因彭水得名，彭為鼓聲，黔江峽水澎湃之聲似彭，因名。商周屬巴國地，戰國為黔中地，秦置黔中郡，漢置涪陵縣，三國置涪陵郡。隋置彭水縣。唐屬山南道，黔中道，宋屬黔州，元屬紹慶府，清屬黔彭軍民廳，民國屬酉陽州。1950年屬涪陵地區。1983年改為彭水苗族土家族自治縣。1988年屬黔江地區。1997年屬重慶直轄市。

1996年，彭水苗族土家族自治縣面積3905平方千米，人口約58.7萬人，轄漢葭、郁山、高谷3個鎮和城郊、巖東、下巖西、文武、青定水、火石、葡萄、龍射、平安、下塘、共和、鹿鳴、合理、大河壩、木楠、東流、喬梓、遷橋、羊頭鋪、長灘、鳳鳴、普子、三義、桐榮、砂石、棣棠、太元、聯合、連湖、石柳、朱砂、龍溪、走馬、清平、蘆塘、桑柘、鹿箐、同河、小廠、桐樓、諸佛、珍加、梅子椏、新田、新場、鹿角、大園、鞍子、新化、善感、雙龍、石盤、萬足、上巖西、大廠、猴栗、朗溪、龍塘壩、大埡、潤溪、龍洋、三連62個鄉。縣政府駐漢葭鎮。

？年，撤銷三連鄉并入郁山鎮。1998年11月27日，朱砂鄉人民政府駐地由陳家園遷移到陳家園村大田角，共和鄉人民政府駐地由鐵磧壩遷移到共和村涼風洞，新化鄉人民政府駐地由何家壩遷移到井溪村白虎場（渝府[1998]202號）。

2000年第五次人口普查，彭水苗族土家族自治縣常住總人口590228人，其中：漢葭鎮43118人、郁山鎮21448人、高谷鎮10543人、城郊鄉11417人、巖東鄉9704人、下巖西鄉10498人、文武鄉4859人、靛水鄉12411人、火石鄉5206人、葡萄鄉4566人、龍射鄉14193人、平安鄉10259人、下塘鄉5215人、共和鄉4242人、鹿鳴鄉10169人、合理鄉4846人、大河壩鄉11419人、木南鄉6182人、東流鄉3366人、喬梓鄉10083人、遷喬鄉9523人、羊頭鋪鄉8416人、長灘鄉10733人、鳳鳴鄉10000人、普子鄉10703人、三義鄉6527人、桐榮鄉5508人、砂石鄉11628人、棣棠鄉10915人、太原鄉10691人、聯合鄉12605人、連湖鄉17608人、石柳鄉9517人、朱砂鄉11952人、龍溪鄉14858人、走馬鄉15669人、清平鄉11837人、蘆塘鄉7296人、桑柘鄉15064人、鹿箐鄉3791人、同河鄉8864人、小廠鄉6878人、桐樓鄉4847人、諸佛鄉6724人、珍加鄉6804人、梅子埡鄉10973人、新田鄉11240人、新場鄉8016人、鹿角鄉4931人、大園鄉6891人、鞍子鄉9811人、新化鄉5038人、善感鄉6585人、雙龍鄉5050人、石盤鄉3211人、萬足鄉5720人、上巖西鄉10739人、大廠鄉2661人、猴栗鄉3497人、朗溪鄉7411人、龍塘壩鄉7478人、大埡鄉5516人、潤溪鄉6922人、龍洋鄉5836人。

