明初瑤族、壯族始來居住。明、清時期，縣境分屬修仁、荔浦、永安州、平南、桂平、武宣、象州等大瑤山周圍州縣，1940年置金秀警備區(qū)署，1942年改金秀設(shè)治局，1947年撤入周圍各縣。1953年置大瑤山瑤族自治區(qū)（縣級），1955年改大瑤山瑤族自治縣，1966年改金秀瑤族自治縣。

1953年轄7個區(qū)，42個鄉(xiāng)。1958年轄45個公社。1964年轄7個區(qū)，1個鎮(zhèn)，？個公社。1984年轄2個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)。1994年轄2個鎮(zhèn)、9個鄉(xiāng)。

1996年，金秀瑤族自治縣面積2494平方千米，人口約14萬人。轄3個鎮(zhèn)、8個鄉(xiāng)：金秀鎮(zhèn)、桐木鎮(zhèn)、頭排鎮(zhèn)、三角鄉(xiāng)、忠良鄉(xiāng)、羅香鄉(xiāng)、六巷鄉(xiāng)、大樟鄉(xiāng)、長垌鄉(xiāng)、三江鄉(xiāng)、七建鄉(xiāng)。縣政府駐金秀鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，金秀瑤族自治縣總?cè)丝?34934人。其中：金秀鎮(zhèn)16344人，桐木鎮(zhèn)34180人，頭排鎮(zhèn)18518人，三角鄉(xiāng)5307人，忠良鄉(xiāng)9397人，羅香鄉(xiāng)10985人，長垌鄉(xiāng)5117人，大樟鄉(xiāng)9868人，六巷鄉(xiāng)5005人，七建鄉(xiāng)10677人，三江鄉(xiāng)9536人。

2003年，金秀瑤族自治縣轄3個鎮(zhèn)、8個鄉(xiāng)：金秀鎮(zhèn)、桐木鎮(zhèn)、頭排鎮(zhèn)、三角鄉(xiāng)、忠良鄉(xiāng)、羅香鄉(xiāng)、長垌鄉(xiāng)、大樟鄉(xiāng)、六巷鄉(xiāng)、七建鄉(xiāng)、三江鄉(xiāng)。

2005年6月13日，廣西壯族自治區(qū)政府（桂政函[2005]167號）同意撤銷七建鄉(xiāng)，整建制并入桐木鎮(zhèn)，桐木鎮(zhèn)政府駐地不變。

全縣現(xiàn)轄3個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)：金秀鎮(zhèn)、桐木鎮(zhèn)、頭排鎮(zhèn)、三角鄉(xiāng)、忠良鄉(xiāng)、羅香鄉(xiāng)、長垌鄉(xiāng)、大樟鄉(xiāng)、六巷鄉(xiāng)、三江鄉(xiāng)。縣政府駐金秀鎮(zhèn)。