東漢建安四年為遂興縣之一部分。三國吳嘉禾四年改稱新興縣，西晉太康元年復名遂興縣，萬安皆屬之。隋開皇十年，廢遂興縣，其屬地并入泰和縣。南唐保大元年（943年）置萬安鎮。據傳乃辟地得石符一帖，上有八分書云“地界兩州，神秀所幡，更為都邑，萬民以安”，故名萬安。又因遂興江口時起五色祥云，故又別稱五云。古有“五云呈祥，萬民以安”之譽。
　　宋熙寧四年（1071年）析龍泉縣（今遂川縣）永興、和蜀，泰和（今泰和縣）誠信，贛縣（今贛縣）龍泉等鄉，置萬安縣，縣治芙蓉鎮，屬吉州。1949年8月7日萬安解放，先后屬吉安專區、吉安地區、地級吉安市。

　　1987年3月17日，撤銷上宏鄉建制，所轄行政區域仍歸泰和縣蘇溪鄉管轄（贛府廳字[1987]126號批復）。1993年，撤銷窯頭鄉、高陂鄉、潞田鄉，設立窯頭鎮、高陂鎮、潞田鎮（贛民字[1993]53號批復）。1996年12月20日，撤銷枧頭鄉、五豐鄉、沙坪鄉，設立枧頭鎮、五豐鎮、沙坪鎮（贛民字[1996]290號批復）。
　　1997，全縣面積2046.4平方千米，人口26.5萬，轄7個鎮、12個鄉：芙蓉鎮、窯頭鎮、高陂鎮、潞田鎮、五豐鎮、枧頭鎮、沙坪鎮、楓林鄉、百嘉鄉、韶口鄉、羅塘鄉、桂江鄉、棉津鄉、彈前鄉、柏巖鄉、武術鄉、寶山鄉、澗田鄉、順峰鄉。
　　1998年4月7日，柏巖鄉政府駐地遷至夏造，柏巖鄉更名為夏造鄉（贛民字[1998]51號批復）。1999年6月25日，撤銷夏造鄉，設立夏造鎮（贛民字[1999]156號批復）。1999年12月6日，撤銷百嘉鄉，設立百嘉鎮（贛民字[1999]262號批復）。至此，全縣轄9個鎮、10個鄉。
　　2000年第五次人口普查，全縣總人口268196人；其中：芙蓉鎮25183人、五豐鎮24823人、枧頭鎮17250人、窯頭鎮27964人、百加鎮16869人、高陂鎮11733人、潞田鎮17227人、抄坪鎮12791人、夏造鎮13516人、楓林鄉4243人、韶口鄉17933人、羅塘鄉13723人、掛江鄉7432人、棉津鄉6486人、彈前鄉11364人、武術鄉6825人、寶山鄉11071人、澗田鄉13695人、順峰鄉8068人。
　　2001年12月3日，撤銷楓林鄉，劃歸枧頭鎮；將五豐鎮的五豐、建豐、東城、光明、龍溪、月明、金塘行政村劃歸芙蓉鎮；撤銷桂江鄉、棉津鄉，劃歸五豐鎮，五豐鎮政府駐地遷至中洲（贛民字[2001]569號批復）。
　　2002年底，萬安縣轄9個鎮、7個鄉，9個居委會、165個行政村。2003年底，全縣總人口29.5萬人。2005年末全縣總人口為302518人。2006年末全縣總人口為302722人。