2001年，將64個鄉鎮調整為39個鄉鎮，其中撤銷43個鄉鎮，保留21個鄉，重新設置10個鎮、8個鄉。2002年7月5日，諸佛鄉政府駐地由諸佛崗遷至雙合場（渝府[2002]103號）。2002年末，全縣戶籍總人口62.71萬人，其中非農業人口5.64萬人。轄10個鎮、29個鄉：漢葭鎮、保家鎮、郁山鎮、高谷鎮、桑柘鎮、鹿角鎮、黃家鎮、普子鎮、龍射鎮、連湖鎮、靛水鄉、巖東鄉、鹿鳴鄉、平安鄉、棣棠鄉、太原鄉、三義鄉、聯合鄉、石柳鄉、龍溪鄉、走馬鄉、蘆塘鄉、長灘鄉、喬梓鄉、遷喬鄉、新田鄉、梅子埡鄉、諸佛鄉、小廠鄉、桐樓鄉、萬足鄉、鞍子鄉、善感鄉、雙龍鄉、石盤鄉、大埡鄉、潤溪鄉、朗溪鄉、龍塘鄉。共有12個居委會、622個村委會。

2007年，撤銷萬足鄉，設立萬足鎮。至此，全縣轄11個鎮、28個鄉：漢葭鎮、保家鎮、郁山鎮、高谷鎮、桑柘鎮、鹿角鎮、黃家鎮、普子鎮、龍射鎮、連湖鎮、萬足鎮、靛水鄉、巖東鄉、鹿鳴鄉、平安鄉、棣棠鄉、太原鄉、三義鄉、聯合鄉、石柳鄉、龍溪鄉、走馬鄉、蘆塘鄉、長灘鄉、喬梓鄉、遷喬鄉、新田鄉、梅子埡鄉、諸佛鄉、小廠鄉、桐樓鄉、鞍子鄉、善感鄉、雙龍鄉、石盤鄉、大埡鄉、潤溪鄉、朗溪鄉、龍塘鄉。

2010年第六次人口普查，彭水苗族土家族自治縣常住總人口545094人，其中：漢葭鎮108430人，保家鎮39738人，郁山鎮30981人，高谷鎮15522人，桑柘鎮26221人，鹿角鎮9519人，黃家鎮11900人，普子鎮18133人，龍射鎮17163人，連湖鎮15797人，萬足鎮5200人，靛水鄉18288人，巖東鄉7334人，鹿鳴鄉12800人，平安鄉8986人，棣棠鄉7902人，太原鄉7745人，三義鄉5153人，聯合鄉11254人，石柳鄉7757人，龍溪鄉12692人，走馬鄉12699人，蘆塘鄉6750人，長灘鄉14396人，喬梓鄉8773人，遷橋鄉7739人，新田鄉18249人，梅子埡鄉9643人，諸佛鄉10671人，小廠鄉6902人，桐樓鄉3576人，鞍子鄉12114人，善感鄉5410人，雙龍鄉3620人，石盤鄉2537人，大埡鄉3407人，潤溪鄉9441人，朗溪鄉5372人，龍塘鄉5280人。

2011年，撤銷漢葭鎮、長灘鄉、靛水鄉、新田鄉、鞍子鄉、平安鄉、遷喬鄉，調整黃家鎮行政區域范圍，設立漢葭街道、紹慶街道、靛水街道、新田鎮、鞍子鎮、平安鎮、長生鎮。調整后，彭水縣轄3個街道、14個鎮、22個鄉。

2013年7月4日，重慶市政府（渝府[2013]55號）同意：撤銷梅子埡鄉，設立梅子埡鎮；撤銷太原鄉，設立太原鎮；撤銷龍溪鄉，設立龍溪鎮；撤銷小廠鄉，設立大同鎮。調整后，全縣轄3個街道、18個鎮、18個鄉：漢葭街道、紹慶街道、靛水街道、保家鎮、郁山鎮、高谷鎮、桑柘鎮、鹿角鎮、黃家鎮、普子鎮、龍射鎮、連湖鎮、萬足鎮、新田鎮、鞍子鎮、平安鎮、長生鎮、梅子埡鎮、太原鎮、龍溪鎮、大同鎮、巖東鄉、鹿鳴鄉、棣棠鄉、三義鄉、聯合鄉、石柳鄉、走馬鄉、蘆塘鄉、喬梓鄉、諸佛鄉、桐樓鄉、善感鄉、雙龍鄉、石盤鄉、大埡鄉、潤溪鄉、朗溪鄉、龍塘鄉。