貢山縣因高黎貢山而得名。西漢時為越嵩郡邊徼地。唐南詔時屬劍川節度。宋大理時屬謀統府管轄地。元屬臨西縣，屬麗江路軍民宣撫司。明為維西康普、葉枝土千總管轄，屬麗江軍民府。清屬麗江府維西廳；乾隆年間，北段受西藏察瓦龍土千總管轄，南段為維西康普、葉枝土千總管轄；雍正元年（1723年）“改土歸流”后直屬維西廳。

民國元年（1912年）為蘭坪營盤街“殖邊總局”管轄，置菖蒲桶殖邊公署；民國二年（1913年）置菖蒲桶行政委員會；民國五年（1916年）改菖蒲桶行政委員公署，后置貢山行政區；民國七年（1918年），歸屬維西縣；1922年置菖蒲桶行政區，民國二十二年（1933年）設貢山設治局。

1949年8月25日和平解放，1950年3月11日成立貢山臨時政務委員會，同年4月8日成立貢山縣人民政府。1956年10月成立貢山獨龍族怒族自治縣。　1996年，貢山獨龍族怒族自治縣面積4506平方千米，人口約3.3萬人。轄1個鎮、4個鄉：茨開鎮、丙中洛鄉、捧當鄉、普拉底鄉、獨龍江鄉。縣政府駐茨開鎮。

2000年第五次人口普查，貢山獨龍族怒族自治縣常住總人口34746人，其中：茨開鎮12460人、丙中洛鄉6062人、捧當鄉5807人、普拉底鄉6248人、獨龍江鄉4169人。

2001年，全縣轄1個鎮、4個鄉、個民族鄉：茨開鎮、普拉底鄉、捧當鄉、丙中洛鄉、獨龍江鄉。2003年末總人口3.4622萬人，其中農業人口2.84萬人，占83.8%，獨龍(0.51萬人)、怒(0.63萬人)、傈僳(1.79萬人)、藏(0.16萬人)族為世居民族，人口3.25萬人，占總人口的95.5%。

2006年，貢山獨龍族怒族自治縣面積4506平方千米，總人口3.65萬人。轄1個鎮、4個鄉：茨開鎮、丙中洛鄉、捧當鄉、普拉底鄉、獨龍江鄉。共有1個居委會、27個行政村。

2010年第六次人口普查，貢山獨龍族怒族自治縣常住總人口37894人，其中：茨開鎮14478人，丙中洛鄉6465人，捧當鄉6085人，普拉底鄉6627人，獨龍江鄉4239人。

2012年10月30日，丙中洛鄉正式撤鄉設鎮。調整后，全縣轄2個鎮、3個鄉：茨開鎮、丙中洛鎮、捧當鄉、普拉底鄉、獨龍江鄉。

2014年，茨開鎮被列為全國重點鎮。