“鞏留”是建縣時擬取的名稱，似因鞏乃斯河而得名。據民國年間《鞏留縣志》手抄本所載，鞏留縣當時轄地廣闊，故取“鞏吉斯、特克斯塔留”前后二字而命“鞏留”，有“鞏固長留”之意。哈薩克語作“托古斯塔繞”（意為“九條支流”，寓意眾多的河支流），蒙古/維吾爾語則作“托古斯塔拉”。

先秦為伊犁塞人地，自兩漢迄晉為大月氏、烏孫國地。隋唐為西突厥地，元明為察合臺汗及蒙兀爾斯坦游牧地，明末清初為西蒙古準噶爾部牧地。清乾隆二十五年（1760年），鞏留置為厄魯特營牧地，光緒十四年（1888年），置寧遠縣，鞏留劃為寧遠縣境，光緒二十一年（1895年），塔什圖畢地方置為新滿營屯地，1903年，建城堡，史稱特克斯塔柳莊，直隸伊犁將軍府，1905年又建舊滿營屯地，史稱托古斯塔拉老滿營皇工。1930年經伊犁公署呈報將“托古斯塔拉老滿營皇工”升設為縣治，命名為鞏留縣。1932年3月24日正式批復建縣。1934年正式析置特克斯設治局。1955年3月，撤銷伊犁地區，鞏留縣為伊犁州直屬縣。后又復歸伊犁地區。現歸伊犁州所直轄。

1996年，鞏留縣轄1個鎮、7個鄉：鞏留鎮、莫乎爾鄉、吉爾格郎鄉、阿尕爾森鄉、東買里鄉、塔斯托別鄉、提克阿熱克鄉、阿克吐別克鄉。

2000年第五次人口普查，鞏留縣常住總人口153100人，其中：鞏留鎮24577人、莫乎爾鄉11998人、吉爾格郎鄉6989人、阿尕爾森鄉22207人、東買里鄉26555人、塔斯托別鄉20724人、提阿熱克鄉13226人、阿克吐比別克鄉8793人、鞏留縣牛場5991人、闊什阿尕什羊場3295人、天西林業局鞏留林場2018人、闊爾基兵團73團6727人。

2003年，鞏留縣總面積4123.85平方千米，總人口160366人。轄1鎮、7鄉：鞏留鎮；莫乎爾鄉、吉爾格郞鄉、阿尕爾森鄉、東買里鄉、塔斯托別鄉、提克阿熱克鄉、阿克吐別克鄉。縣政府駐鞏留鎮。

2010年第六次人口普查，鞏留縣常住總人口164860人，其中：鞏留鎮24745人，莫乎爾鄉9737人，吉爾格郎鄉6597人，阿尕爾森鄉21508人，東買里鄉26917人，塔斯托別鄉23325人，提克阿熱克鄉13770人，阿克圖別克鄉9697人，綜合農場2912人，闊什阿尕什羊場4489人，牛場7952人，良凡場4452人，林場1094人，莫乎爾農場510人，兵團七十三團7155人。

2012年?，撤銷阿克吐別克鄉，設立阿克吐別克鎮。2013年1月24日，自治區政府（新政函[2013]19號）批準同意撤銷莫乎爾鄉，設立庫爾德寧鎮。2013年，自治區政府（新政函[2013]279號）批準同意撤銷阿尕爾森鄉，設立阿尕爾森鎮。

2014年10月21日，自治區政府（新政函[2014]185號）同意撤銷東買里鄉，設立東買里鎮。調整后，全縣轄5個鎮、3個鄉：鞏留鎮、阿克吐別克鎮、庫爾德寧鎮、阿尕爾森鎮、東買里鎮、吉爾格郎鄉、塔斯托別鄉、提克阿熱克鄉。