唐置思恩縣，屬環州。清增設安化廳，民國改安化縣為宜北縣。1951年，思恩、宜北合置環江縣。1986年11月1日，國務院批準（國函[1986]152號）：撤銷環江縣，設立環江毛南族自治縣。以原環江縣的行政區域為環江毛南族自治縣的行政區域。

1996年，環江毛南族自治縣面積4572平方千米，人口約32.6萬人。轄6個鎮、9個鄉（其中1個民族鄉）：思恩鎮、水源鎮、洛陽鎮、川山鎮、明倫鎮、上朝鎮、大才鄉、上南鄉、下南鄉、木論鄉、大安鄉、長美鄉、東興鄉、龍巖鄉、馴樂苗族鄉�？h政府駐思恩鎮。

1999年12月28日，廣西壯族自治區人民政府同意東興鄉改為鎮建制，原轄行政區域不變（桂政函[1999]220號）。調整后，全縣轄7個鎮、8個鄉（其中1個民族鄉）：思恩鎮、水源鎮、洛陽鎮、川山鎮、明倫鎮、東興鎮、上朝鎮、大才鄉、上南鄉、下南鄉、木論鄉、大安鄉、長美鄉、龍巖鄉、馴樂苗族鄉。

2000年第五次人口普查，環江毛南族自治縣總人口332067人。其中：思恩鎮42736人，水源鎮32169人，洛陽鎮37857人，川山鎮31770人，明倫鎮31496人，東興鎮19383人，上朝鎮11877人，大才鄉10960人，上南鄉4266人，下南鄉17492人，木論鄉5331人，大安鄉20667人，長美鄉24981人，龍巖鄉19729人，馴樂苗族鄉21353人。

2005年6月13日，廣西壯族自治區政府（桂政函[2005]169號）同意調整環江毛南族自治縣部分鄉鎮行政區劃：撤銷上朝鎮，整建制并入馴樂苗族鄉，馴樂苗族鄉政府駐地不變；撤銷上南鄉，整建制并入水源鎮，水源鎮政府駐地不變；撤銷木論鄉，整建制并入川山鎮，川山鎮政府駐地不變。

全縣現轄6個鎮、6個鄉（其中1個民族鄉）：思恩鎮、水源鎮、洛陽鎮、川山鎮、明倫鎮、東興鎮、大才鄉、下南鄉、大安鄉、長美鄉、龍巖鄉、馴樂苗族鄉�？h政府駐思恩鎮。