1991年5月，經國務院批準，南通市郊區更名為港閘區。

2000年第五次人口普查，港閘區（轄3個鎮、6個鄉）總人口224448人，其中：秦灶鎮25513人，唐閘鎮25759人，天生港鎮7719人，閘東鄉24233人，永興鄉28837人，蘆涇鄉27648人，閘西鄉27665人，陳橋鄉29454人，幸福鄉27620人。

2003年，港閘區轄1個街道、3個鎮、4個鄉。唐閘鎮轄大南、新工房、新華、西洋橋、閘北、疏航橋、公園、大橋、閘港橋9個社區。天生港鎮轄三八、通燧、澤生、果園、江海5個社區秦灶鎮轄秦灶、橋北、橋東、八里廟、西安橋、袁橋、費橋、秦北8個行政村。閘東鄉轄閘東、橫河、花墻、長岸、尖溝頭、高店、新園7個行政村。永興街道轄曙光社區和永興、節制閘、曙光、東港、蘆涇港、窯墩壩6個行政村。閘西鄉轄五星、福利、國慶、八一、新閘、龍潭、愛國、白龍廟8個行政村。陳橋鄉轄陳橋、陳橋北、樹北、育愛、集成、河口、五里樹、長路、葆華9個行政村。幸福鄉轄幸福、管園、文俊、秦西、施店、祖望、花橋、轉水、蔣壩9個行政村。港閘開發區。（根據《江蘇省2003年底村及村以上代碼》整理）

2004年末，秦灶鎮面積19.63平方千米，人口32122人。閘東鄉面積14.89平方千米，人口19069人。閘西鄉面積23.99平方千米，人口28060人。陳橋鄉面積29.09平方千米，人口27851人。幸福鄉面積20.48平方千米，人口23469人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）

2005年8月，撤銷天生港鎮和閘西鄉，設立天生港鎮街道，管理5個居委會、8個行政村，辦事處駐高墩圩橋西原閘西鄉政府；撤銷唐閘鎮和閘東鄉，設立唐閘鎮街道，管理9個居委會、7個行政村，辦事處駐唐閘鎮；撤銷秦灶鎮，設立秦灶街道，管理8個行政村，辦事處駐秦灶鎮。區劃調整后，港閘區轄4個街道、2個鄉。

2009年，撤銷幸福鄉，設立幸福街道；撤銷陳橋鄉，設立陳橋街道。2009年末，港閘區總面積134平方千米、總人口18.68萬人（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）。轄6個街道：永興街道、唐閘鎮街道、天生港鎮街道、秦灶街道、陳橋街道、幸福街道。