèn)27933人，北吳集鎮(zhèn)33822人，西宋集鎮(zhèn)46892人，韓橋鄉(xiāng)30855人，新渡鄉(xiāng)26256人，老張集鄉(xiāng)27726人，凌橋鄉(xiāng)29929人，袁集鄉(xiāng)25809人，劉老莊鄉(xiāng)24698人，古寨鄉(xiāng)21249人，三樹鄉(xiāng)36709人。
2004年末，全區(qū)轄13個(gè)鎮(zhèn)、8個(gè)鄉(xiāng)。王營(yíng)鎮(zhèn)61.39平方千米/161399人，趙集鎮(zhèn)98.25平方千米/41585人，吳城鎮(zhèn)53.12平方千米/32737人，南陳集鎮(zhèn)134.68平方千米/62769人，碼頭鎮(zhèn)32.80平方千米/24609人，王興鎮(zhèn)58.00平方千米/33809人，棉花莊鎮(zhèn)70.78平方千米/52734人，丁集鎮(zhèn)40.30平方千米/32140人，五里鎮(zhèn)51.00平方千米/29670人，徐溜鎮(zhèn)64.30平方千米/35552人，漁溝鎮(zhèn)88.40平方千米/52296人，吳集鎮(zhèn)57.00平方千米/33210人，西宋集鎮(zhèn)73.90平方千米/50333人，韓橋鄉(xiāng)120.70平方千米/32385人，新渡鄉(xiāng)46.50平方千米/23963人，老張集鄉(xiāng)50.88平方千米/27789人，凌橋鄉(xiāng)68.56平方千米/30075人，袁集鄉(xiāng)39.40平方千米/26526人，劉老莊鄉(xiāng)41.20平方千米/24853人，古寨鄉(xiāng)44.90平方千米/21300人，三樹鄉(xiāng)78.98平方千米/39716人。（數(shù)據(jù)來(lái)源于《江蘇省統(tǒng)計(jì)年鑒》）
隨著經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)的建設(shè)和發(fā)展，先后將王營(yíng)鎮(zhèn)、新渡鄉(xiāng)、棉花莊鎮(zhèn)的部分村劃歸開發(fā)區(qū)管理。2005年，經(jīng)省政府批準(zhǔn)，正式成立淮陰經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)。2006年，撤銷三樹鄉(xiāng)，設(shè)立三樹鎮(zhèn)。調(diào)整后，全區(qū)轄14個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)：王營(yíng)鎮(zhèn)、趙集鎮(zhèn)、吳城鎮(zhèn)、南陳集鎮(zhèn)、碼頭鎮(zhèn)、王興鎮(zhèn)、棉花莊鎮(zhèn)、丁集鎮(zhèn)、五里鎮(zhèn)、徐溜鎮(zhèn)、漁溝鎮(zhèn)、吳集鎮(zhèn)、西宋集鎮(zhèn)、三樹鎮(zhèn)、韓橋鄉(xiāng)、新渡鄉(xiāng)、老張集鄉(xiāng)、凌橋鄉(xiāng)、袁集鄉(xiāng)、劉老莊鄉(xiāng)、古寨鄉(xiāng)；淮陰工業(yè)園。區(qū)政府駐王營(yíng)鎮(zhèn)。
2009年末，淮陰區(qū)總面積1264平方千米、總?cè)丝?0.00萬(wàn)人。其中，王營(yíng)鎮(zhèn)面積61.39平方千米、人口157475人，趙集鎮(zhèn)面積98.25平方千米、人口38156人，吳城鎮(zhèn)面積53.12平方千米、人口33142人，南陳集鎮(zhèn)面積134.68平方千米、人口55418人，碼頭鎮(zhèn)面積42平方千米、人口24681人，王興鎮(zhèn)面積61平方千米、人口34504人，棉花莊鎮(zhèn)面積70.78平方千米、人口43088人，丁集鎮(zhèn)面積40.3平方千米、人口33259人，五里鎮(zhèn)面積51平方千米、人口29648人，徐溜鎮(zhèn)面積64.3平方千米、人口39106人，漁溝鎮(zhèn)面積97平方千米、人口56615人，吳集鎮(zhèn)面積57平方千米、人口35961人，西宋集鎮(zhèn)面積73.9平方千米、人口51000人，三樹鎮(zhèn)面積79.68平方千米、人口39935人，韓橋鄉(xiāng)面積54平方千米、人口32969人，新渡鄉(xiāng)面積46.5平方千米、人口26718人，老張集鄉(xiāng)面積50.88平方千米、人口28429人，凌橋鄉(xiāng)面積68.56平方千米、人口29813人，袁集鄉(xiāng)面積39.4平方千米、人口23746人，劉老莊鄉(xiāng)面積32.79平方千米、人口25484人，古寨鄉(xiāng)面積38.85平方千米、人口20665人。（數(shù)據(jù)來(lái)源于《江蘇省統(tǒng)計(jì)年鑒》）