唐初置夜郎縣，后析置渭溪縣，改夜郎縣為峨山縣，并為州、郡所冶。宋、元為盧陽縣地。明置晃州驛，清置晃州直隸廳。1913年廢廳置晃縣，1956年12月成立新晃侗族自治縣。

1996年，新晃侗族自治縣面積1510平方千米，人口約24.7萬人，侗族占75.4%。縣政府駐新晃鎮(zhèn)。轄4鎮(zhèn)19鄉(xiāng)（含2苗族鄉(xiāng)）：新晃鎮(zhèn)、波洲鎮(zhèn)、魚市鎮(zhèn)、中寨鎮(zhèn)、興隆鄉(xiāng)、大灣羅鄉(xiāng)、方家屯鄉(xiāng)、晏家鄉(xiāng)、林沖鄉(xiāng)、天堂鄉(xiāng)、黃雷鄉(xiāng)、涼傘鄉(xiāng)、凳寨鄉(xiāng)、茶坪鄉(xiāng)、新寨鄉(xiāng)、貢溪鄉(xiāng)、扶羅鄉(xiāng)、李樹鄉(xiāng)、禾灘鄉(xiāng)、碧朗鄉(xiāng)、洞坪鄉(xiāng)、步頭降苗族鄉(xiāng)、米貝苗族鄉(xiāng)。（296個行政村）

2000年第五次人口普查，新晃侗族自治縣總?cè)丝?41690人，其中（7鎮(zhèn)16鄉(xiāng)）：新晃鎮(zhèn)25768人，波州鎮(zhèn)11443人，興隆鎮(zhèn)19405人，魚市鎮(zhèn)10727人，涼傘鎮(zhèn)13137人，扶羅鎮(zhèn)13686人，中寨鎮(zhèn)13494人，步頭降鄉(xiāng)9904人，洞坪鄉(xiāng)8203人，大灣羅鄉(xiāng)8675人，方家屯鄉(xiāng)13699人，晏家鄉(xiāng)6228人，林沖鄉(xiāng)6516人，天堂鄉(xiāng)6504人，黃雷鄉(xiāng)5925人，凳寨鄉(xiāng)8087人，茶坪鄉(xiāng)4178人，新寨鄉(xiāng)8785人，貢溪鄉(xiāng)11648人，李樹鄉(xiāng)9067人，禾灘鄉(xiāng)8686人，碧朗鄉(xiāng)7041人，米貝鄉(xiāng)9158人，新晃汞礦1726人。

2004年，全縣轄7個鎮(zhèn)、16個鄉(xiāng)（其中2個民族鄉(xiāng)）：新晃鎮(zhèn)、波洲鎮(zhèn)、興隆鎮(zhèn)、魚市鎮(zhèn)、涼傘鎮(zhèn)、扶羅鎮(zhèn)、中寨鎮(zhèn)、步頭降苗族鄉(xiāng)、洞坪鄉(xiāng)、大灣羅鄉(xiāng)、方家屯鄉(xiāng)、晏家鄉(xiāng)、林沖鄉(xiāng)、天堂鄉(xiāng)、黃雷鄉(xiāng)、凳寨鄉(xiāng)、茶坪鄉(xiāng)、新寨鄉(xiāng)、貢溪鄉(xiāng)、李樹鄉(xiāng)、禾灘鄉(xiāng)、碧朗鄉(xiāng)、米貝苗族鄉(xiāng)。